為了使被動式 生物過濾器 工作，有益細菌必須滿足需氧條件。這個概念是為有益細菌在需氧條件下生長提供一個介質。以下列出許多非機械子系統和被動生物過濾器專案。
在網盆上放一個合成篩網或擦洗墊，這個材料不能容納太多水或容易分解。用沙子、礫石、陶瓷材料、木炭或任何你選擇的孔隙狀基質填充它，然後把它推入網盆。沙子有助於去除小顆粒。如果水從頂部流過，這將有助於去除小顆粒。
水箱底部鋪設的礫石將有助於生物過濾。它將有助於澄清水。
植物和微生物去除對水生動物有害的魚類副產品廢物。魚類提供植物生長所需的適量營養物質。不同型別的需氧細菌透過提供適當的養分固定和毒素減少來完成共生迴圈。