免疫學/免疫系統的器官
免疫系統的器官分佈在全身。它們被稱為淋巴器官，因為它們是淋巴細胞的家園，淋巴細胞是一種小的白細胞，是免疫系統中的關鍵角色。
免疫系統器官分為兩組。
- 初級（中樞）--未成熟淋巴細胞發育的器官
- 胸腺
- 骨髓
- 次級（外周）--抗原定位的組織，以便能夠有效地暴露於成熟淋巴細胞
- 淋巴結
- 闌尾
- 派氏斑（胃腸道）
- 扁桃體
- 腺樣體
- 脾臟
- MALT（Mucosal-Associated Lymphoid Tissue）
- GALT（腸道-Associated Lymphoid Tissue）
- BALT（支氣管/氣管-Associated Lymphoid Tissue）
- NALT（鼻-Associated Lymphoid Tissue）
- VALT（外陰-Associated Lymphoid Tissue）
注意：一些來源將闌尾、小腸派氏斑、扁桃體和腺樣體歸入 GALT。
胸腺（來自 θυμος，thumos，希臘語中的疣狀突起）是 T 細胞成熟的部位。T 細胞在這裡變得具有免疫活性；也就是說，它們發展出能夠對外國入侵者發動有效免疫反應的能力，而不會攻擊宿主自身的組織。胸腺位於心臟上方，位於縱隔。胸腺在兒童時期最大，隨著年齡的增長開始顯著縮小。胸腺本身包含兩個葉，每個葉包含許多小葉，透過稱為小梁的結締組織隔膜彼此分離。每個小葉被分成一個內部髓質（幾乎沒有未成熟的胸腺細胞）和一個外部皮質（有大量未成熟的胸腺細胞）。在胸腺中，許多不同的 T 細胞（透過體細胞基因突變產生，如下所述）暴露於 MHC/Ag 和 MHC/自身抗原。如果它們沒有對 MHC/Ag 反應，它們就會因為無效而被破壞（正選擇）。另一方面，如果它們確實對 MHC/自身抗原反應，為了阻止它們變成對抗自身組織的叛逆性自身免疫反應，它們就會被破壞（負選擇）。只有 20 個未成熟胸腺細胞中只有 1 個才能成功透過此篩選過程併成為功能性 T 細胞。樹突狀細胞、巨噬細胞和上皮細胞散佈在髓質和皮質中；特殊的胸腺上皮護士細胞包圍著皮質中胸腺細胞的簇。
重症肌無力是一種自身免疫性疾病，身體會產生抗體，對抗突觸後神經肌肉接頭處的乙醯膽鹼受體。在高達 25% 的 MG 病例中，存在胸腺腫瘤（胸腺瘤）；這種腫瘤發展的確切原因尚不清楚。此外，切除胸腺瘤會阻止疾病的進展；這值得進一步研究，因為抗體是由血漿 B 細胞而不是 T 細胞釋放的，但 T 輔助細胞可能介導自身免疫。
二氏綜合徵是一種先天性胸腺缺乏，會導致感染增加和免疫系統下降（尤其是胸腺缺乏會導致細胞介導反應遲緩）。
骨髓（medulla ossea）是小鼠和人類 B 細胞成熟的部位。B 細胞經歷正選擇和負選擇，類似於胸腺中 T 細胞的成熟過程。骨髓也是造血的部位，即從祖細胞發展出無數的血細胞。鳥類中 B 細胞成熟的部位是法氏囊，B 細胞因此而得名。骨髓中白細胞、紅細胞和血小板發育的組織（即造血部位）被稱為髓樣組織。
白血病是骨髓癌，會導致白細胞（WBC）異常生成。
- 急性白血病是美國兒童最大的殺手；它是由骨髓中未成熟白細胞過度增殖引起的，阻礙了功能性 WBC、RBC 和血小板的生成。
- 慢性白血病是骨髓中相對成熟（但異常）的白細胞過度增殖。
- 淋巴細胞白血病是淋巴樣細胞（T 細胞、B 細胞、自然殺傷細胞、樹突狀細胞）的過度增殖。
- 髓樣白血病是髓樣細胞的過度增殖（所有非淋巴樣血細胞型別都是從髓樣祖細胞幹細胞產生的）。
細胞外液從毛細血管床流入組織；從這些組織進入淋巴毛細血管，淋巴毛細血管隨著骨骼肌的運動而“泵送”到淋巴結。淋巴結的副皮質區含有 T 細胞，中心區含有生發中心，其中含有 B 細胞。APC 和抗原從組織進入淋巴管，最終到達淋巴結，在那裡它們可以暴露於 T 細胞和 B 細胞群體。這使得反應更快，因為 T 細胞和 B 細胞的許多特異性組合能夠駐留在全身的幾個地方（淋巴結），而不是依賴抗原和淋巴細胞在組織本身的隨機相遇。
脾臟在發育的第二和第三孕期充當造血部位，在此之前，長骨尚未完全發育。在成年人中，脾臟充當死亡紅細胞分解的部位（壽命為 120 天）。因此，脾臟腫大（脾腫大）可能會發生在鐮狀細胞性貧血或某些感染中。白髓靠近動脈進入脾臟的部位，是淋巴細胞駐留和降解的地方。中央紅髓是 RBC 分解的部位。白髓區域有一箇中心部分，其中 T 細胞駐留在PALS 或動脈周圍淋巴鞘，並且 B 細胞環（或冠）包圍著 PALS。
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