化學資訊來源/SIRCh/分子視覺化工具和網站
SIRCh：化學精選網際網路資源
- 分子視覺化資源世界索引
- 生物分子視覺化資源世界索引
- NetSci 的分子力學和分子動力學軟體列表
- 通用分子建模軟體 NIH 分子建模中心列表
- 互操作性和標準
- 化學家的網際網路瀏覽器外掛和小程式 在“化學家連結”(利物浦)
- NCI/CADD 化學結構解析器
- Open Babel 在 Sourceforge.net
- BABEL；分子結構資訊交換中心
- Mol2Mol
- CLiDE (來自 SimBioSys 的化學文獻資料提取工具)
- ACD/ChemSketch
- Corina
- OSRA 光學結構識別 (一個旨在將化學結構的圖形表示（如在期刊文章、專利檔案、教科書、貿易雜誌等中出現）轉換為 SMILES 的實用程式)
- Discovery Studio Visualizer (accelrys)
- Chime (必須向 Symyx 註冊)
- 四維分子 (Mol4D)
- 點群對稱性練習 由 Arie Aizman
- Liz Dorland 的化學教程和資源頁面 (包括：“使用 Chime 外掛的 WWW 化學教程”)
- Molviz.org，由 Eric Martz 收集的分子視覺化資源 (馬薩諸塞大學阿默斯特分校)
- 生物分子視覺化資源世界索引
- RasMol 主頁
- OpenRasMol 主頁
- RasMol 手冊
- 分子視覺化免費軟體：Protein Explorer、Chime 和 RasMol (RasMol 主頁)
- ChemDraw ActiveX/Plugin Net (CambridgeSoft)
- Cosmo Player VRML 外掛
- Jmol
- Jamberoo (跨平臺分子編輯器)
- JCAMP-DX (用於光譜)
- JSpecView 小程式規範
- ChemSketch (ACD Labs)
- 結構繪製和報告 - ChemWindow (BioRad)
- Cn3D (NCBI 的 Entrez 免費檢視器)
- DeepView Swiss-Pdb 檢視器
- 3D 大分子分析和 Kinemage 主頁 在理查森實驗室 (用於 Macintosh、PC、Linux 和 UNIX 平臺的 Mage 軟體)
- Moviemol，一個易於使用的分子顯示和動畫程式
- pyMOL
- Acorn NMR Inc. (NUTS)
- Serena Software (PCMODEL)
- Jaguar
- Spartan
- Scigress Explorer (以前，CAChe)
- HyperChem
- Corina
- CACTUS (NIH NCI 的 CADD 小組的化學資訊學和使用者工具)
- PDB3D：WWW 的即時 3D 分子渲染器
- 四維分子 (Mol4D)
- WWW PovChem 手冊 (Paul Thiessen)
- VMD：視覺化分子動力學
- gOpenMol
- 用於化學結構的 2D 圖的 GIF/PNG 建立器
- XMView 在印第安納大學分子結構中心 (將生成出版物質量的分子圖形。適用於 Red Hat Linux 和 SGI 工作站)
- Jmol (適用於 Windows、Mac OS X 和 Linux/Unix 系統) JmolApplet 是一個可以整合到網頁中的 Web 瀏覽器小程式。Jmol 應用程式是一個獨立的 Java 應用程式，可在桌面上執行。JmolViewer 是一個開發工具包，可以整合到其他 Java 應用程式中。
- JME 分子編輯器 (Java 小程式，用於繪製或編輯分子和反應，包括生成子結構查詢，以及在 HTML 頁面中直接描繪分子。編輯器可以生成建立的結構的 SMILES 或 MDL mol 檔案。)
- JaMM 在印第安納大學分子結構中心
- Marvin Java 小程式
- 化學家藝術畫廊
- 分子生物物理影像 (伊利諾伊大學香檳分校貝克曼研究所理論生物物理學組)
- 生物大分子視覺化歷史 由 Eric Martz 和 Eric Francoeur
- 勞倫斯利弗莫爾國家實驗室的化學物件測試頁面 )
- WebMolecules：專為 3D 分子視覺化而設計的網站。
- ChemVis
- 不含過渡元素的分子資料庫；Banque de molécules et d'ions ne contenant pas d'éléments de transition (由 Gerard Dupuis)
- MathMol 3-D 分子結構庫
- 透過 NIH 特色資訊服務的 NCI-3D 資料庫
- ChemVIZ (在 NCSA 開發的化學視覺化程式)
- 礦物和分子虛擬博物館
- 分子生物物理影像 (伊利諾伊大學香檳分校理論與計算生物物理學組)
- 本月的分子
- Flick Coleman 的 Wellesley Chime 網站
- VRML 資源 （聖地亞哥州立大學計算科學與工程教育中心）
- 化學中的虛擬現實建模語言 (VRML)
- ACD 的 ChemSketch 使用從網站 (www.acdlabs.com) 獲得的 Goodies 工具集。Goodies 工具集使用 ChemBasic 編碼。Chemsketch 程式在匯出到 VRML 之前包括 2D 到 3D 的能量最小化例程。
- Cosmo Player VRML 外掛
- 用於化學結構的 VRML 檔案建立器 從您的 2D 或 3D 資料檔案生成 VRML 場景（支援超過 40 種結構檔案格式）。如果輸入結構中不包含 3D 座標，則會自動生成 3D 座標。許多顯示選項可用於控制視覺外觀。
- OrbVis 是一種用於計算和視覺化分子軌道的線上服務。該服務將視覺化您建立的任何合理結構的所有 MOs。它結合使用 VRML2.0 外掛和 JAVA1.1 小程式，具有許多顯示選項可用於控制視覺外觀。