自然/善
在自然界中，沒有善也沒有惡。 - 巴魯赫·斯賓諾莎
在動物的行為中，存在著利己主義、利他主義、殺嬰和自我犧牲。所有的例子都實現了。善與惡作為相互衝突的情緒，甚至在一個個體中同時存在。自然在人類的道德意義上並不太挑剔。善與惡，如同社會和愛，或相反地，像利己和侵略行為，或多或少地同時存在於每一種動物身上。存在著完全相反的行為方式。一隻對陌生群體成員極其具有攻擊性的猿猴，可能同時對其自己的孩子非常有愛。猿猴是否意識到了這種對比，很難確定。對於人類來說，善與惡的劃分可能會帶來重大的問題。
動物必須保護自己免受其他動物的攻擊。同種但來自不同群體的成員，首先被歸類為陌生和危險的。他們必須被對抗，他們甚至可能被殺死。例如，作為一種野生動物，獅子必須殺死其他動物才能生存。同時，每隻動物都必須支援其自身家庭或親族的生存。
從自然科學的角度來看，世界上存在著如此多的邪惡，是反對一個積極干預世界事務、全能且全善的上帝的最有力且不可辯駁的論據之一。如果把上帝看作是世界的創造者，但不再幹預世界事務，這個問題就不會出現。神蹟違反自然規律的問題也就可以得到解決。
參見：神正論
這個問題在古希臘哲學家伊壁鳩魯（公元前 341-270 年）那裡得到了經典的闡述
Entweder will Gott die Übel beseitigen und kann es nicht: dann ist Gott schwach, was auf ihn nicht zutrifft, oder er kann es und will es nicht: dann ist Gott missgünstig, was ihm fremd ist, oder er will es nicht und kann es nicht: dann ist er schwach und missgünstig zugleich, also nicht Gott, oder er will es und kann es, was allein für Gott ziemt: Woher kommen dann die Übel und warum nimmt er sie nicht hinweg?
這段文字是由拉克坦提烏斯傳下來的。一些措辭可能更符合拉克坦提烏斯的神學，而不是伊壁鳩魯的神學。據伊壁鳩魯說，眾神是幸福的生物，他們不關心這個世界。
在探討善與惡的問題時，人類大腦中一個有趣的倫理功能開始發揮作用：良心。
關於良心，有各種各樣的看法、觀點或理論。
許多人認為良心是人類意識的一個特殊部分，它促使人們出於倫理和社會原因執行或不執行某些行為。在這種情況下，決定可以被感受為不可避免的，或者更多或少地是有意識的，即在瞭解其前提和可能後果的情況下做出的（責任）。
如果一個人按照自己的良心行事，他就會感到良好和滿足，並通常表示擁有一個良好的或清白的良心；但是，如果他違背自己的知識和良心行事，他可能會感到自己被這種意識的虛假實體指責，甚至被追捕或受到壓力。另一些人則會感到一種揮之不去的良心，而另一些人則感到被良心譴責，甚至被折磨。
顯然，這些常見的表達方式是日常語言中的表達方式，它們幾乎不能說明真實情況，特別是它們在某種程度上是明顯比喻性的，因此不能被字面理解。即使是從其他前提出發對良心的本質和起源的觀點、想法、意見和理論，似乎也很難闡明良心的心理特徵。
可以將良心定義為人類對善與惡的意識，從自然科學的世界觀來看，這主要來自人類成長或生活的社會群體。群體壓力產生了按照這種知識行事的心理驅動力。從自然科學的觀點來看，在社會性動物身上，例如狗，也可以觀察到類似良心的東西。
斯坦利·米爾格拉姆在他的 60 年代的社會心理學實驗中研究了不同條件下的服從意願。他透過實驗表明，良心在不同的實驗安排下會有不同的反應。一個重要的單一結果是良心在約三分之一的受試者中的抵抗力。特別是，在與“受害者”保持空間距離的情況下，拒絕者的比例更高，這表明了良心的社會成分。
德國聯邦立法者假設良心的存在，例如，它允許以“良心理由”拒絕服兵役（德意志聯邦共和國基本法，GG 第 4 條，第 3 點）。
- 如果生活比我們預期的更好，那將是一個更有力的證明，證明有一位仁慈的造物主……我的生活非常幸福，在人類幸福的 100 分制中，可能達到了 99.99 分。但是，我親眼目睹了我的母親因癌症痛苦地死去，我父親的個性因阿爾茨海默病而衰退，許多遠房親戚在納粹大屠殺中被殺害。一個仁慈的造物主的跡象被很好地掩蓋了。邪惡和苦難一直困擾著那些相信一位仁慈和全能的上帝的人。有時，人們會以人類自由意志的必要性來為上帝辯護。但是，對於我的親戚來說，被殺害只是為了讓德國人有機會行使他們的自由意志，這似乎有些不太公平。除此之外，自由意志是如何解釋癌症的？腫瘤也需要自由意志的空間嗎？我認為這裡沒有必要解釋為什麼世界上的邪惡證明了宇宙不是被創造出來的，而只是證明了沒有任何善意跡象表明創造者的存在。上帝不可能是仁慈的觀點由來已久。古代悲劇表明，神靈是自私和殘酷的，儘管他們期望人類表現得更好。舊約中的上帝要求我們按照他的旨意犧牲我們孩子的生命，而傳統基督教中的上帝則會永遠譴責我們，如果我們沒有以正確的方式敬拜他。這是一種友好的行為嗎？我知道，我們不能以人類的標準衡量上帝。但是，如果我們還沒有相信他的存在，並且正在尋找他的仁慈的跡象，我們還能用什麼其他標準呢？宗教在世界上帶來了許多好的東西，但總的來說，它的後果是可怕的。我個人的觀點是：無論有無宗教，好人都會做好事，壞人會做壞事。但是，宗教在歷史上的作用是允許好人做壞事。科學的最大成就之一不是讓聰明的人無法成為宗教信仰者，而是至少讓他們可以選擇不成為宗教信仰者。我們不應該倒退回去。*史蒂文·溫伯格，《科學畫報》1999 年第 12 期