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石油設施產生一些致命的廢水問題。露天礦也導致水酸化（查詢一些 SA 示例）。露天採礦會導致從表土營養物質傾倒導致溪流富營養化。

石油汙染

原油洩漏是最嚴重的汙染源，石油的可燃性、對動植物的毒性以及石油的審美效應使其成為嚴重的汙染物。在海洋環境中，汙染的主要來源有兩個。一個是煉油、運輸、油輪清洗和其他意外洩漏造成的慢性影響。第二個來源是大量石油在事故中丟失的急性事件。石油可以透過塗層和窒息直接殺死生物，並且可以透過接觸或攝入殺死生物。水溶性有毒化合物可能對魚類和無脊椎動物致命，還會導致魚類敏感的卵和幼蟲形態的破壞。破壞鳥類身體絕緣。石油可能對食物鏈有影響，如果一個主要獵物或捕食者物種受到影響。受慢性漏油影響的水域可能具有較低的物種生物多樣性和氧氣濃度波動。石油可能抑制浮游植物的光合作用。極地地區最容易受到漏油的威脅，因為低溫會減緩石油的分解，而極地水生生物往往具有很長的生命週期。珊瑚礁也處於漏油的嚴重威脅之下，因為它們恢復緩慢，受影響的珊瑚礁可能會被侵蝕。許多清理技術旨在清理潮間帶以造福旅遊業，但損害了生態系統的其他部分。乳化劑和粉筆使石油汙染成為底棲生物和公海的危險，而海灘刮除會造成巨大的生物破壞。

多氯聯苯。這是一組存在於油漆、油墨和無碳複寫紙中的有機物質。這些物質持久且溶於脂肪。它已在食物鏈的高營養級中被發現，並影響海鳥的代謝和防水性。日本受到多氯聯苯嚴重影響的人群患有皮膚疾病。

富營養化

大量氮和磷進入地表淡水是富營養化的主要原因。在不受影響的生態系統中，磷是稀缺的，是生態系統中物種種群增長的限制因素。大量磷輸入水生生態系統可能會導致水生大型植物大量繁殖，之後氮可能成為限制因素。水中的養分耗盡後，這些大型植物開始死亡和腐爛，導致水生生態系統內出現厭氧條件。此過程導致受影響的生態系統動物群發生變化，通常導致生物多樣性降低。