銀河戰士Prime/Boss
《銀河戰士Prime》中的第一個Boss，寄生女王位於太空海盜護衛艦的主反應堆中。它被旋轉的護盾包圍，並從口中噴射酸液。用導彈和光束射擊它的嘴巴來擊敗它。
弗拉格拉是一種大型變異植物，是喬伊遺址有毒水源的來源。它被四個反射陽光的碟子包圍，需要持續的太陽能。它的根部是它的弱點。擊敗弗拉格拉後會獲得瓦利亞服，這可以保護薩姆斯免受熔岩洞穴中的過熱區域的影響。
薩杜斯是太空海盜製造的實驗體，他們對一群岩石使用了輝石，但海盜們放棄了試圖將其平息，因為它變得太危險了。薩杜斯能夠控制天氣、滾成球狀、投擲巨石以及將敵人包裹在冰中。它居住在芬德拉漂流區的隔離洞穴中。擊敗薩杜斯可以獲得蜘蛛球。
Ω海盜居住在輝石礦區。它是一個極其巨大的精英海盜，能夠隱形並再生生命值。許多粉絲認為它是遊戲中最難對付的Boss之一。它用強壯的手臂、波動震盪發生器和導彈發射器進行攻擊。擊敗Ω海盜後，薩姆斯將獲得輝石服，可以保護她免受輝石傷害。
與究極利德利的戰鬥發生在塔隆奧弗沃爾德的隕石坑上方。究極利德利有兩種形態：飛行形態和地面形態，它使用多種武器和近戰攻擊。它的弱點是胸前的寶石。
遊戲的最終Boss。它存在兩種形態：第一種是蜘蛛狀生物，主要進行遠端攻擊。這種形態對黃色時使用能量光束、藍色/紫色時使用波動光束、白色時使用冰凍光束以及紅色時使用等離子光束較為有效。第二種形態是懸浮的、帶有觸手的幽靈實體。站在它產生的輝石水池中，用你新獲得的輝石光束攻擊它。