玩家在這個遊戲中的主要目標有兩個
玩家從大木博士那裡收到一隻口袋妖怪,必須訓練它使其變得更強大,才能在戰鬥中擊敗其他訓練師的口袋妖怪,或者削弱野生口袋妖怪,並可以用一種名為精靈球的特殊物品捕捉它們。
每隻贏得戰鬥的口袋妖怪都會獲得經驗值,這將使其成長,獲得新的等級,學習新的、更強大的招式,甚至進化成更強大、更大的口袋妖怪。
為了幫助訓練師完成他的任務,有一些物品可以用來恢復口袋妖怪的健康,或者治癒它們因混亂或麻痺等特殊狀況。