生物化學/肽鍵形成

肽鍵形成的生物化學機制如下。有關更詳細的化學描述，請參閱有機化學教科書。

注意：與任何生物化學機制一樣，以下過程是酶催化的，不會在細胞中自發發生。為了清晰起見，酶活性位點被省略了。

生物化學機制

將一個氨基酸的氨基末端新增到另一個氨基酸的羧基末端要經過兩個主要步驟

羧基末端羰基的羰基孤對電子透過 SN2 反應攻擊 ATP 分子上的末端磷酸鹽。ADP 作為離去基團，羧酸鹽上的羥基捐獻到形成的碳正離子。最後，現在是磷酸酯的新的羰基被去質子化。

第二個氨基酸的氨基末端的孤對電子攻擊磷酸酯的羰基碳，形成一個四面體中間體，在以前的羰基碳上具有四個取代基：草酸根離子、磷酸根、親核試劑和第一個氨基酸的α碳。最後，胺親核試劑被去質子化為中性狀態。

草酸根離子上的孤對電子坍塌在磷酸碳上，無機磷酸鹽作為離去基團丟失。所得鍵是羰基碳和胺基之間的醯胺鍵。