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OpenClinica 使用者手冊/安裝檢查清單

來自華夏公益教科書

安裝問題檢查清單

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如果您按照安裝說明操作,但結果不符合預期,則可能是多種原因造成的。在您向 OpenClinica 郵件列表傳送郵件,內容為“我的安裝沒有成功:為什麼?”之前,建議先檢查以下清單。如果您能縮小問題範圍,例如“建立 Postgres 資料庫不成功”,將非常有幫助。

檢查您是否擁有正確的 OpenClinica 版本

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下載 OpenClinica 頁面 提供了多個不同版本的 OpenClinica。如果您是初學者,您很可能需要最新的穩定版本,看起來像 OpenClinica-n.n.n(常規 OpenClinica 版本),而不是 OpenClinica-ws-n.n.n(Web 服務版本)或 OpenClinica-ws-caBIG-n.n.n(帶 caBIG 的 Web 服務)。

檢查您正在執行的軟體版本

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將您正在執行的軟體版本與 下載 OpenClinica 頁面 的要求部分列出的要求進行比較。有時,最新版本的軟體(Tomcat 或 Postgres)與最新版本的 OpenClinica 不相容(例如,OpenClinica 3.1.4.x 與 Tomcat 7+ 或 Postgres 9.0+ 不相容)。

使用不受支援版本的非明顯影響

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即使您的安裝看起來執行正常,也可能存在一些與使用不受支援版本相關的錯誤,這些錯誤在您建立第一個研究後才變得明顯。

例如,對於 OpenClinica 3.1.4 和 3.1.3.1(以及更早版本),使用 Tomcat 6.0.36 而不是推薦的 6.0.32 會導致在 Linux 和 Windows 系統上顯示不活動的“開始新執行緒”連結,該連結位於差異說明彈出視窗中 (檢視此郵件列表主題)。此錯誤阻止將多個差異說明(輕鬆地)新增到研究中的每個專案,因此阻止為標記為已完成的 CRF 上的專案儲存多個編輯,其中研究啟用了“在管理資料輸入期間強制更改原因”。

檢查 Tomcat 正常執行

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要檢查這一點,請開啟一個 Web 瀏覽器,例如 Firefox 或 Internet Explorer。鍵入您安裝 Tomcat 的伺服器地址,然後加上您指定的埠號。如果您使用了所有預設值,則為埠 8080。您可以使用 IP 地址或名稱,例如 http://www.myserver.org:8080 或 http://[ip-address]:8080。

如果您在本地計算機上安裝了 Tomcat,請使用 https://:8080

您現在應該看到 Apache 軟體基金會的一個頁面,上面寫著“如果您透過 Web 瀏覽器看到此頁面,則表示您已成功設定 Tomcat。祝賀您!”

如果您沒有看到此頁面,請檢查您的 Tomcat 日誌檔案,您可能會看到關於 Tomcat 無法分配記憶體的錯誤。您可以減少 Tomcat 嘗試分配的記憶體量(例如,在 Windows 上降低最大記憶體池值),或者增加可用記憶體量。

檢查 Tomcat 識別 OpenClinica

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要檢查 Tomcat 是否正確識別 OpenClinica,您可以使用 Tomcat 管理員頁面。但在您訪問此頁面之前,必須在檔案 tomcat-users.xml 中新增具有 tomcat-manager-role 的使用者。此檔案位於 Tomcat 目錄結構中的 conf/tomcat-users.xml 中。在其中新增兩行
<role rolename="manager"/>
<user username="tomcat" password="s3cret" roles="manager"/>

關閉並啟動 Tomcat。轉到上面描述的預設頁面,http://www.myserver.org:8080 或 localhost:8080。如果您位於 Tomcat 的第一頁,請單擊左上角標有“Tomcat 管理器”的連結。在開啟的頁面中,您會看到所有應用程式的列表。在此列表中,您應該看到一個名為“OpenClinica 3.0”的條目。

檢查 OpenClinica 正在執行

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在上面描述的 Tomcat Web 應用程式管理器中,轉到“OpenClinica”行,並檢查第三列“正在執行”:它應該為“true”。如果為“false”,請單擊第四列中的“啟動”。如果這是 OpenClinica 第一次執行,請耐心等待!Tomcat 必須遍歷歸檔檔案、war 檔案並進行部署。在速度慢的機器上,這可能需要 10 分鐘或更長時間。如果 OpenClinica 的狀態為 True/正在執行,則單擊左列中的連結以獲取 OpenClinica 登入螢幕。

檢查 Postgres 正在執行

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對於 Linux,鍵入“ps -u postgres”,如果出現輸出,則一切正常。對於 Windows,轉到“配置-系統-服務”,查詢 PostgreSQL,然後檢查其狀態。

檢查使用者 clinica 和資料庫 openclinica 是否存在於 Postgres 中

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開啟 psql。鍵入“\du”。您將獲得所有使用者的列表,其中(超級)使用者“clinica”應該在其中。接下來鍵入“\l”。這將列出所有資料庫,其中一個應該是“openclinica”,所有者為“clinica”,編碼為“UTF8”。

檢查您的 datainfo.properties

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這是一個顯而易見的問題:檢查您更改或註釋掉的每一行!尤其是 postgres 使用者的使用者名稱和密碼。從 OpenClinica 3.4 開始,存在一種奇怪但預期的行為:最初,datainfo.properties 檔案會建立在 /usr/local/tomcat/webapps/OpenClinica/WEB-INF/classes 中。但在重新啟動應用程式後,該檔案將移動到 /usr/local/tomcat/openclinica.config。確保您編輯的是正確的 datainfo.properties 檔案。

向 OpenClinica 社群傳送郵件

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完成以上清單後,您應該更清楚需要詢問哪些問題。接下來,總結一下您的系統的規格以及以下軟體的版本:

  1. 作業系統
  2. Tomcat
  3. Postgres/Oracle
  4. OpenClinica
  5. 您認為重要的其他一切

然後關閉 Tomcat。轉到您的日誌檔案目錄並刪除所有檔案。現在啟動 Tomcat,等待錯誤再次發生。關閉 Tomcat。將所有日誌檔案壓縮成一個壓縮檔案。最後一步:將 datainfo.properties 檔案(webapps\OpenClinica\WEB-INF\classes)新增到壓縮檔案中。您可能需要從該檔案中刪除任何敏感資訊,例如資料庫使用者名稱和密碼。

現在,您可以向郵件列表傳送郵件,內容包括您的安裝問題、系統規格、您檢查的內容以及包含日誌檔案的壓縮檔案。

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