化學資訊來源/SIRCh/網路化學資料庫
包含發表在《美國礦物學家》、《加拿大礦物學家》、《歐洲礦物學雜誌》和《礦物的物理與化學》上的所有結構，以及其他期刊中選定的資料集。該資料庫由美國礦物學會和加拿大礦物學會管理，並由美國國家科學基金會提供資金。
包含氫到鈾的原子的總能量和軌道特徵值，這些資料是在密度泛函理論的幾種標準變體中計算出來的。
Aureus Sciences 資料庫 (Aureus Sciences)
Aureus Sciences 幫助研究人員將資料轉化為知識，以加速藥物發現過程。AurSTORE 是一個全面的資料結構化系統，特別適合整合客戶自身研究計劃中產生的專有生物和化學資訊。資料庫涵蓋 ADME、激酶、核受體、蛋白酶、離子通道和 GPCR。
BiGG (加州大學聖地亞哥分校)
BiGG 資料庫允許探索數百種涉及代謝的人類疾病。它包含超過 3,300 種已知的人類生化反應，並允許科學家在計算機中建立任何細胞。
Binding MOAD (密歇根大學)
Binding MOAD 的目標是成為最大型的、具有明確識別的生物相關配體且註釋有從文獻中提取的實驗確定的結合資料（Kd、Ka、Ki、IC50）的良好解析蛋白晶體結構集合。目前有 9836 個條目，其中 2950 個條目包含結合資料。
BindingDB (馬里蘭大學生物技術研究所)
Binding Database 旨在透過 WWW 使溶液中分子非共價締合的實驗資料可搜尋。最初的重點是生物分子系統，但宿主-客體和超分子系統的相關資料也很重要，並將在適當的時候納入。該資料庫目前包含透過等溫滴定量熱法 (ITC) 和酶抑制 (Enz. Inhib.) 方法生成的資料。BindingDB 包含 15,000 種小分子配體，這些配體對 PDB 中代表的蛋白質有 30,000 種已測量的親和力。
C@ROL 下的生化途徑資料庫 (BioPath) (埃爾蘭根大學)
BioPath 旨在幫助科學家瞭解基因調控對生物系統的影響，以進行藥物靶點識別，並提供以下功能
- 1,175 種包含立體化學資訊的連線表分子
- 1,545 種生化反應化學計量平衡，帶有標記的反應中心和反應物和產物之間的原子-原子對映編號
- 1,000 種由名稱和 EC 號表示的獨特酶
- 202 種由名稱表示的途徑
- 涵蓋生物體：原核生物、植物、酵母和動物，一般途徑
- 途徑的亞細胞定位
一個免費獲取的蛋白質和遺傳相互作用資料庫。來自釀酒酵母、秀麗隱杆線蟲、果蠅和智人的超過 116,000 種相互作用。透過對釀酒酵母初級文獻進行詳盡的整理，最近添加了 5,778 篇出版物的超過 30,000 種相互作用。內部超連結的 Web 介面允許快速搜尋和檢索相互作用資料。完整資料集或使用者定義的資料集可以免費下載為製表符分隔的文字檔案和 PSI-MI XML。各種檔案格式的相互作用的預先計算的圖形佈局可用。使用稱為 Osprey 的視覺化系統可以構建包含嵌入式蛋白質、基因和相互作用屬性的自定義圖形，該系統與 BioGRID 動態連結。
包含從文獻中收集的晶體資料和結晶條件。BMCD 的當前版本包括 5247 個來自已獲得衍射級晶體的生物大分子的晶體條目。這些包括蛋白質、蛋白質:蛋白質複合物、核酸、核酸:核酸複合物、蛋白質:核酸複合物和病毒。
BMRB 是一個儲存蛋白質、肽和核酸的 NMR 光譜資料的倉庫。它包含許多指向有關 NMR 和生物分子結構的 www 資源的連結。
BioMeta 資料庫 (CMBI)
BioMeta 是一個代謝物和代謝反應資料庫。其內容主要基於 KEGG Ligand 資料庫。與 KEGG 資料庫相比，大量化學結構在組成和立體化學方面得到了修正。目標是建立一個包含正確分子和反應表示的資料庫。大約 1,500 種分子結構已被修正，約 55% 的不平衡反應已被“平衡”。目前（2007 年 5 月 7 日），BioMeta 資料庫的內容基於 KEGG Ligand 資料庫的第 36 版（2005 年 10 月 25 日），但正在進行更新。
MOBY-S 系統定義了一種基於本體的訊息傳遞標準，透過該標準，客戶端將能夠自動發現並與適合任務的生物資料和分析服務提供者進行互動，而無需在資料從一個提供者流向另一個提供者時手動操作資料格式。
BioPath.Explore 提供了一種方便的電子方式來訪問儲存在 BioPath 資料庫中的所有資訊，可以透過多種標準搜尋方法和檢索技術來訪問這些資訊。其他資訊，例如計算的物理化學性質和 3D 分子模型，允許 BioPath 更廣泛的應用。
資料庫搜尋功能包括產品/活性成分、產品類別、銷售額、市場營銷和批准狀態、適應症/疾病、來源/宿主/表達和化學品（非活性）等。
生物物理化學資料庫 (威斯康星大學)
資料庫涵蓋結構（蛋白質、核酸和病毒）和物理性質。還包括預測和視覺化工具。
BioPrint (Cerep)
Cerep 的 BioPrint 為支援藥物發現提供了一種獨特的資源。BioPrint 將新藥物候選物置於所有已上市藥物的背景中，預測潛在的體內負面影響，預測脫靶活性，並預測 ADME 特性。Cerep 已係統地分析了超過 2,500 種已上市藥物、失效藥物和參考化合物的活性成分，在超過 180 種經過充分表徵的體外分析中，包括多種分子靶點（GPCR 和其他受體、離子通道和轉運蛋白、酶、激酶等），以及溶液性質和體外 ADMET 特性
BOND 是生物分子物件網路資料庫——一個功能強大的新資料庫，它結合了序列、相互作用和相關互作組資料和內容。BOND 包含 Genbank 和 BIND 資料以及相關工具和資訊。BOND 將各種資料孤島整合到一個資源中。BIND 現在是 BOND 的元件資料庫。BOND 中為您熟悉的所有優秀功能都得到了改進，並且使用更方便，並能提供更多有見地的結果。
Bordwell pKa 表 (DMSO 中的活性) (威斯康星大學)]
由威斯康星大學麥迪遜分校的漢斯·J·賴希開發的一個方便的工具，用於查詢一些常用試劑的 PKa 值。
它提供多種搜尋選項，包括快速搜尋、全文搜尋、高階搜尋、亞結構搜尋、taxtree 搜尋等。
您可以在繪製化學結構後計算性質或預測生物活性。
一個包含超過 6,000 種危險物質的資料庫（超過 82,000 個同義詞）。每個化學品資料表描述了該物質及其特性，幷包括有關火災和爆炸危險、健康危害、滅火技術、清理程式和防護服的資訊。
(按四個主要級別對蛋白質進行聚類，類別 (C)、結構 (A)、拓撲結構 (T) 和同源超家族 (H)) CATH 資料庫是對蛋白質資料銀行 (PDB, Berman 等人，2003) 中蛋白質結構的層次化域分類。只考慮解析度優於 4.0 埃的晶體結構，以及 NMR 結構。所有非蛋白質、模型和“僅 C-alpha”超過 30% 的結構都從 CATH 中排除。使用 SIFT 協議 (Michie 等人，1996) 對 PDB 進行這種過濾。使用自動化和手動程式的組合對蛋白質結構進行分類。可以透過類別瀏覽資料庫，也可以透過關鍵字搜尋資料庫。
CAZy 描述了結構相關的催化和碳水化合物結合模組（或功能域）的家族，這些模組是降解、修飾或產生糖苷鍵的酶。
CCCBDB計算化學比較與基準資料庫（美國國家標準與技術研究院）
CCCBDB (http://srdata.nist.gov/cccbdb) 是一個包含 615 種中性氣相物質的實驗和理論熱化學性質的集合。該資料庫/網站的目標是為評估從頭算計算方法提供一組基準分子和反應，並允許比較不同從頭算計算方法和實驗以預測熱化學性質。使用者可以透過使用該站點的資料來評估應用於熱化學的從頭算方法的準確性。實驗和計算資料可用（生成焓以 kJ/mol 表示，計算能量以 hartrees 表示，振動頻率列表，幾何形狀）並且可以在比較中使用。例如，可以針對實驗和不同理論水平顯示使用者指定反應的焓值。CCCBDB 中目前包含的性質包括生成焓、熵、熱容、幾何形狀、振動頻率和內旋轉勢壘。
加拿大職業健康與安全中心擁有最全面的材料安全資料表 (MSDS) 之一。允許跨資料庫進行免費搜尋，但檢視某些記錄需要付費。資料庫包括 MSDS、CHEMINFO（關於純化學品的全面健康和安全資訊）、CHEMpendium（CHEMINFO、CESARS、CHRIS、DSL/NDSL、HSDB、NJHS 事實表、NIOSH 袖珍指南、運輸 TDG 和運輸 49CFR 的組合資料庫，以及 RTECS，化學物質毒性影響登記冊）。
CEBS 由美國國立環境健康科學研究所製作，它編目了與毒素反應相關的所有基因產物。其目標是成為一個公開的毒理基因組學知識庫。
ChEBI，生物學興趣化學實體（EMBL-EBI，歐洲生物資訊學研究所）
生物學興趣化學實體 (ChEBI) 是一個免費提供的分子實體詞典，專注於小分子化合物。ChEBI 包含本體分類，其中指定了分子實體或實體類別與其父級和/或子級之間的關係。
ChemBank 是一個由 Broad Institute 化學生物學計劃建立的公共網路化資訊環境，在很大程度上由美國國立癌症研究所的化學遺傳學計劃 (ICG) 提供資金。這個知識環境包括從小分子和小分子篩選衍生的免費資料，以及用於研究這些資料以獲得生物學和醫學見解的資源。ChemBank 的目的是指導化學家合成新的化合物或文庫，幫助生物學家尋找擾亂特定生物途徑的小分子，以及催化藥物獵手發現新的有效藥物的過程。
ChemBioBase 套件（Jubilant Biosystems）
ChemBioBaseTM 是一套全面的以靶點為中心的配體資料庫，涵蓋了所有目前研究關注的主要靶點。例如，Kinase ChemBioBaseTM 包含針對激酶靶點的 319,000 多種小分子。
ChemDB 包括 ChemicalSearch、Kpredictor、Smi2Depict 和 Babel。
ChemicalSearch：透過基本標準（如分子量和預測的 logP）或透過更抽象的結構相似性概念來查詢化學物質。
Kpredictor：線上提交小分子結構，並使用我們的核心方法預測獲得選定的物理化學性質值。
Smi2Depict：獲取分子“SMILES”字串列表，並生成相應的 2D 影像描述。
Babel：允許在各種分子檔案格式之間直接轉換。這對於將其他格式（如 SDF 和 Mol2）轉換為大多數這些介面期望的 SMILES 字串很有幫助。
該資料庫包含化學物質及其物理特性。ChemExper 化學目錄包含 200,000 多種不同的化學物質、10,000 多個 MSDS 和 10,000 多個紅外光譜。
ChemFinder（CambridgeSoft；需要外掛進行子結構搜尋）
自 1995 年以來，ChemFinder 一直為數十萬科學家提供免費的化學搜尋服務。這個免費資料庫提供化學結構、物理性質和超連結。
美國化學文摘社擁有全球最大的化學相關資訊資料庫，以及一套用於訪問其中包含的資訊的工具（SciFinder、STN 網頁版、STN Easy 和 STN AnaVist）。CAS 製作的資料庫包括
- 化學文摘 Plus (CAplus) 是美國化學文摘社 (CAS) 提供的當前全面化學文獻資料庫。CAplus 涵蓋了化學、生物化學、化學工程及相關科學所有領域的國際期刊、專利、專利族、技術披露、技術報告、書籍、會議論文集、學位論文、僅電子期刊和網路預印本，時間範圍從 1907 年至今，以及 180,000 多條 1907 年之前的專利和期刊文章記錄。
- CAS REGISTRY 檔案是一個包含由 CAS 登記系統識別的物質記錄的資料庫。這些包括在 CAplus 和 CA 檔案中索引的物質，以及特殊登記，例如，針對 TSCA 和 EINECS 等監管清單的登記。它包含大量關於化學物質的經驗和計算物理化學性質。
- CHEMCATS（線上化學目錄）是一個目錄檔案，包含有關可商購化學品及其全球供應商的資訊。
- CHEMLIST，受監管的化學物質清單，識別來自全球 100 多個清單和監管清單的物質。記錄包含物質識別資訊、清單狀態、資訊來源以及監管活動、報告和其他合規資訊的摘要。該資料庫最初包含 TSCA、EINECS 和 ENCS 等國家化學清單。如今，它包括 HPV、汙染物排放清單、優先化學品和具有運輸限制的危險化學品等國際清單。
- TOXCENTER（毒理學中心）是一個文獻資料庫，涵蓋藥物和其他化學品的藥理學、生物化學、生理學和毒理學效應。它從各種來源彙編而來，包括 Medline、農藥文摘、CAplus 等。
化學縮略語資料庫（由印第安納大學化學圖書館維護）
有兩種方法可以搜尋這個化學縮略語資料庫（包含 14822 個參考資料）：按縮略語搜尋和按關鍵字搜尋。您還可以透過填寫線上表格來輸入新記錄。
網路版化學動力學資料庫（來自美國國家標準與技術研究院的氣相反應資料）
NIST 化學動力學資料庫包含了幾乎所有關於熱氣相化學反應的動力學結果。該資料庫旨在根據所涉及的特定反應物、導致指定產物的反應、特定物質的所有反應或這些反應的各種組合來搜尋動力學資料。此外，還可以按作者姓名或姓名組合搜尋參考文獻。該資料庫包含超過 11,700 個不同反應物對的 38,000 多個獨立反應記錄。這些資料是從 12,000 多篇論文中摘錄的，文獻覆蓋範圍截至 2000 年初。
CSLS 允許在 80 多個數據庫中查詢化合物，這些資料庫包含超過 3900 萬個條目（2700 萬個獨特的結構）。可以透過 InChI、SMILES、分子式和其他識別符號搜尋化合物。可以上傳包含結構和 ID 的檔案以在 CSLS 中執行搜尋。
ChemIDplus（美國國立醫學圖書館）
ChemIDplus 是 NLM 特色資訊服務的其中一個程式。它允許按物質識別、毒性、物理性質、分子量、定位碼和化學結構進行搜尋。
cheML.io（納扎爾巴耶夫大學計算機科學系和化學系）
cheML.io 是一個包含 ML 生成的分子的線上資料庫[1]。該網路服務提供子結構和類似條目搜尋。除了結構資訊外，它還包含每個分子的預先計算特徵。該資料集包含從 10 個 ML 框架中取樣的 280 多萬個 ML 生成的分子。對資料的訪問是開源的。
ChemMine（加州大學河濱分校植物細胞生物學中心）
ChemMine 是一款整合的化合物挖掘服務和資料庫。其目標是促進化學基因組學篩選並傳播生成的知識。該資料庫提供訪問來自公共和商業供應商的各種生物活性、天然和篩選化合物。可以透過化學性質、子結構匹配、結構相似性和生物活性來搜尋它們的結構和功能註釋。除了全面的資訊檢索系統外，ChemMine 還是一種用於分析先導化合物的結構和化學性質的化學資訊學服務。這項線上服務可用於資料庫中表示的化合物以及使用者提供的化合物。當前的線上分析工具集包括基於結構的化合物聚類、化學描述符的生成以及各種檢視和重新格式化功能。
Chemspace 是一個免費的小分子資料庫：構建塊、片段和篩選化合物。該資料庫提供對來自全球供應商的超過 1 億種現貨和按需化合物的資訊訪問。Chemspace 還為客戶提供藥物發現解決方案。所有註冊使用者都可以將免費的 Chemspace KNIME 節點嵌入到其定製的內部工作流程中，以便直接在 Chemspace 資料庫中進行搜尋，而無需使用瀏覽器。
ChemSpider（英國皇家化學會）
ChemSpider 是一個免費的化學結構資料庫，提供對超過 2500 萬種結構、性質和相關資訊的快速訪問。透過整合和連結來自 400 多個數據源的化合物，ChemSpider 使研究人員能夠從單次線上搜尋中發現對免費可用化學資料的最全面檢視。
一個可免費訪問的化學品資料庫，包含具有其合成參考文獻和物理性質（如熔點、沸點和密度）的物質。該資料庫目前包含超過 40,000 種化合物和超過 45,000 份合成參考文獻。
ChemxSeer（賓夕法尼亞州立大學）
一個整合的數字圖書館和資料庫，允許對化學領域中的文件和從化學動力學獲得的資料進行智慧搜尋。資料儲存庫元件包含從各種來源獲得的實驗資料。他們的工具可以處理、儲存和連結多種格式的資料，例如 Excel、XML、高斯和 Charmm。元資料附加元件可以幫助註釋資料並連結多個數據集。
Chirbase 包含 95,000 種手性分離、30,000 種分子結構和 4000 種每四個月更新的新分離。它是一個強大的資訊系統，用於透過色譜法分離對映異構體。
CDD 使科學家能夠在努力更有效地開發用於商業和人道主義市場的新的候選藥物方面進行合作。系統中的資料集包括 FDA 孤兒藥和獲批藥物以及小分子藥物發現數據，涵蓋瘧疾、肺結核、非洲昏睡病、恰加斯病和利什曼病等疾病。
COD 中約有 43,000 個條目（2006 年 6 月 16 日）。COD 為搜尋提供 2 個強大的選項：透過以您選擇的組合方式：文字（2 個單詞或單詞的一部分）、元素（1 到 8，有或沒有公式編號）、體積（最小值和最大值）以及元素的嚴格數量；透過晶胞引數範圍 amin-amax、bmin-bmax 等。
細胞色素 P450 藥物相互作用表（印第安納大學 - 普渡大學 - 印第安納波利斯分校）
此表設計為一個假設檢驗、教學和參考工具，供對藥物相互作用感興趣的醫生和研究人員使用，這些藥物相互作用是競爭或對人類細胞色素 P450 系統的影響的結果。臨床醫生和醫療保健提供者可能會發現簡化的臨床表格更實用，該表格專為處方期間的實際使用而設計。
D
[edit | edit source]資料和屬性計算網站（伊利諾伊大學芝加哥分校熱力學研究實驗室）
您可以在此處找到指向許多奈米、量子、統計力學和熱力學資料以及屬性計算網站的連結。
DIP（相互作用蛋白質資料庫）
DIPTM 資料庫對實驗確定的蛋白質間相互作用進行分類。它結合來自各種來源的資訊以建立一組一致的蛋白質-蛋白質相互作用。儲存在 DIP 資料庫中的資料經過人工整理，由專家整理人員進行，也透過利用從 DIP 資料最可靠的核心子集中提取的蛋白質-蛋白質相互作用網路知識的計算方法進行整理。
DisProt 蛋白質無序資料庫
蛋白質無序資料庫 (DisProt) 是一個經過整理的資料庫，提供有關在其推測的天然狀態下（無論是全部還是部分）缺乏固定 3D 結構的蛋白質的資訊。DisProt 是印第安納大學醫學院計算生物學與生物資訊學中心和坦普爾大學資訊科學與技術中心的合作成果。
該資料庫允許進行植物搜尋、化學搜尋、活性搜尋和民族植物學搜尋。還允許瀏覽資料庫。
DrugBank（阿爾伯塔大學）
它包含有關 3,000 多個藥物靶點和 4,100 種獲批或實驗性藥物產品的化學、藥物、醫學和分子生物學資訊。
DrugMatrix（Iconix 製藥）
DrugMatrix 是毒理基因組學這一新領域中的第一個綜合研究工具。它使研究人員能夠在藥物發現和開發的最早、最具成本效益的階段選擇最優質的先導化合物和候選藥物，並消除可能失敗的候選藥物。
E
[edit | edit source]ECOTOX（美國環境保護署）
ECOTOXicology 資料庫 (ECOTOX) 是查詢水生生物、陸地植物和野生動物單一化學物質毒性的來源。ECOTOX 將三個以前獨立的資料庫——AQUIRE、PHYTOTOX 和 TERRETOX——整合到一個獨特的系統中，該系統包含主要來自同行評審文獻的毒性資料，分別用於水生生物、陸地植物和陸地野生動物。
eMolecules（以前稱為 Chmoogle）
透過繪製結構或使用 SMILES 來搜尋化學品供應商資訊的一個好來源。供應商聯絡資訊在記錄中提供。高階搜尋允許進行子結構和精確結構搜尋。對於專家搜尋，您必須先登入。eMolecules 中不包含反應和化學性質資訊。
The National Cancer Institute (NCI) database consists of approximately 250,000 structures. The browser has the
以下功能
- 子結構搜尋功能（例如，搜尋氫鍵受體/供體）
- 擴充套件的搜尋條件（計算的 log P、複雜度、資料可用性）
- PASS 活性譜預測（> 500 種作用機制）
- 輸出功能，例如 MDL Chime、3D Java 檢視器、VRML 場景、電子表格
- 3-D 藥效團搜尋功能
- 指向其他服務的連結，用於進一步處理搜尋結果
Entrez，生命科學搜尋引擎（美國國家生物技術資訊中心）
一個綜合入口網站，用於搜尋生命科學資料庫。
Envirofacts 主化學整合器 (EMCI)（美國 EPA）
您可以使用此表單搜尋 EMCI 化學參考網頁提供的全部資訊文字。
環境命運資料庫 (EFDB)（Syracuse 研究公司）
EFDB 包含 Datalog、Biolog、Chemfate、Biodeg 和 Biodeg Summary 等檔案。
國際光譜資料庫 (ISDB) 是一個電子資料庫和檔案，用於儲存光譜和物質資料，供科學界訪問。
EXTOXNET，擴充套件毒理學網路
涵蓋以下主題
- 不良健康影響和風險
- 飲食與癌症
- 食品安全
- 家庭有害廢物
- 室內空氣
- 殺蟲劑
- 安全飲用水
- 土壤（園藝和化學品）
F
[edit | edit source]它可以用作電子化學目錄。例如，您可以透過文字、模板和混合搜尋搜尋 ACROS。
Flexweb 是一個入口網站，用於研究網路的靈活性以及相關的軟體。它包含指向 Flexweb 託管的各種軟體應用程式的連結。大多數軟體可供學術團體下載，包括僅可執行檔案和完整原始碼分發。
G
[edit | edit source]GADU（基因組分析和資料庫更新）VO（虛擬組織）提供以下服務
- 從越來越多的分析工具以及越來越多的源序列數量和規模中，對整合的公共資料庫進行可靠的及時更新。
- 執行使用者指定的模型。
- 基於 Web 的門戶訪問所有服務。
- 自定義序列分析工作流程。
部分甲基化醇糖乙酸酯的電子轟擊質譜。
包含 C、N、O 或 F 形成的每個可能的有機分子，最多包含 11 個原子，考慮到化學穩定性和合成可行性；2640 萬種化合物。
量子化學常用術語和縮略語詞彙表（Karl K. Irikura）
量子化學文獻，涵蓋分子軌道理論和密度泛函理論，充斥著縮寫、首字母縮略詞和行話。本詞彙表解釋了一些更常見的術語。列出了引用的文獻。
該資料庫是功能糖組學聯盟的專業資料庫之一，用於糖類結合蛋白、糖類結構和糖基轉移酶。總的來說，它們提供了一種獨立的方式來訪問 CFG 資料，以及整合大量公開可用的資訊。它們是開發一個將正在生成的各種型別資料整合起來的生物資訊學資源的關鍵，也是朝著糖生物學的綜合系統生物學方法邁出的重要一步。
該網站提供的資料庫包括文獻搜尋、質譜搜尋、核磁共振、結構和 PDB 搜尋。
H
[edit | edit source]該網站包含有關在蛋白質資料庫 (PDB) 檔案中遇到的雜環化合物的資訊。它每年更新幾次。
HIV/OI/TB 治療資料庫（美國 NIAID 艾滋病分部）
這些資料庫可以透過化合物名稱和作者姓名進行搜尋。
自 2004 年以來，人類代謝組專案已經收集了大約 2,500 種分子（2007 年初），這些分子是由人體組織和體液中的代謝反應產生的。該資料庫旨在包含或連結三種類型的資料：1) 化學資料，2) 臨床資料和 3) 分子生物學/生物化學資料。它包括水溶性和脂溶性代謝物，以及被認為是豐富（> 1 uM）或相對罕見（< 1 nM）的代謝物。此外，大約 5500 個蛋白質（和 DNA）序列與代謝物條目相關聯。
人類蛋白質參考資料庫是一個集中的平臺，用於視覺化地描述和整合有關人類蛋白質組中每個蛋白質的結構域架構、翻譯後修飾、相互作用網路和疾病關聯的資訊。HPRD 中的所有資訊都是由專家生物學家從文獻中手動提取的，他們閱讀、解釋和分析已發表的資料。HPRD 是使用 Zope 中的面向物件資料庫建立的，Zope 是一個開源 Web 應用程式伺服器，它在查詢功能方面提供了靈活性，並允許動態顯示資料。
I-ChemiSt, 智慧化學結構資料庫]（質譜和核磁共振譜資料庫）
質譜資料庫包含複雜碳水化合物分子的部分甲基化乙酸酯醛糖醇（PMAAs）的氣相色譜-電子電離質譜（GC-EIMS）。目前，該資料庫包含 600 多個 GC-EIMS 譜圖。核磁共振譜資料庫仍在建設中。
iHOP 服務透過自動從 PubMed 文件中提取關鍵句子，提供有關 1,500 多種生物體和 80,000 多個基因的摘要資訊。
印第安納大學分子結構中心是互惠網路網站網路的合作伙伴之一。互惠網路網站網路是一個分散式資料庫，用於晶體學資訊，它由世界各地的參與晶體學實驗室執行。一些樣本可供公眾免費使用，無需身份驗證。授權使用者登入後可以跳轉到另一個網站的資料庫或訪問 ReciprocalNet.org 的主伺服器。
Infotherm 熱物理性質資料庫（FIZ Chemie Berlin）
- 資料型別：來自 9,900 種化合物中總共 27,000 種混合物和 7,200 種純物質的實驗熱力學和物理性質
- 資料庫增長：每月約 1,000 張表
- 內容：183,000 張 PVT 狀態值表和圖表，相平衡資料，傳輸和表面性質，熱量，光學和聲學性質
- 材料型別：75% 有機，20% 無機和 5% 有機金屬化合物，重點是溶劑
- 來源：13,100 篇來自期刊和報告的出版物，以及印刷和電子格式的測量方案和資料收集，時間跨度從 1919 年至今
IntAct（蛋白質相互作用資料庫）
IntAct 提供一個免費的開源資料庫系統和用於蛋白質相互作用資料的分析工具。所有相互作用都來自文獻整理或直接使用者提交，並免費提供。
IUPAC-NIST 溶解度資料庫（由國際純粹與應用化學聯合會編制和評估的資料）
該資料庫包含 67,500 多個溶解度測量值，這些測量值來自 IUPAC 溶解度資料系列的 18 卷。該資料庫包含約 1800 種化學物質和 5200 個體系，其中 473 個已過嚴格評估。該資料庫包含 1800 多個參考文獻。典型的溶劑和溶質包括水，海水，重水，無機化合物以及各種有機化合物，如烴，鹵代烴，醇，酸，酯和氮化合物。
聯合專家物種系統，JESS（用於複雜水生環境中化學物種熱力學和動力學建模的工具）
JESS 是一個強大的研究工具，用於對複雜水生環境中的化學物種進行建模。它旨在解決需要對溶液化學的專業知識的問題。它目前包含 250 多個程式，2000 多個子程式和 234,000 行 Fortran 程式碼。
KEGG API 為訪問 KEGG 系統提供了寶貴的方法，例如用於搜尋和計算細胞過程中生化途徑或分析完全測序基因組中的基因宇宙。使用者可以透過 HTTP 協議上的 SOAP 技術訪問 KEGG API 伺服器。SOAP 伺服器還附帶 WSDL，這使得為特定計算機語言構建客戶端庫變得容易。這使使用者能夠為許多不同的目的編寫自己的程式，並自動執行訪問 KEGG API 伺服器並檢索結果的過程。
與生命相關的化學物質和反應的資料庫。它是一個複合資料庫，目前包含 COMPOUND、DRUG、GLYCAN、REACTION、RPAIR 和 ENZYME 資料庫。ENZYME 來自酶命名法，但其他資料庫是內部開發和維護的。KEGG Ligand 包含用於執行相似性搜尋並預測反應和反應途徑的工具。
KEGG PATHWAY 是一個手動繪製的途徑圖集合，代表了我們對以下方面的分子相互作用和反應網路的瞭解：
- 代謝
- 遺傳資訊處理
- 環境資訊處理
- 細胞過程
- 人類疾病
- 藥物開發
激酶知識庫 (KKB)（Eidogen-Sertanty）
激酶知識庫 (KKB) 是 Eidogen-Sertanty 的激酶結構-活性及化學合成資料資料庫。目前，激酶知識庫涵蓋以下資料（截至 2006 年 8 月）：期刊文章和專利：>2,600；生物活性資料點數量：>222,000。
KiNET 是同類中第一個可透過網際網路訪問的訂閱蛋白質組學資料庫。它具有內建的生物資訊學搜尋功能，用於細胞訊號轉導研究。KiNET 包含來自 6000 多個蛋白質印跡的數百種訊號轉導蛋白的表達和磷酸化狀態的 200,000 多個測量值，這些印跡是在對照和處理後的組織/細胞樣本中進行的。
生命科學閘道器 (LSGW) 為生物資訊學家提供應用服務。LSGW 使終端使用者能夠將 TeraGrid 的大規模資源應用於他們的問題，但它也允許應用服務提供商利用本地資源，建立一個服務提供商層次結構，可以開始滿足整個生物資訊學社群的計算和資料需求。
LIPIDAT（有關脂質中間相和晶體多晶型轉變的熱力學和相關資訊）
LIPIDAT 是一個有關脂質中間相和晶體多晶型轉變的熱力學和相關資訊的關聯資料庫。LIPIDAT 中有 19,959 條記錄。該資料庫包括脂質分子結構。當前版本的 LIPIDAT 中的大部分條目是針對甘油脂和鞘脂。
該資料庫是由日本國際醫療中心和日本科學技術振興機構聯合研究專案開發的。可以使用關鍵字、分類、支鏈、油或脂肪名稱、數字或位置搜尋 LIPID 資料庫。
稱為 LIPID MAPS 的脂質代謝物和途徑策略已被開發出來，用於對脂質組學研究應用全域性整合方法。
MatWeb 的核心是一個可搜尋的材料資料表資料庫，包括有關熱塑性和熱固性聚合物（如 ABS、尼龍、聚碳酸酯、聚酯、聚乙烯和聚丙烯）的效能資訊；金屬，如鋁、鈷、銅、鉛、鎂、鎳、鋼、超級合金、鈦和鋅合金；陶瓷；以及半導體、纖維和其他工程材料。可以使用文字搜尋、分類搜尋（材料型別、聚合物製造商、聚合物商品名、金屬 UNS 號）和定量搜尋進行搜尋。
MedChem/Biobyte QSAR 資料庫（波莫納學院）
醫學主題詞，MeSH（美國國家醫學圖書館）
MeSH 是美國國家醫學圖書館的受控詞彙詞典。它包含一組命名描述符，這些描述符在層次結構中排列，允許在不同特異性級別進行搜尋。MeSH 中有 22,997 個描述符。除了這些標題之外，在單獨的詞典中還有 151,000 多個稱為補充概念記錄（以前稱為補充化學記錄）的標題。還有數千個交叉引用，幫助找到最合適的 MeSH 標題，例如，維生素 C 參見 抗壞血酸。這些附加條目包括 24,050 個列印的參見引用和其他 112,012 個條目點。MeSH 詞典用於 NLM 為 MEDLINE/PubMED® 資料庫中來自世界領先的 4,800 家生物醫學期刊的文章編制索引。
MEDPHYT（藥用植物資料庫）
Registration is required to use this database.
MetaCyc 是一個非冗餘的、經過實驗闡明的代謝途徑資料庫。MetaCyc 包含來自 600 多種不同生物體的 700 個途徑。MetaCyc 是根據科學實驗文獻進行整理的。它儲存了參與初級代謝（包括光合作用）、次級代謝以及相關化合物、酶和基因的途徑。
該資料庫包含來自 PDB 分佈結構中所有含金屬位點的定量資訊。它包含幾何和分子資訊，允許對特定位點特徵組合進行分類和搜尋，並回答諸如“有多少單核鋅位點是五配位的，X 射線解析度優於 1.8 埃？”之類的問題。然後，可以視覺化和操作匹配的位點。該資料庫還包含足夠的資訊來回答涉及配體型別和數量的問題（例如，“至少 2 個 His”），幷包括距離截止條件（例如，“金屬-配體距離不超過 3.0 埃且不少於 2.2 埃”）。
METLIN 是一種基於網路的資料管理系統，旨在透過提供對其當前和全面的質譜代謝物資料的公開訪問來協助廣泛的代謝物研究和代謝物鑑定。
MINT 專注於從科學文獻中由專家館員挖掘的經過實驗驗證的蛋白質相互作用。經過整理的資料可以在高通量資料的背景下進行分析，並使用“MINT 檢視器”以圖形方式檢視。
myGrid 專案開發了一套全面的鬆散耦合的中介軟體元件，專門用於支援生物學中資料密集型計算機模擬實驗。工作流和查詢規範使用 Web 服務協議將第三方和本地資源連線在一起。該軟體可以免費下載，並且已被用於為調查威廉姆斯-貝倫綜合徵和格雷夫斯病的合作生命科學家構建發現工作流。（引自 myGRID 主頁）
Mol-Instincts 是全球首個基於量子力學和 QSPR（定量構效關係）的化學基礎資料庫，提供化學物質的物理和化學性質、熱力學資料、光譜資料以及許多其他基本資訊。它是基於 41 項專利技術構建的最大和最全面的資料庫之一，包含超過 250 萬種化合物和 100 億組資料和資訊。
N
[edit | edit source]美國國家毒理學計劃（美國衛生與公眾服務部）
NTP 是一個機構間計劃，其使命是透過開發和應用現代毒理學和分子生物學的工具來評估公眾健康關注的物質。
美國國家藥品程式碼目錄（美國食品藥品監督管理局藥品評價與研究中心）
美國為商業分銷而製造、製備、繁殖、配製或加工的所有藥物的當前清單。藥物產品使用一個獨特的、三段式的數字（稱為國家藥品程式碼 (NDC)）進行識別和報告，該數字是人類藥物的通用產品識別符號。FDA 將完整的 NDC 號碼和作為清單流程一部分提交的資訊輸入到稱為藥物註冊和清單系統 (DRLS) 的資料庫中。FDA 每年幾次從 DRLS 資料庫中提取部分資訊（目前，已正確列出的上市處方藥產品和胰島素），並在 NDC 目錄中釋出這些資訊。
NAViGaTOR（多倫多大學）
一個用於視覺化和分析蛋白質-蛋白質相互作用網路的軟體包。NAViGaTOR 可以查詢 OPHID / I2D - 互動資料線上資料庫 - 並以 2D 或 3D 顯示網路。為了提高可擴充套件性和效能，NAViGaTOR 將 Java 與 OpenGL 結合使用，以在多個硬體平臺上提供 2D/3D 視覺化系統。NAViGaTOR 還提供分析功能並支援標準匯入和匯出格式，如 GO 和蛋白質組學標準倡議 (PSI)。
NDRL/NIST 溶液動力學資料庫（美國國家標準與技術研究院）
生成真核蛋白質磷酸化位點的激酶特異性神經網路預測。目前，NetPhosK 涵蓋以下激酶：PKA、PKC、PKG、CKII、Cdc2、CaM-II、ATM、DNA PK、Cdk5、p38 MAPK、GSK3、CKI、PKB、RSK、INSR、EGFR 和 Src。
美國國立衛生研究院 DTP 癌細胞系活性預測（印第安納大學）
美國國立衛生研究院發育治療計劃提供了一組 60 種癌細胞系，對這些細胞系進行了約 42,000 種化合物的篩選。IU 資料庫為使用者指定的化合物集返回所有 60 個細胞系的活性預測。請注意，從美國國立衛生研究院獲得的資料是實值的，並且可用於三個濃度引數。這些模型是使用 log GI50 開發的，截止值為 5.0。預測是使用一組隨機森林模型獲得的，每個細胞系使用一個模型，使用 166 位 MACCS 鍵作為特徵。
美國國家職業安全與健康研究所資料庫和資訊資源（美國國家職業安全與健康研究所）
這些資料庫按化學品、傷害、疾病和危險資料和資訊、出版物、呼吸器和其他個人防護裝備、農業和建築分類。最受歡迎的資料庫包括國際化學品安全卡、美國國家職業安全與健康研究所化學危險袖珍指南和NIOSHTIC-2。
美國國家標準與技術研究院化學網路手冊（美國國家標準與技術研究院）
該網站提供美國國家標準與技術研究院在標準參考資料計劃下編制的熱化學、熱物理學和離子能資料。
閘道器包含指向選定的免費線上美國國家標準與技術研究院資料庫的連結，以及指向可供購買的美國國家標準與技術研究院資料庫的資訊。您可以在美國國家標準與技術研究院科學和技術資料庫集中搜索特定關鍵字、屬性和物質。您將獲得一個可能包含您需要資訊的資料庫列表。
美國國家標準與技術研究院物理實驗室物理參考資料（美國國家標準與技術研究院）
您可以透過元素獲取對資料庫資料的訪問許可權。您也可以使用連結訪問有關物理常數、原子光譜資料、分子光譜資料、X 射線和伽馬射線資料、核物理資料等的所有資訊。
美國國家標準與技術研究院科學和技術資料庫（美國國家標準與技術研究院）
此線上資料庫資源涵蓋化學、材料、數學、物理、光學、熱物理學和熱化學中的各種資料庫。
NMRShiftDB 是一個用於有機結構及其核磁共振 (nmr) 光譜的網路資料庫。它允許光譜預測（目前僅限於碳），以及搜尋光譜、結構和其他屬性。最後但並非最不重要的一點是，它允許其使用者同行評審地提交資料集。
集合（2005-08-30）：15944 種結構和 17925 種光譜；1423 種質子光譜；大約 1500 種結構，具有不同型別的光譜。
核酸資料庫（羅格斯大學：一個關於核酸三維結構資訊的儲存庫）
這是一個關於核酸三維結構資訊的儲存庫。您可以執行三種類型的搜尋
- NDB 搜尋：搜尋透過 X 射線晶體學或 NMR 確定的含核酸結構。
- NDB 整合搜尋：另一種 NDB 搜尋應用程式，提供更靈活的搜尋和報告生成功能。
- NDB 狀態搜尋：提供有關晶體結構處理狀態的報告。
O
[edit | edit source]可以透過單個卷的目錄表（“期刊模式”）或透過執行結構和關鍵字搜尋（“資料庫模式”）訪問有機合成程式。對於有機化學家來說，這是一個很好的合成“食譜”來源。
OWL，複合蛋白質序列資料庫（涵蓋 SWISS-PROT、PIR、GenBank 和 NRL-3D）
OWL 是 4 個公開可用的主要來源的非冗餘組合：SWISS-PROT、PIR（1-3）、GenBank（翻譯）和 NRL-3D。SWISS-PROT 是最高優先順序的來源，所有其他來源都與它進行比較，以消除相同和微不足道的不同序列。可以透過登入號、資料庫程式碼、文字、序列、標題、作者、查詢語言和正則表示式訪問 Owl。
P
[edit | edit source]提供對美國專利資料庫、歐盟專利資料庫和 WO/PCT 專利資料庫的免費訪問，以及即將提供的免費 INPADOC 和日本專利搜尋。要訪問免費專利資料庫，需要建立一個帳戶並登入。高階搜尋服務，如 Idea Analysis 和 SureChem 需要付費訂閱。由 Reel Two 出品的 SureChem 包含從 USPTO、EPO 和 WO 專利的全文中挖掘的 540 多萬種獨特結構。SureChem 使用者可以透過子結構或相似性進行搜尋。資料匯出讓客戶可以在他們的桌面上分析結果或將它們納入任何資訊學工作流程。SureChem 門戶還為使用者提供了一系列用於化學和通用搜索的先進專利搜尋工具。所有新使用者都可以享受 7 天免費試用。
通路相互作用資料庫是一個高度結構化的、經過整理的關於已知生物分子相互作用和關鍵細胞過程的資訊集合，這些資訊被整合到訊號通路中。它是美國國家癌症研究所 (NCI) 和自然出版集團 (NPG) 之間的合作專案。
蛋白質資料庫 (PDB) 是關於大型生物分子（包括蛋白質和核酸）的三維結構資訊的全球單一儲存庫。這些是存在於所有生物體（包括細菌、酵母、植物、果蠅和小鼠）以及健康和患病的人類中的生命分子。瞭解分子的形狀有助於瞭解它的工作原理。透過 RCSB PDB 可以獲得與每個結構相關的各種資訊，包括序列細節、原子座標、結晶條件、使用各種方法計算的三維結構鄰居、派生的幾何資料、結構因子、三維影像以及指向其他資源的各種連結。截至 10 月 17 日，PDB 中儲存了 39464 個結構。
該資料庫有 44,913 個 Ki 值可供搜尋，並且還在不斷增長
關於在細胞研究中使用藥物化合物的資料庫。
PHYSPROP 包含 25,250 多種化學物質的化學結構、名稱和物理性質。物理性質從各種來源收集，包括熔點、沸點、水溶性、辛醇-水分配係數、蒸氣壓、pKa、亨利定律常數和大氣中 OH 反應速率常數的實驗值、外推值和估計值。
國家化學實驗室蛋白質資料庫（印度浦那）
MOLTABLE 入口網站是為化學資訊學環境中的小分子而建立的，現在正在擴充套件到生物分子，特別是蛋白質資料。MOLTABLE 入口網站將展示蛋白質化學中的“配體空間”。
包含一個可搜尋的木葡聚糖寡糖醛糖醇的質子核磁共振化學位移表。木葡聚糖的寡糖亞基是透過內切葡聚糖酶處理聚合物並用硼氫化鈉還原而生成的。硼氫化物處理透過將還原殘基的相互轉換的異頭形式轉化為單一的穩定部分（醛糖醇）來簡化每種木葡聚糖寡糖的純化和光譜分析。所得寡糖醛糖醇的質子核磁共振化學位移相似，但不完全相同於母體還原寡糖的化學位移。
PubChem 提供有關小分子生物活性資訊。它是 NIH 分子庫路線圖計劃的一部分。PubChem 包含物質資訊、化合物結構和生物活性資料，分別儲存在三個主要資料庫中：PCSubstance、PCCompound 和 PCBioAssay。PCSubstance 包含超過 1500 萬條記錄；PCCompound 包含超過 1000 萬個獨特的結構；PCBioAssay 包含超過 300 個生物測定。每個生物測定包含各種資料點。
PubChemSR（搜尋和檢索）是 NCBI 化學資料庫 PubChem 的一個基於 MS-Windows 的資料搜尋和檢索工具。PubChemSR 是用 MS Visual Basic .Net 編寫的，並透過 SOAP（簡單物件訪問協議）使用 Entrez Eutilities 實現。它只在 Windows XP 上測試過，但它應該在任何其他 Windows 平臺上都能很好地工作。PubChemSR 有一些特殊功能，例如針對三個 PubChem 資料庫（PubChem Compound、PubChem Substance 和 PubChem BioAssay）中的任何一個進行文字（關鍵字）搜尋，以及對拼寫錯誤的搜尋詞進行拼寫校正。
PubDock；用於發現的 PubChem 對接（印第安納大學）
PubChem Dock 儲存大規模對接計算的結果，包括目標的 PDB 結構、對接配體的 3D 結構和對接分數。目前評估了 Openeye 的 fred 提供的四個評分函式，即
- chemgauss3
- shapegauss
- oechemscore
- plp
對於每個評分函式，總分數以及分量分數都被儲存。資料庫目前包含針對六種蛋白質（1YC4、1R1P、1YC3、1YC1、1XP6、1QKT）的對接結果。計劃用蛋白質家族的對接結果來填充 PubDock。一種可能的用途是使用相似性方法對家族進行配體篩選。
PMC 是美國國立衛生研究院 (NIH) 的免費生物醫學和生命科學期刊文獻數字檔案。除了作為檔案的作用之外，PubMed Central 的價值還在於，當來自不同來源的資料以統一的格式儲存在單個儲存庫中時，可以做什麼。
Q
[edit | edit source]您可以將文字和化學結構結合起來進行網路搜尋。根據 Google Web API 許可協議的規定，Query Chem 每天限於 1000 次“未加金鑰”的 Google 搜尋，並由 Chembank、PubChem 和 Emolecules 提供支援。
QCLDB II 量子化學文獻資料庫
這是一個關於 1978 年以後出版的論文的資料庫，這些論文處理原子和分子電子結構的從頭計算。從大約三十種核心期刊中收集、調查這些論文，並由一群年輕的日本量子化學家提供適當的標籤，揭示論文的內容和本質。
R
[edit | edit source]Reactome，一個經過整理的生物途徑知識庫
Reactome 是冷泉港實驗室、歐洲生物資訊學研究所和基因本體論聯盟之間的一項合作，旨在開發一個經過整理的人類生物學核心途徑和反應資源。該資料庫中的資訊由生物學研究人員（在其領域擁有專業知識）編寫，由 Reactome 編輯人員維護，並與 NCBI、Ensembl 和 UniProt 的序列資料庫、UCSC 基因組瀏覽器、HapMap、KEGG（基因和化合物）、ChEBI、PubMed 和 GO 互引。除了經過整理的人類事件之外，還提供了 22 種非人類物種（包括小鼠、大鼠、雞、斑馬魚、蠕蟲、果蠅、酵母、兩種植物和 E.coli）中推斷出的直系同源事件。
S
[edit | edit source]SCOP 資料庫旨在提供對所有已知結構的蛋白質之間結構和進化關係的詳細而全面的描述，包括蛋白質資料庫 (PDB) 中的所有條目。它可以作為一組緊密連結的超文字文件獲得，這些文件使大型資料庫易於理解和訪問。此外，超文字頁面還提供了蛋白質的多種表示，包括指向 PDB 條目、序列、參考文獻、影像和互動式顯示系統的連結。
Sigma-Aldrich 是世界上領先的化學品供應商之一。該網站提供子結構搜尋和反應搜尋功能。
SitesBase 是 PDB 中已知配體結合位點的資料庫，可以透過 PDB 識別符號或配體 3 字母程式碼（例如 NAD）進行導航。每個結合位點都包含一個經常更新的類似結合位點登記表，這些結合位點共享通過幾何雜湊檢測到的原子相似性（Brakoulias 和 Jackson 2004）。還提供多重比對、結構疊加和指向其他結構資料庫的連結，以進行進一步分析。
SOLV-DB（來自國家制造科學中心的溶劑資料）
SOLV-DB 由國家制造科學中心提供，是溶劑資料的單一來源。SOLV-DB 收集了有關商業上可獲得的溶劑的大量資訊。使用 SOLV-DB 查詢
- 選擇和使用溶劑時涉及的健康和安全注意事項。
- 影響特定溶劑適合廣泛潛在應用的化學和物理資料。
- 監管責任，包括暴露和排放限值，根據幾個關鍵法規的危險分類狀態，以及選定的報告要求。
- 環境歸宿資料，以表明溶劑是否可能在空氣或水中分解或持續存在，以及可能適用的廢物處理技術型別。
SPECARB 是一個實驗資料庫，包含碳水化合物的拉曼光譜。它旨在包含來自單體（醛糖、酮糖和葡糖脂）及其衍生物到複雜多糖的碳水化合物的固態拉曼光譜。
有機化合物光譜資料庫，SDBS（日本國立先進工業科學技術研究所 (AIST)）
SDBS 是一個有機化合物整合光譜資料庫系統，它在化合物目錄下包含 6 種不同型別的光譜。六種光譜如下：電子轟擊質譜 (EI-MS)、傅立葉變換紅外光譜 (FT-IR)、1H 核磁共振 (NMR) 光譜、13C NMR 光譜、雷射拉曼光譜和電子自旋共振 (ESR) 光譜。截至 2004 年 9 月底，資料的數量如下
- 化合物：約 32,200 個化合物已更新
- MS：約 22,900 個光譜已更新
- 1H NMR：約 14,000 個光譜已更新
- 13C NMR：約 12,300 個光譜已更新
- FT-IR：約 49,800 個光譜已更新
- 拉曼：約 3,500 個光譜
- ESR：約 2,500 個光譜。
SRC 指標檔案的子結構搜尋（Syracuse Research Corporation）
該檔案包含 18,620 種化學物質，可以透過 ChemS3 提供的子結構和精確搜尋進行訪問，ChemS3 是為網際網路和內部網應用程式開發的化學搜尋引擎。
該網站是 SUGABASE 資料庫的實驗性 WWW 介面，SUGABASE 是一個碳水化合物核磁共振資料庫，它將 CarbBank 複雜碳水化合物結構資料 (CCSD) 與質子和碳化學位移值相結合。它可以用於對碳水化合物結構和/或核磁共振資料進行簡單搜尋。結構以 CCSD 格式呈現。核磁共振資料顯示為化學位移表
合成方案（波士頓大學化學方法學和庫開發中心）
用於固相、液相和庫合成程式的資料庫。
T
[edit | edit source]該系統支援資料庫搜尋、比對和系統發育、模式搜尋、DNA/RNA 分析和蛋白質分析。它透過提供統一的外觀和功能來收集和統一資料和應用程式。
A database to provide information about the known and explored therapeutic protein and nucleic acid targets, the targeted disease, pathway information and the corresponding drugs/ligands directed at each of these targets. Also included in this database are links to relevant databases that contain information about the function, sequence, 3D structure, ligand binding properties, enzyme nomenclature and related literatures of each target.This database currently contains 1535 targets and 2107 drugs/ligands.
TOXNET，毒理學資料網路（美國國立醫學圖書館）
TOXNET 涵蓋有關毒理學、有害化學物質、環境健康和有毒物質排放的資料庫。這些資料庫包括 HSDB、ChemIDPlus、DART 等等。
U
[edit | edit source]基於美國國立衛生研究院 (NIH) 免費的生物醫學和生命科學期刊文獻數字檔案 PubMed Central (PMC)，英國 PubMed Central (UKPMC) 提供了一個穩定、永久且可免費訪問的全文字同行評審研究出版物線上數字檔案。
UniProt 是一個關於蛋白質的綜合資訊目錄。它是一個蛋白質序列和功能的中央儲存庫，由瑞士蛋白質資料庫 (Swiss-Prot)、TrEMBL 和 PIR 中的資訊整合而成。UniProt 知識庫 (UniProtKB) 是對經過精心整理的蛋白質資訊的中心訪問點，包括功能、分類和交叉引用。UniProt 參考聚類 (UniRef) 資料庫將密切相關的序列組合成單個記錄，以加速搜尋。UniProt 檔案 (UniParc) 是一個綜合儲存庫，反映了所有蛋白質序列的歷史。
DTP 資料庫包括
- 研究藥物 - 化學資訊：關於 DTP 專案中過去或現在候選藥物的化學和物理資料。包括化學結構、名稱、生物資料（在人類腫瘤細胞系篩選中的活性）、毒性資料、溶解度、穩定性、紫外可見光譜和高效液相色譜資料。
- COMPARE 資料庫和癌症研究分析工具：可以使用化合物的 NCI 登入號（NSC 號）指定探針或“種子”化合物。然後，COMPARE 演算法根據 60 種細胞系對資料庫中化合物的反應與這些細胞系對種子化合物的反應的相似性對整個資料庫進行排名。
- NCI 篩選資料 3D 挖掘器：該資料庫在首次釋出時包含來自原始 DTP 表格的 216,089 個名稱（45,229 種化合物）、44,804 個艾滋病抗病毒篩選結果、41,000 個抗腫瘤化合物和來自原始 DTP 來源的 122,631 個 CAS 號碼。
在 WebReactions 中，您只需繪製完整的反應，即您可能在實驗室日誌中繪製的反應。WebReactions 會自動為您檢測所有反應中心，然後從資料庫中檢索大約 12 個最相似的反應。WebReactions 不執行傳統的反應資料庫系統的反應子結構搜尋。網站包含介紹和教程。
Youlab.Me（帶有結構搜尋的開放資料庫服務）
Youlab.Me 是一個免費開放的結構搜尋資料庫。使用者可以建立自己的結構可搜尋的資料庫。有一個參考資料庫，其中包含從公共來源自動收集的化學資料。該服務對學術使用者跟蹤化學庫存和商業公司推廣產品很有用。
ZINC（用於虛擬篩選的商業化可用化合物）
ZINC 包含超過 460 萬種化合物，以可直接對接的 3D 格式提供。ZINC 由加州大學舊金山分校 (UCSF) 藥學系 Shoichet 實驗室提供。