生物物理學/吸收

觀察光吸收時，定義為<出射強度></入射強度>。

吸光度也可以用比爾-朗伯定律的公式表示
$A=\epsilon cl$

基本分光光度計設計。圖中顯示了稜鏡，但更常見的是使用衍射光柵。

這個公式展開是吸光度 = 消光係數 × 濃度 × 光線穿過樣品的路徑長度。消光係數通常透過將模擬所有蛋白質的三個氨基酸的消光係數加起來來計算（色氨酸、酪氨酸和胞嘧啶）。由於公式中單位的抵消，吸光度本質上是一個無量綱的值：{{吸光度 = (<1></摩爾 × 釐米>) × 摩爾 × 釐米}}。我們可以使用專門設計用於測量吸收的光度計或分光光度計來測量吸收。

我們可以計算未摺疊蛋白質的比例，這基本上是計算未摺疊蛋白質的機率。在這種情況下，未摺疊（變性）蛋白質的比例可以寫成如下
$f_{d}={\frac {A_{max}-A}{A_{max}-A_{min}}}$
這相當於由於展開而引起的吸收變化除以所有蛋白質變性時觀察到的總變化。

肌紅蛋白暴露於不同量的變性劑（例如尿素或鹽酸胍）時的吸收曲線。由於血紅素暴露於溶劑，吸收減少。

肌紅蛋白的吸收曲線，帶有肌紅蛋白變性或仍處於其天然狀態的比例指示器。

類似地，保持摺疊或處於其天然狀態的蛋白質比例為
$f_{n}={\frac {A}{A_{max}-A_{min}}}$,
這是特定濃度下的吸收 A 相對於觀察到的總吸收變化。請注意，f_d 和 f_n 的總和為 1。變性蛋白質與天然蛋白質比例的比率是平衡常數。平衡常數 (K_eq) 可以寫成
$K_{eq}={\frac {f_{d}}{f_{n}}}$

回想一下，熵寫成：$S=k_{B}*ln(\Omega )$

因此，變性蛋白質和天然蛋白質之間機率的差異寫成：$S=k_{B}*ln({\frac {\Omega _{d}}{\Omega _{total}}})-k_{B}*ln({\frac {\Omega _{n}}{\Omega _{total}}})$

如果我們將玻爾茲曼常數移到括號之外，並認識到總變化的重數將抵消，我們將得到以下公式：$S=k_{B}[ln(\Omega _{d})-ln(\Omega _{n})$ 鑑於自然對數的代數性質，該公式可以重新排列為如下所示：$S=k_{B}*ln({\frac {\Omega _{d}}{\Omega _{n}}})$

回想一下，焓寫成：$\Delta S*T$ 所以$\Delta H=k_{B}*T*ln({\frac {\Omega _{d}}{\Omega _{n}}})$

然而，這表明即使變性蛋白更多，變性蛋白也是不利的。為了糾正這一點，我們只需新增一個負號，以便最終公式顯示為：$\Delta H=k_{B}*T*ln({\frac {f_{d}}{f_{n}}})$