神經影像資料處理/處理/工具/AFNI

結構

AFNI 是一款基於命令列的工具，即所有處理步驟都定義在指令碼中，使用 afni 內建的命令和方法，然後在資料上執行。您可以（但不必）從頭開始編寫指令碼，afni_proc.py 和 uber-subject.py（見下文）是幫助您構建處理指令碼的實用工具。Afni 確實有一個用於影像和圖形的圖形檢視器。在您安裝了 AFNI（請參閱下面的教程或 ）並透過輸入 AFNI 進入 AFNI 環境後，您可以透過輸入以下命令呼叫此 GUI

afni

到您的終端。它將嘗試在您的當前資料夾中查詢並開啟 Afni 或 Nifti 格式資料集，否則在預設的解剖影像上開啟。下面提到的教程很好地介紹瞭如何在處理之前、期間和之後使用檢視器檢查您的資料。

什麼是 afni_proc.py？

一個用於為單被試分析生成處理指令碼（proc. scripts）的命令列程式。生成的指令碼採用 tcsh 語法編寫，易於閱讀和修改。在此處瞭解您需要的語法 ，您將在其中找到所有可能的構建塊和選項的完整列表，以及非常有用的示例指令碼。當您在 AFNI 環境中輸入以下命令時，您將獲得相同的輸出

afni_proc.py 

在本維基百科每個部分的 AFNI 部分中，有一些關於您在每個步驟中需要的相應 proc.py 命令的基本資訊。此外，下面提到的教程很好地介紹了 proc.py。我認為了解的一件事是如何在 proc.py 中包含非預設的處理塊（如果您閱讀了 proc.py 的幫助資訊，就會更清楚地瞭解這意味著什麼）：您可以透過以下方式將單個塊包含在它們的預設位置

-do_block

後跟塊的名稱。如果您想按特定順序包含處理塊，請使用

-blocks

後跟它們各自順序的塊。

什麼是 uber_subject.py？

afni_proc.py 的圖形使用者介面，用於建立處理指令碼和執行分析。在使用 AFNI 開始時，使用 uber_subject 建立指令碼可能最容易，然後在需要時探索生成的指令碼並對其進行調整。但是，此工具還比較新，可能尚未完全開發。

uber_subject GUI 很直觀。您可以在此處找到一些幫助 ，或者使用以下命令開啟並探索它（假設 AFNI 已安裝且 AFNI 環境處於活動狀態）

uber_subject.py

Afnis uber_subject.py GUI

資料格式

AFNI 可以處理 nifti 檔案（nii 和 nii.gz）。但是，本機資料格式是 .HEAD 和 .BRIK 檔案（見 Afni），在使用 nifti 檔案時，似乎頭資訊可能會出現問題。要將 dicom 資料匯入 head/brik，請使用 to3d 命令 。

例如，對於 TR 為 2300 毫秒、257 個體積、37 個切片、按 z 方向採集然後按時間採集（zt）、採用交錯順序（alt+z）的功能資料

to3d -prefix OUTPUTFILE -time:zt 37 257 2300 alt+z INPUTFILES

INPUTFILES 應為所有 dicom，即使用萬用字元，如 data/func/run001/*.dcm，對於解剖結構，則使用

to3d -anat -prefix OUTPUTFILE INPUTFILES

確保在兩種情況下，INPUTFILES 都引用所有 dicom，即使用萬用字元，如 path_to_data/*.dcm

AFNI 中的斜向資料

如果您採集的資料是斜向的，那麼此資訊將儲存在 dicom 頭部中。Afni 會識別到這一點並會報錯。您應該將 3dWarp 應用於斜向資料（對於解剖結構和功能資料，如果兩者都是斜向的，則都需要應用）。另見

3dWarp -deoblique -prefix OUTPUTFILE INPUTFILE

否則，可能是由於不同的馬賽克中心導致的，您的配準可能最終看起來像這樣

斜向資料的配準可能會失敗

文件、教程、連結

關於單個命令的文件 http://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/program_help//index.html

此處提供了一個包含示例資料的教程：http://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/edu/data/CD.expanded/AFNI_data6/FT_analysis/tutorial/

同一個教程，每個步驟都記錄在一個影片中：http://andysbrainblog.blogspot.de/2013/08/afni-start-to-finish-playlist.html

這是一個非常有用的“在您完全不瞭解 AFNI 時需要了解的內容”：http://afni.nimh.nih.gov/pub/dist/doc/program_help/README.afnigui.html

以及您可能還會發現作為入門有幫助的 ppt 簡報：http://ngp.usc.edu/files/2013/06/Gimbel_AFNI.pdf