基因組會隨著時間推移而發生變化。存在突變、缺失、插入和其他重排，它們會改變生物體的基因和基因組。當我們重建一組生物體的系統發育時，我們必須首先建立一個比對，其中每一列、位點對應於每個末端。必須這樣做，因為每種系統發育方法都執行基於位點的重建。
在本章中，我們討論了一些最常見的比對建立方法。這提供了一個基本概述，但是有許多方法可以實際執行比對估計。
