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本節介紹如何使用 MeGUI 音訊編碼器將音訊編碼為最終格式（由您決定）。
建立輸入檔案有三種方法，它們都能正常工作，您可以選擇您喜歡的任何一種。
- 將音訊檔案作為直接輸入：對於支援的音訊檔案（ac3、mp2、mp3 和其他一些格式），您可以直接選擇這些檔案作為輸入。
- 建立一個新的 AviSynth 指令碼作為輸入：音訊編碼器對話方塊也支援來自 avs 檔案的音訊。您可以建立一個新的 avs 檔案，使用以下行載入所需的音訊（假設您有所需的解碼器）
directshowsource("path\to\file.wmv",audio=true)
- 在 MeGUI 的第一頁，點選 "音訊輸入" 旁邊的 [...] 按鈕。瀏覽到音訊檔案並開啟它。
- 現在您必須選擇要使用的音訊格式。以下是每種格式的優缺點。不推薦的格式已灰顯。
- Aften AC3：DVD 格式音訊的編碼器。不要使用此編碼器 - 如果你想要一個 AC3 流，只需使用從原始 DVD 中分離出來的版本並跳過任何音訊編碼。
- FAAC：另一個 AAC 編碼器，輸出質量不太好。使用 Nero AAC 代替。
- FFmpeg AC3：另一個 DVD 格式音訊編碼器。不要使用此編碼器 - 如果你想要一個 AC3 流，只需使用從原始 DVD 中分離出來的版本並跳過任何音訊編碼。
- FFmpeg MP2：與 MP3 非常相似，在高於 256kbits 的位元率（有些人說是 192kbits）下提供略好一些的質量，但差別不大，而且這麼大的位元率並不推薦。
- Flac：無損音訊編解碼器。產生大檔案。
- LAME MP3：最古老、最常見的音訊格式。可以在所有 Windows 計算機上播放，但所有格式中音訊質量最低（但仍然相當不錯）。推薦使用 ABR。在 MeGUI 中，它是使用 LAME 編碼的，對於如此古老的格式來說，LAME 非常出色。
- Nero AAC：Nero AAC 編碼器。AAC 可能是立體聲檔案可用的最高質量格式（與 Vorbis 並列）。推薦使用可變位元率 (VBR)。
- Vorbis：免費且開源，通常稱為 "ogg"（ogg 是檔名副檔名和容器格式，Vorbis 是音訊格式）。
- 有關音訊格式的更多資訊，請檢視 計算機電影檔案 頁面。
- 選擇好音訊格式後（如果猶豫，請選擇 MP3）。
- 對於普通電影，通常使用 128kbits。這對應於 Vorbis 檔案的 q3 左右。對於音樂會或希望更高音訊質量的電影，您可以將此值提高到 160（Vorbis 的 q5）——再高就可能是浪費了。
- 選擇好位元率後，點選 "加入佇列" 按鈕，移至該選項卡並點選以開始作業。
完成此操作後，繼續下一節：編碼影片。