口袋妖怪紅綠/口袋妖怪塔
現在火箭隊已經消失，你可以把注意力轉向你收到的幽靈眼鏡。這個道具可以讓你看到並戰鬥口袋妖怪塔裡的幽靈系口袋妖怪。這將是我們的下一個目的地；但是，不要立即返回7號道路。相反，從枯葉市的西邊離開。
這裡也有一隻巨大的卡比獸擋住了道路，但不要理會它。在你看到卡比獸之前不久，你會看到一棵需要使用“切割”技能才能砍倒的樹。砍倒它，然後穿過建築物，到達後面的一個小房子。裡面一個女人會給你秘傳機02（飛翔），這是遊戲裡最有用的技能之一。如果你把它教給你的其中一隻口袋妖怪，你就可以在戰鬥以外的地方使用它，傳送到你已經步行到達過的任何城市。如果你沒有可以學習這個技能的口袋妖怪，你可以在附近的草叢裡捕捉一隻嘟嘟鳥。飛回紫堇鎮。
到達後，去一趟口袋妖怪中心，如果你願意，可以買一些超級驅蟲噴霧。然後直接前往口袋妖怪塔。
這個圓形區域有七層；第一層只是一個大廳。你需要爬到最頂層。一樓的樓梯在東邊，3點鐘方向。
當你進入這一層時，你會遇到你的對手。和往常一樣，他會向你發起挑戰。他的隊伍在這個階段更加多樣化。
Boss — 對手
如果你在遊戲開始時選擇了傑尼龜
- 25級 比雕
- 23級 暴鯉龍
- 23級 火恐龍
- 20級 超能力
- 25級 妙蛙草
如果你在遊戲開始時選擇了妙蛙種子
- 25級 比雕
- 23級 蛋蛋
- 22級 暴鯉龍
- 20級 超能力
- 25級 火恐龍
如果你在遊戲開始時選擇了小火龍
- 25級 比雕
- 23級 火恐龍
- 22級 蛋蛋
- 20級 超能力
- 20級 水箭龜
打敗你的對手後，向西然後向南走，就可以到達通往下一層的樓梯。
從這裡開始，你會遇到野生的幽靈系口袋妖怪。如果你在沒有幽靈眼鏡的情況下試圖爬上這座塔，你將無法傷害（甚至識別）這裡的口袋妖怪。首先，向東然後向北走，經過一個訓練師，就可以到達逃生繩索。從樓梯向東和向南走，然後你會有三條路可以走。其中兩條路上有一個訓練師。三條路都在通往下一層的樓梯處匯合。
迷宮變得更加複雜。在這個“房間”的西南角，你會找到一個萬能藥。走西邊兩條路中的下面那條，你會經過一個覺醒。如果你從那裡向南走，經過一個訓練師，你會找到一個體力果。然後向西北走，你會找到另一個訓練師和通往下一層的樓梯。（如果你走兩條路中的上面那條，你會發現一條直接通往樓梯的路，不會遇到任何訓練師或道具。）
沿著東邊的路走。你會看到一個在北邊的房間；裡面有一個訓練師，除此之外什麼都沒有。很快你會看到一個包含16個小方格的方形區域。如果你踏上這個墊子，你的口袋妖怪將會完全恢復體力，就像你訪問過口袋妖怪中心一樣。墊子的東邊有一個訓練師擋住了通往樓梯的直接路徑。如果你從墊子向西走，然後沿著路走，你會經過一個訓練師，在南邊還有一個側室。與上一個不同的是，這個房間除了訓練師外，還有一個寶貴的金塊。
你快到頂層了。向南走，經過一個訓練師，你會發現一個藏在角落裡的X精確度。沿著路徑向北走，經過兩個訓練師，你會發現一個阻擋你前進的道具球；它是一顆稀有糖果。
如果你繼續沿著這條路走，你會發現最後一組樓梯；然而，會有東西擋住你的去路。這裡有一個固定的遭遇戰，與一個30級的嘎啦嘎啦戰鬥。如果你早早地來到這裡（在得到幽靈眼鏡之前），你就無法打敗這隻口袋妖怪，也無法前往頂層。有趣的是，這隻口袋妖怪不被認為是野生的，因為它無法被捕捉。你可以用你所有的精靈球來捕捉它；它會躲避每一個（即使是大師球，如果你有的話）。只要打敗它，然後繼續前進。
在這裡，你會發現一條直線走廊，裡面有三個火箭隊成員。打敗他們，然後和走廊盡頭的人說話，他原來是失蹤的藤木先生。他會解釋樓下的奇怪嘎啦嘎啦，說它是一隻母口袋妖怪的鬼魂，據說是被火箭隊殺害的。然後他會給你口袋笛子。這個道具可以用來立即喚醒任何正在睡覺的口袋妖怪；你現在可以擺脫那些覺醒。更重要的是，這是唯一能夠喚醒那些擋住你道路的睡覺的卡比獸的東西。