幾乎所有脊椎動物化石都由已故標本的骨骼代表。這些可以是部分或完整的骨骼遺骸的形式，但對於許多物種來說，所有發現的只是個別骨骼。物種的部分證據可能導致對其分類的爭議，許多物種被歸類為 疑名，表明它們與其他物種的關係未知。有時會遺留直接印記，例如皮膚、羽毛或鱗片，通常是因為沉積很細，化石沒有經歷任何重大的變化，如壓縮。其他時候會遺留痕跡化石，如糞便、腳印、洞穴等。
