OpenClinica 使用者手冊/Ubuntu1010
本文件描述了在 Linux UBUNTU 伺服器版本 10.10 上安裝 OpenClinica 版本 3.0.4.1 的過程。
- apt-get update
- apt-get install postgresql-8.4
- PostgreSQL 的預設 TCP 埠：5432
- 配置檔案（版本 8.4）：/etc/postgresql/*
- 叢集資料（版本 8.4）：/var/lib/postgresql/{version}/{cluster}/*
- 為 PostgreSQL 帳戶設定密碼：postgres
- su postgres
- psql postgres
- ALTER ROLE postgres WITH ENCRYPTED Password “yoursecretpassword”;
- 使用新密碼登入 PostgreSql 資料庫：psql –hlocalhost –U postgres –W
- 修改 /etc/postgresql/{version}/{cluster}/postgresql.conf
listen_address = “IP_address, localhost” 並儲存
- 修改 /etc/postgresql/{version}/{cluster}/pg_hba.conf
新增以下行：host ALL ALL IP/mask md5
- 重啟 PostgreSQL：service postgresql restart 或 /etc/init.d/postgresql restart
- 如果您有防火牆，請開啟 TCP 5432 埠
- netstat –ant | grep 5432
- ps –aux | grep postgres
- psql --version
- chkconfig --list | grep postgresql
要安裝 Tomcat 6 和 JDK 6
- apt-get update
- apt-get install openjdk-6-jdk tomcat6 tomcat6-admin tomcat6-common tomcat6-docs tomcat6-examples
- Apache Tomcat 6 配置檔案：/etc/tomcat6
- CATALINA_BASE 和 CATALINA_HOME = /var/lib/tomcat6
- TCP 預設埠：8080
- http://ip_address:8080
- JDK6
- JAVA_HOME: /usr/lib/jvm/
- java –version // 檢查當前 JVM 版本
在此階段，我們應該已經安裝了系統上 OpenClinica 所需的所有應用程式。
OpenClincia 應用程式需要訪問目錄，例如一旦應用程式執行，CRFs、資料提取集等將儲存在該目錄中。您可以在伺服器上的任何位置建立它，只要 tomcat6 使用者（在本文件中，您可能希望建立不同的使用者來執行 tomcat 伺服器）可以訪問它即可。例如，我在 /var/OpenClinica/ 下擁有所有安裝在我的伺服器上的 OpenClinica 例項使用的所有資料夾（這將更容易備份您的 OpenClinica 資料）。
設定 OpenClinica Web 應用程式、資料資料夾和 PostgreSQL 資料庫所需的通用步驟
- 請下載您要安裝的 OpenClinica 版本，解壓縮並閱讀安裝說明（建議）。
- 在 OpenClinica 安裝使用的 PostgreSQL 資料庫上建立角色和資料庫（您從 OpenClinica 網站下載的檔案中包含適當的指令碼）。
- 為 OpenClinca 準備資料資料夾，並確保 tomcat6 使用者可以讀取和寫入此位置；您可以在以下位置建立兩個資料夾：/var/OpenClinica/{OC_instancename}/
- 一個用於 OpenClinica 的資料
- 第二個用於 OpenClinica 例項的日誌
- 部署 OpenClinica.war（透過更改 war 檔案的名稱，您可以在 Apache Tomcat 6 伺服器上部署多個 OpenClinica 例項）
- 按照有關如何在 Apache Tomcat 6 伺服器上部署 war 檔案的說明進行操作，或者使用 Tomcat WE Application Manager
- 允許最多 1 分鐘在 Apache Tomcat 6 伺服器上部署您的新安裝（當然，這取決於您的伺服器有多少記憶體和 CPU，檢查 java 是否正在透過發出 top 命令來完成）
- 您應該在 tomcat6 的“webapps”資料夾中擁有 OpenClinica 例項
- 停止 tomcat 6 伺服器：service tomcat6 stop
- 編輯您例項的檔案 /var/lib/tomcat6/webapps/{OC_instanceName}/WEB-INF/classes/datainfo.properties
- 您必須提供此例項的 OpenClinica 資料資料夾的路徑
- PostgreSQL 伺服器的使用者名稱、密碼和資料庫
- 啟動 tomcat6：service tomcat6 start
根據 CPU 和記憶體，此步驟可能需要幾分鐘才能完成（您可以使用 top 命令工具監控 java 程序的活動）如果一切順利，您應該能夠訪問您的例項：http://IP_tomcat6_server:8080/OpenClinica_instancename
檢視：http://tomcat.apache.org/tomcat-6.0-doc/ssl-howto.html
我們將使用 APR 的 SSL（SSL 自簽名伺服器證書和私鑰）
- 安裝額外的軟體包
- apt-get update
- 我們安裝本機庫和 APR 庫
- apt-get install libtcnative-1 libapr1 libaprutil1
- 編輯 tomcat 6 配置檔案：/etc/tomcat6/server.xml
- 啟用 APR 監聽器
- 啟用 APR 上的 SSL
- 指定 SSL 連線的引數
- SSL 伺服器證書的路徑
- SSL 伺服器私鑰的路徑
- 重啟 tomcat6 伺服器：service tomca6 restart
- netstat –ant | grep 8443 // 檢查伺服器是否在用於 SSL 連線的 tomcat 6 的預設 8443 TCP 埠上監聽
- 我們必須備份 OpenClinica 例項檔案
- Apache Tomcat 6 配置檔案
- PostgreSql 配置檔案
- OpenClinica 例項的資料資料夾
- OpenClinica 的資料庫
- 尚未完成