GNU Health/實驗室管理
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GNU LIMS，也稱為Occhiolino，是一個現代的實驗室資訊管理系統，面向醫療保健和生物醫藥領域，它已經成為GNU Health的一個子專案。
實驗室模組管理實驗室分析的申請、建立和評估。就LIMS（實驗室資訊管理系統）功能而言，GNU Health 非常靈活。您可以將其連結到患者圖表和醫療中心的財務管理。
它能夠連結到財務管理，並根據實驗室申請建立服務和發票/賬單。Occhiolino 從一開始就被整合到 GNU Health 中。
要建立新的實驗室檢驗申請記錄，有兩種方法
- 點選患者表格中的關聯按鈕，然後選擇申請實驗室檢驗命令。
- 點選主導航中的申請實驗室檢驗命令。
無論哪種情況，都會開啟一個對話方塊，允許您輸入以下資訊
- 日期: 申請的日期和時間（預設值為當前日期和時間）
- 緊急: 一個複選框，用於指示緊急申請
- 患者: 患者姓名（連結到患者記錄）
- 背景: 可以是懷疑或存在的健康狀況、定期體檢等（可選）
- 醫療專業人員: 申請實驗室檢驗的醫療專業人員姓名
- 檢驗: 申請檢驗的列表
實驗室模組允許您從不同實驗室檢驗列表中選擇，並建立您需要的特定檢驗，包括其分析物、正常範圍等。
為了檢查新的實驗室檢驗申請並建立檢驗報告，實驗室工作人員將在主導航中開啟該部分。
醫療保健 → 實驗室 → 實驗室檢驗申請
這將顯示實驗室檢驗申請列表，顯示上面描述的所有資訊。
實驗室預約包含一個或多個不同的實驗室檢驗。如果相關的醫療專業人員將預約關聯到特定醫療服務文件，則該文件將包含在每個檢驗中。一旦檢驗準備就緒，可以透過點選"更新服務"將實驗室檢驗包含到服務文件中。此時，您也可以將檢驗分配到預設服務文件之外的其他服務文件。
此外，還存在狀態列，指示申請是草稿還是已預約。一旦實驗室工作人員透過點選操作按鈕並選擇實驗室：建立檢驗命令建立了實驗室檢驗，申請的狀態將從草稿更改為已預約。此外，申請的字型顏色將從藍色更改為黑色，使區分待處理申請和正在處理的申請變得更容易。
此時，與實驗室檢驗型別關聯的所有分析物都將被建立，並準備由分析儀進行處理。
在螢幕截圖中，單個預約包含三個實驗室檢驗申請。
GH 命令：實驗室
實驗室檢驗記錄允許儲存特定檢驗中包含的所有檢驗標準的值，以及一些額外的資訊。
要訪問檢驗結果，有兩種方法
- 點選患者表格中的關聯按鈕，然後選擇實驗室：報告命令。
- 點選主導航中的醫療保健 → 實驗室 → 實驗室檢驗結果命令。
實驗室檢驗結果表格的結構如下
主要資訊
主要資訊選項卡提供有關患者和整個檢驗的資訊。大部分資訊來自實驗室檢驗申請。此表格上的相關資訊包括預約及其日期、申請的醫療專業人員、進行檢驗的技術人員、驗證檢驗的實驗室經理以及驗證日期。
在主要資訊選項卡的下半部分，是實驗室檢驗標準表格。此表格允許為檢驗的每個標準輸入以下資訊
- 警告 : 如果值超出範圍，將自動設定。醫生也可以在不考慮值的情況下進行設定。
- 排除 : 選中此欄位以忽略檢驗中的此分析物
- 分析物 : 要檢查的實際引數
- 值: 在該分析物上獲得的結果。
- 結果 - 文字: 用於非定量結果。例如，尿液外觀。
- 下限、上限和單位: 特定分析物上正常值的預設範圍。
- 備註: 與結果相關的任何特定說明。
額外資訊和驗證
額外資訊選項卡提供了結果摘要和診斷的空白。驗證選項卡提供了一個加密摘要雜湊和記錄的狀態。實驗室檢驗也可以數字簽名。這些功能在GNU Health 加密軟體包中提供。
實驗室檢驗的列印佈局稱為實驗室報告。您可以透過點選報告按鈕並選擇實驗室報告操作，從實驗室檢驗結果表格預覽和列印實驗室報告。任何異常值（即低於下限或高於上限的檢驗標準值）都將以紅色列印。
您可以使用 "實驗室" 命令列直接訪問實驗室報告。
雙擊實驗室檢驗，您將進入表格檢視，其中包含有關該檢驗的詳細資訊。
顯示、列印或透過電子郵件傳送實驗室檢驗結果和標籤
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生成實驗室測試後，技術人員可以列印實驗室測試標籤（例如，code-39 條碼），以便分析儀進行處理。
預設情況下，GNU Health 中的報告格式為 PDF，但可以配置為其他格式（例如 LibreOffice ODT）。
此外，GNU Health 4.0 客戶端可以選擇透過電子郵件傳送報告。
配置
[edit | edit source]要配置可用的實驗室測試，請轉到主選單中的“健康→配置→實驗室”部分。您有兩個選項：您可以建立、編輯或刪除測試型別（包括其測試標準），還可以配置測試中使用的單位。
實驗室測試單位
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雙擊“健康→配置→實驗室→實驗室測試單位”，您將獲得系統中定義的所有單位的列表。配置單位非常簡單，因為只有兩個欄位。
- 單位
- 程式碼（在大多數情況下與單位相同）
實驗室測試型別
[edit | edit source]雙擊“健康→配置→實驗室→實驗室測試型別”，您將獲得系統中定義的所有測試型別的列表。測試型別是單個測試的模板。它包含一個測試標準列表，包括有關每個測試標準的標準值的詳細資訊。它還連結到一個產品，該產品允許將測試的成本正確地計入患者。
主要資訊 選項卡
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在測試型別表單的“主要資訊”選項卡中，您可以管理以下資訊。
- 測試：測試的全稱（通常為大寫字母）
- 程式碼 測試的唯一程式碼
- 活動 如果設定此標誌，將顯示實驗室測試。
- 服務 與實驗室測試相關的產品/服務。
下面是測試型別測試案例（或測試標準，在其他地方稱為）的列表。每個測試案例包含以下資訊。
- 順序：用於在測試型別測試案例中建立順序的數字。
- 分析物：待分析的物質或方面。
- 下限：將值視為正常或不關鍵的範圍下限（用於資訊目的，但也用於在值超出範圍時以紅色列印測試案例）。
- 上限：將值視為正常或不關鍵的範圍上限（用於資訊目的，但也用於在值超出範圍時以紅色列印測試案例）。
- 參考：用於新增有關測試案例預期值的更多資訊的文字欄位。
- 單位：測試案例中值的單位（用於上限、下限和測試值本身）。
使用“主要資訊”選項卡底部的“服務”欄位，每種測試型別都連結到一個產品。該產品定義了向患者收取的測試價格。因此，每個測試型別記錄都需要一個產品記錄；此產品記錄通常以測試型別命名。
額外資訊 選項卡
[edit | edit source]“額外資訊”選項卡包含一個用於有關測試型別附加資訊的文字欄位“描述”。
與實驗室和 LIMS 的介面
[edit | edit source]GNU Health 允許手動輸入任何型別測試的分析物結果。但是，在許多情況下，手動輸入此資訊不可行，因為這將是一項繁重的工作並且容易出現人為錯誤。
通常，醫療專業人員會建立實驗室測試單，然後將其傳送到實驗室。當實驗室處理訂單時，結果將以紙質或數字形式傳送回來。此外，在較大的機構中，中心會與其自身的實驗室和實驗室系統進行連線。該介面可以自動從實驗室檢索結果並將其上傳到 GNU Health。
為了使資料處理的任務自動化，醫療機構和實驗室都需要就資料格式和傳輸方式達成一致。有不同的格式和訊息交換方法（csv、xml、web 服務、HL7 等），它們適合不同的場景。
基本工作流程
[edit | edit source]在大多數情況下，我們需要設定一個基本的工作流程。讓我們考慮一個基本的血液學檢查/全血細胞計數 (CBC)。
- 醫療專業人員會建立測試單，其中包含一個（或多個）實驗室測試型別，以及其唯一的 ID。此實驗室測試 ID 包括關鍵資訊，例如實驗室測試型別、患者、開單醫生、請求日期等。
- 然後將該測試 ID 上的資訊傳送到實驗室。
- 實驗室會列印測試 ID 標籤並將其放置在試管上。
- 護士從患者身上提取血液樣本，並將其放置在貼有唯一實驗室測試 ID 標籤的試管中。
- 然後將樣本送至分析儀，分析儀讀取實驗室測試的條碼並處理 CBC。
- 實驗室技術人員會生成與實驗室測試請求 ID 相關的每個分析物結果的報告。
- 該結果將以實驗室和機構雙方商定的方式傳送到 GNU Health。
- GNU Health LIMS 介面將處理並將結果上傳到實驗室測試。
當然，自動化程度可能會有高低，但大多數步驟在許多場景中都會存在。
示例介面
[edit | edit source]作為 GNU Health 文件的一部分，現在有一個示例指令碼可以獲取 csv 編碼的批處理檔案並將結果上傳到 GNU Health。
該程式讀取一個 CSV 格式的檔案，該檔案包含實驗室測試 ID、分析物及其結果。
目錄中包含一個示例 TEST006.csv，其中包含測試“TEST006”（“全血細胞計數 - CBC”）的結果。
您可以自定義程式（GNU Health 伺服器名稱、憑據等），以及實驗室測試結果檔案。當然，實驗室測試結果的名稱可以更改以滿足您的需求。
您可以在 GNU Health 水銀伺服器的開發分支中找到示例程式的最新版本。
http://hg.savannah.gnu.org/hgweb/health/file/tip/tryton/doc/samples/interfaces/lab
要求
[edit | edit source]當前元件和版本為
- GNU Health : 4.0
- Proteus Tryton 庫 : 6.0
安裝 proteus
$ pip3 install --user "proteus>=6.0,<6.1"
使用
[edit | edit source]呼叫程式並將 csv 格式的檔案作為引數傳遞。
您可能需要編輯 gnuhealth_csv_lab_interface.py 檔案並調整 dbname、hostname 和 port 的值。
TEST006.csv 檔案可能包含分析物的錯誤名稱，具體取決於您使用的 GNU Health 版本。
例如
$ python3 gnuhealth_csv_lab_interface.py TEST006.csv
主程式步驟為
- 測試與 GNU Health 伺服器的連線。
- 檢查實驗室測試是否已在 GNU Health 上建立（例如，TEST006）。
- 檢查 csv 檔案中的分析物是否在系統上。
- 上傳結果。