DChip/示例方法說明

使用 dChip 的示例方法說明

使用 DNA-Chip Analyzer (www.dchip.org; Li & Wong 2001a) 進行陣列歸一化、表達值計算和聚類分析。不變集歸一化方法 (Li & Wong 2001b) 用於在探針單元級別對陣列進行歸一化，使其具有可比性，而基於模型的方法 (Li & Wong 2001b) 用於探針選擇和計算表達值。這些表達水平附帶標準誤差作為測量精度，隨後用於計算兩樣本或兩組比較中倍數變化的 90% 置信區間 (Li & Wong 2001b)。倍數變化的下限是實際倍數變化的保守估計。在處理後倍數變化超過 2 倍（下限）的基因被選中以供進一步研究。

層次聚類分析 (Eisen 等人，1998) 用於對具有相同表達模式的基因進行分組。如果 (1) 其在 20 個樣本中的表達值具有 0.5 到 10 之間的變異係數（標準差/平均值）(2) 它被 MAS5（或 GCOS 或 dChip）軟體在 5 個以上樣本中稱為“Present”，則選擇一個基因進行聚類。然後將基因在 20 個樣本中的表達值標準化為透過線性變換具有 0 的平均值和 1 的標準差，兩個基因之間的距離定義為 1 - r，其中 r 是兩個基因的 20 個標準化值之間的標準相關係數。距離最近的兩個基因首先合併成一個超基因，並透過表示其距離的長度的分支連線起來，並在將來的合併中被刪除。新形成的超基因的表達水平是每個樣本中兩個基因標準化表達水平的平均值（平均連線）。然後選擇距離最小的下一對基因（超基因）進行合併，並重復該過程，直到所有基因合併成一個簇。圖 ? 中的樹狀圖說明了最終的聚類樹，其中彼此靠近的基因在其跨 20 個樣本的標準化表達值中具有高度相似性。