二分檢索表/細菌
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包括藍藻細菌（自養）和真細菌（異養）。
- 酸桿菌門 (嗜酸性，革蘭氏陽性，高 G+C，常見於泥土)
- 放線菌門 (高 G+C 革蘭氏陽性細菌)
- 水生菌門 (超嗜熱化學自養菌，革蘭氏陰性)
- 擬桿菌門 (真正多樣化的群體，包括病原體，共生體和自由生存細菌；厭氧，革蘭氏陰性，桿狀)
- 衣原體門 (真核細胞的專性細胞內寄生蟲，革蘭氏陰性)
- 綠彎菌門 (厭氧，光合自養，革蘭氏陰性綠硫細菌)
- 綠麴菌門 (綠色非硫細菌)
- 金藻菌門 (化學自養菌)
- 藍藻門 (產氧光合細菌和葉綠體)
- 脫鐵桿菌門 (水生，厭氧細菌)
- 脫硫球菌-熱菌門 (極端微生物，革蘭氏陰性)
- 網狀菌門 (嗜熱化學有機營養菌)
- 纖維桿菌門 (纖維素消化，厭氧瘤胃細菌，兩種)
- 厚壁菌門 (低 G+C 革蘭氏陽性)
- 梭桿菌門 (專性厭氧異養菌，許多參與人類感染，革蘭氏陰性，不形成孢子)
- 芽生菌門 (革蘭氏陰性細菌，細胞包膜中缺乏 DAP)
- 硝化螺旋菌門 (革蘭氏陰性；包括亞硝酸氧化菌，嗜熱硫酸鹽還原菌和嗜酸性鐵還原菌)
- 浮黴菌門 (卵形革蘭氏陰性細菌，通過出芽繁殖)
- 變形菌門 (紫色細菌和親屬，革蘭氏陰性)
- 螺旋體門 (螺旋狀化學異養菌，革蘭氏陰性)
- 共生菌門 (革蘭氏陰性，桿狀/弧狀細胞形狀)
- 柔膜菌門 (革蘭氏陽性，無細胞壁)
- 熱硫桿菌門 (嗜熱，硫酸鹽還原細菌)
- 熱微菌門 (超嗜熱化學異養菌)
- 熱袍菌門 (超嗜熱，專性厭氧，發酵異養菌)
- 疣微菌門 (陸地，水生，一些與真核宿主相關；革蘭氏陰性)