DChip/基因分類

按註釋術語分類基因

透過“比較樣本”或“過濾基因”獲得基因列表後，我們可以使用“工具/基因分類”對話方塊根據基因本體論或其他註釋術語將這些基因分類為不同的組。基因組具有標題行，例如“在 120 組中發現 15 個基因本體論“對外部刺激的反應”基因（所有：1068/7734，P 值：0.661181）”。p 值的計算方式與重要基因簇相同。這裡 120 是輸入基因列表中具有基因本體論註釋的基因數量，因此可能少於列表中的實際基因數量。請注意，在“工具/基因分類”中，會考慮整個基因列表以評估重要富集；而在聚類中，會考慮每個具有至少 4 個註釋基因的基因簇。因此，前者比後者產生更少的顯著基因組。

在“工具/選項/聚類”對話方塊中定義的重要 p 值在輸出檔案中字尾有星號（“***”）。還可以選中“僅報告重要結果”框以僅輸出具有重要 p 值的基因組。“基因列表檔案”的附加資料列（如表達值或倍數變化）將被複制到輸出的“分類檔案”中。

為了防止同一基因的多個探針組對功能重要性計算結果產生偏差，最好選中“分析/開啟組/選項/分析/遮蔽冗餘探針組”以從基因列表中排除冗餘探針組（由 LocusLink ID 識別）。這也可以在“工具/選項/分析/遮蔽冗餘探針組”中完成，但重新執行“分析/開啟組”是可取的，因為基因註釋的晶片背景資訊是在讀取“基因資訊檔案”後計算的。