MINC/軟體開發/EZMINC/ITK整合

更好的 MINC1/2 對 ITK 的支援

如果您對 ITK 提供的僅 MINC2 介面不滿意，或者需要訪問 MINC 檔案屬性，或者想要讀取/寫入 4D 資料，請使用 EZMINC 提供的 ITK 介面

安裝

使用 ITK 支援編譯 EZMINC，請參閱 [EZMINC_安裝] 如果您沒有使用 ITK 外掛（目前不推薦使用外掛），請將以下程式碼新增到您的 ITK 程式中以將其“mincify”

 #include "itkMincImageIOFactory.h" 
 #include "itkMincImageIO.h"
 //....
 int main(int argc,char **argv)
 {
   //registering the MINC_IO factory
   itk::ObjectFactoryBase::RegisterFactory(itk::MincImageIOFactory::New()); 
   //....

使用 DTI 資料的示例

來自示例中的 itk_dti.cpp 的程式碼

使用 minc XFM 檔案

應用變換

來自 itk_resample.cpp 的程式碼

#include "itkMincImageIOFactory.h"
 #include "itkMincImageIO.h"
 #include "minc_helpers.h"

 typedef itk::ResampleImageFilter<minc::image3d, minc::image3d> FilterType;
 typedef minc::XfmTransform  TransformType;
 //...
 TransformType::Pointer transform = TransformType::New();
 //reading a minc style xfm file
 transform->OpenXfm(xfm_f.c_str());
 transform->Invert();
 filter->SetTransform( transform );
 //...

將仿射變換儲存在 .xfm 檔案中

#include <minc_helpers.h>
 //...
 itk::AffineTransform<double,3>  m_AffineTransform;
 //...
 minc::write_linear_xfm(output_xfm, m_AffineTransform->GetMatrix(), m_AffineTransform->GetOffset());

從 .xfm 檔案中讀取仿射變換

itk::AffineTransform<double,3>  m_AffineTransform;
 //...
 itk::Matrix<double,3,3> rotation;
 itk::Vector<double,3> translation;
 read_linear_xfm(input_xfm,rotation,translation);
 //...
 m_AffineTransform.SetOffset(translation);
 m_AffineTransform.SetMatrix(rotation);

讀取/寫入 .tag 檔案

std::vector<int> labels;
  std::vector<itk::Point<double>,3> tags;
  read_tags(tags, labels, input_tag);
  //....
  write_tags(tags, labels, ouput_tag);