下一代測序 (NGS)/表達量化

RNA 測序表達量化

概述

• 目標：估計來自 RNA 測序樣本的轉錄本的相對丰度。
• 生物學問題？

• 輸入

• 參考

• 註釋基因組 (fasta/gff)
• 轉錄組 (fasta)
• RNA 測序原始讀數 (fastq, Ilumina)。

• 輸出

• 每個轉錄本的相對丰度。

實驗設計

參見 (連結) RNA 測序

該方法中的典型步驟：(表格或工作流程或段落？)

• 資料生成 | 獲取一些資料。 | 測序 (連結) RNA 測序技術，
• 獲取參考 | 您需要一個包含所有相關轉錄本的參考，您需要這些轉錄本的相對丰度 |
• RNA 測序讀數 QC | 檢查測序本身的質量。 |
• 接頭修剪 / 質量過濾 / 汙染過濾 | 讀數將包含來自轉錄本以外的技術來源的序列。 |
• 比對 | 將您的讀數比對到參考 |

- 量化 | 獲取轉錄本丰度 |

工作流程

實際工作流程

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命令列指令碼

Example workflow:

Real life workflows:
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一些工具和資源

• 獲取參考：MetaDB (連結)基因組組裝和註釋 (連結)轉錄組從頭組裝 ....
• QC：SeqWiki：FastQC、KAT
• 修剪：SeqWiki；Trimmomatic、Sickle、Cutadapt....
• 比對：Seqwiki：工具...... ... ... ... ... ... ... .. ....
• Quant：Seqwiki：工具