化學資訊來源/科學寫作輔助工具
本章的目的是向您介紹一些有助於寫作任務的工具。這些工具包括化學結構繪圖程式，這些程式與文字處理程式或結構搜尋資料庫整合，以及參考文獻管理軟體（產品/參考工具，有助於將參考文獻以正確的格式放入），以及幫助您正式命名化學物質的工具等等。
在本節中，最重要的是要掌握正式科學寫作中使用的約定，例如期刊名稱縮寫和引用中經常省略文章標題。術語 **引用** 和 **參考文獻** 在此上下文中可以互換使用，指的是書目中的專案。
科學在過去幾個世紀中取得如此快速的發展，主要歸功於通訊和出版技術的重大發展，從印刷機和活字印刷的發明開始。科學的大部分檔案記錄仍然只以印刷文字的形式存在，儘管一些較舊的期刊已數字化並提供給圖書館，以便每年購買或訂閱以保持訪問許可權。由於預算壓力、空間限制和使用者偏好等原因，許多圖書館已取消了印刷訂閱，轉而採用線上方式訪問最新期刊。許多圖書館也正在獲取電子書（電子書），在某些情況下，它們正在改變其獲取模式，以便在兩種格式都可用的情況下，優先選擇電子書而不是印刷版。無論格式如何，科學家都必須編寫並發表其實驗結果。
作為一名科學家，您將被要求撰寫許多不同型別的作品，從實驗室筆記本到資助專案申請、技術報告和期刊論文。有一些書籍可以作為化學寫作指南，例如 簡明化學寫作指南 和 科學寫作藝術：從學生報告到化學及相關領域的專業出版物，您可以在線上書店或圖書館目錄中搜索“科學寫作”和相關主題來找到更多標題。最值得注意的是 《ACS 風格指南》，其第三版於 2006 年出版。第 1 章（撰寫科學論文） 和 第 14 章（參考文獻） 可線上獲取，以及其他 線上寫作指南。
影像可以輕鬆地插入現代文字處理程式，如 Microsoft Word 或 Open Office。這些程式附帶拼寫檢查詞典，但不幸的是，它們中的科學詞彙量非常有限。 化學詞典 V3.0 是一個包含 104,000 個化學術語的壓縮詞典，您可以將其新增到您的 MS Word 或 Open Office 詞典中。還有 Word 化學外掛，它允許您將化學資訊作為化學標記語言 (CML) 新增到 Word 文件中：名稱、簡明公式和二維結構。繪圖和資料分析程式如今使資料視覺化的任務變得更加簡單。這些程式旨在提供電子表格、視覺化和統計軟體中常見且常用的功能的組合。其中一個軟體包是 KaleidaGraph。甚至還有處理數學表示式的科學寫作軟體包，例如 MacKichan Software 的 Scientific Notebook。
一些化學家，尤其是那些傾向於物理/理論方面或 UNIX 作業系統使用者的化學家，更喜歡使用 LaTeX 文件處理系統以及相應的引用管理器 BibTeX。
理想情況下，化學繪圖程式應該能夠輕鬆地與文字處理軟體整合，並且還能夠提供一些幫助來處理複雜的化學正式命名系統。軟體程式 CLiDE 的操作方式類似於化學的光學字元識別 (OCR) 軟體。Clide 可以將結構的二維表示轉換為 MDL 的 mol 檔案或 CambridgeSoft 的 ChemBioDraw 格式。一個免費的來源用於將繪製的結構轉換為計算機可讀形式是 OSRA，光學結構識別。該程式旨在將化學結構的圖形表示（例如，它們出現在期刊文章、專利檔案、教科書、貿易雜誌等中）轉換為 SMILES。
最流行的化學結構繪圖程式之一是 CambridgeSoft 的 ChemBioDraw（現在是 PerkinElmer 的一部分）。ChemBioDraw 可以單獨使用，也可以作為 ChemBioOffice 套件的一部分使用，該套件還包括 ChemBio3D、ChemBioFinder 和 E-Notebook。ChemBioDraw 的起始螢幕是這類程式的典型特徵，其中包含一些預先繪製的化學物件供您選擇。 CambridgeSoft 確實提供學術定價，包括 ChemDraw Std，價格不到 200 美元。一些化學軟體生產商提供免費軟體，但一些軟體可能會指定僅限學術用途。流行的產品包括 ACD/Labs 的 ACD/ChemSketch 免費軟體、ChemAxon 的 Marvin 套件（包括 MarvinSketch）和 Accelrys 的 免費 Accelrys Draw。
已經開發了幾種程式，將化學結構的影像更進一步——賦予它一個可接受的 IUPAC（國際純粹與應用化學聯合會）名稱。 ACD/Name 將正確命名 90% 以上用該程式繪製的有機物質。ACD/Labs 在 ACD/ChemSketch 中包含了最多 50 個原子和三個環的分子 IUPAC 命名，他們還提供了一個擴充套件程式，用於在 ChemBioDraw 中生成系統名稱。
上面討論的幾個化學結構繪圖程式是套件的一部分，這些套件包含額外的功能，可以用作化學資訊管理器。CambridgeSoft 的 ChemBioOffice 軟體包包括 E-Notebook 和其他與 MS Excel 整合的程式。其他人開發了與現有關係資料庫軟體配合使用的產品，例如 Accelerys 的 Accord。
大多數參考文獻（或書目）管理軟體程式雖然缺乏化學功能，但也擁有其他重要功能，使其非常有用。例如，您可以從 Web of Science 或 SciFinder 等書目資料庫中下載記錄，並將這些記錄直接匯入到個人資料庫中，無需鍵入任何資訊。載入後，這些資料可以在寫作過程中重複使用，在整篇論文中嵌入參考文獻（編號或作者-日期），同時動態建立相關的參考文獻列表。這些程式通常有大量的輸出樣式，可以自動格式化每個參考文獻，以滿足各種出版商和官方風格指南的要求。除了引用資料之外，這些程式還可以捕獲文章 URL，在某些情況下，您可以將全文附加到資料庫中的記錄。
引用管理器可以是免費軟體或需要購買，駐留在本地或雲端（或兩者兼而有之，具體取決於使用者偏好）或儲存參考文獻。
參考文獻管理軟體程式的比較可以 在這裡找到。 EndNote（基於桌面）和 RefWorks（基於網路）是常用的程式，而最近的選項，特別是開源選項，越來越受歡迎。 Papers 是一個 iOS 程式，也可以用作 iPhone/iPad 應用，而 Mendeley 結合了參考文獻管理和社交網路功能，允許使用者共享他們找到的研究論文。 Zotero，它在從網頁中捕獲參考文獻方面做得特別好，是另一個新興的程式。
每個程式自然都有其獨特的特徵、優勢和不足。這些程式正在快速發展，響應其競爭對手取得的進步。因此，您應該確保查閱最新的評論和產品資料，以便做出明智的決定。
為了在科學期刊數量有限的年代節省印刷空間，科學家們開始使用縮寫來表示期刊名稱。在19世紀初，只有少數科學期刊存在，因此從縮寫中很容易知道指的是哪本期刊。然而，現在有數以萬計的期刊。儘管如此，許多科學家，包括化學家，仍然使用他們引用的期刊名稱的縮寫形式。
化學文摘社 (CAS) 提供一項免費資源，可以幫助確定要使用的正確縮寫或破譯令人費解的期刊標題縮寫。CAS 資源索引搜尋工具，也稱為 CASSI 搜尋工具，可以確認出版物的標題和縮寫，以及 CODEN、ISBN 或 ISSN 程式碼。CASSI 收錄了自 1907 年以來 CAS 索引的出版物列表。一些圖書館保留了現已停產的 CASSI 紙質卷或 CD-ROM 版本，其中包含網路版本中沒有的額外內容。應諮詢當前的圖書館目錄，因為圖書館館藏（僅在紙質版和 CD-ROM 版本中找到）多年來一直沒有更新。網路版本最多返回 50 個結果，因此搜尋應儘可能具體。Ber 不會檢索到 Berichte der Deutschen Chemischen Gesellschaft，但 Ber. Dtsch. Chem. Ges. 可以。CAS 提供的另一項資源，Beyond CASSI 列出了早期化學文獻和其他歷史參考來源中的期刊縮寫標題。
最後，各個協會和其他期刊出版商在其網站上提供了重要的指南，以幫助作者準備向其期刊提交的稿件，通常在名為“作者須知”的連結下。顯然，如果希望自己的稿件受到編輯的認真關注，就需要仔細遵循這些說明。例如，為了幫助論文和書籍的作者以及美國化學學會 (ACS) 出版物的編輯，ACS 製作了 ACS 風格指南。在那裡，您將找到關於在參考文獻中引用各種文件所需的格式的說明和示例。此外，本指南還列出了最常引用的期刊標題的縮寫。其他主題包括語法、風格、用法、插圖、表格、列表和計量單位，以及化學中使用的約定。它還涵蓋了許多相關主題，從同行評審和版權到口頭報告和 ACS 出版物的道德準則。
現在有很多軟體產品和印刷作品可以使科學寫作比幾年前容易得多。雖然本章中討論的一些產品可能超出了學生的價位，但其中許多產品是免費的，或者對學術使用者來說價格非常低廉。