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下一代測序 (NGS)/背景

來自華夏公益教科書,開放的書籍,為開放的世界

對下一代測序知識的最新綜述的需求

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對低成本測序的高需求推動了高通量測序的發展,這也稱為下一代測序 (NGS)。下一代測序過程中同時生成數千或數百萬個序列。下一代測序已成為一種商品。隨著各種經濟實惠的臺式測序儀的商業化,NGS 將在更多傳統的溼實驗室生物學家手中觸手可及。近年來,基因組範圍的計算分析越來越多地被用作促進生物醫學研究中新發現的支柱。然而,隨著序列資料量的指數級增長,分析瓶頸尚未解決。

NGS 資訊學的現有來源非常分散。新手可以在各種期刊上閱讀評論文章,關注論壇(如Biostar[1]SEQanswers [2])上的討論主題,或註冊由各種機構組織的課程。找到一個集中的綜述要困難得多。書籍是可以買到的,但該領域的開發速度如此之快,以至於書籍章節在印刷出來時就有可能過時。此外,少數作者持續更新其文字的成本可能會佔用他們大量的時間。

借鑑討論論壇上明顯的善意和社群精神,並利用維基媒體基金會提供的協作工具,我們建議啟動編輯關於 NGS 的協作華夏公益教科書。我們的計劃是收集足夠的文字,讓人們有動力為其做出貢獻,本質上提供與論壇相同的資訊,但以更整潔的形式。最終,我們的目標是建立一本集體實驗室手冊,解釋關鍵概念並描述 NGS 的最佳實踐。

目標受眾

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這套動態材料是為臺式生物學家(沒有或只有基本生物資訊學經驗的資深博士生和早期職業博士後研究人員,並表現出對 NGS 資料分析的興趣)而設計的。隨著社群的貢獻以及該領域的需求和趨勢的發展,可能會新增更高階的材料。線上材料的靈活性應允許讀者在第一次閱讀時忽略細節,但可以立即訪問他們需要的細節。但是,總體結構和風格應優先為非生物資訊學讀者設計。

一些章節附帶實際練習,以便讀者可以熟悉這些步驟。

資料分析卡住了?

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從線上社群(包括BiostarSEQanswers)中尋求幫助,請確保您遵循Dall’Olio 等人[3]制定的指南。

  1. Parnell, Laurence D. (27 October 2011). "BioStar: An Online Question & Answer Resource for the Bioinformatics Community". PLoS Computational Biology. 7 (10): e1002216. doi:10.1371/journal.pcbi.1002216. {{cite journal}}: Unknown parameter |coauthors= ignored (|author= suggested) (help)
  2. Li, J.-W. (13 March 2012). "SEQanswers: an open access community for collaboratively decoding genomes". Bioinformatics. 28 (9): 1272–1273. doi:10.1093/bioinformatics/bts128. {{cite journal}}: Unknown parameter |coauthors= ignored (|author= suggested) (help)
  3. Dall'Olio, Giovanni M. (28 September 2011). "Ten Simple Rules for Getting Help from Online Scientific Communities". PLoS Computational Biology. 7 (9): e1002202. doi:10.1371/journal.pcbi.1002202. {{cite journal}}: Unknown parameter |coauthors= ignored (|author= suggested) (help)
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