生物資訊學/序列搜尋和比對

假設我們獲得了一個序列（DNA、RNA、多肽），我們透過它理解各自字母表中的單字母程式碼。這就是我們所說的查詢序列，它是我們想要與儲存序列進行比較或與參考序列進行比對的輸入。搜尋工具將分析此字串併為每個查詢/參考字母對分配分數。搜尋或比對工具將輸出評分最高的結果。實際上，搜尋本身就是一種比對。或者，如果必須快速而粗略，我們會使用啟發式搜尋，這意味著我們對減少比對演算法複雜度進行幾個假設。