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分子顯微鏡軟體工具/特定軟體包

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來自華夏公益教科書

提供一組綜合工具，用於分析單類結構問題的資料的軟體包。例如，專門針對具有螺旋、二十面體、晶體對稱性等物件的軟體包。

二維晶體

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2dx

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  • 網站： http://2dx.org/
  • 當前版本 3.1.0
  • 聯絡： Henning.Stahlberg@unibas.ch
一個軟體系統，旨在作為使用者友好的、平臺無關的電子晶體學軟體包。2dx 幫助管理影像處理專案，引導使用者完成二維晶體影像的處理，併為處理任務和結果提供透明度。演算法以類似於 c-shell 指令碼的指令碼模板的形式實現。它包含一個單粒子最大似然模組和一個 3D 合併功能。2dx 基於 MRC 程式，這些程式透過附加功能擴充套件，與 2dx 的 GUI 介面，並實現可選的自動處理。
  • 支援： 作業系統：Mac OS X、Linux 影像格式支援：MRC、TIFF、CCP4
  • 成本： 免費/開源，GPL
  • 主要引用出版物
    • Gipson B, Zeng X, Zhang ZY, Stahlberg H (2007). "2dx--user-friendly image processing for 2D crystals". J. Struct. Biol. 157 (1): 64–72. doi:10.1016/j.jsb.2006.07.020. PMID 17055742. {{cite journal}}: Unknown parameter |month= ignored (help)CS1 maint: multiple names: authors list (link)
  • 其他參考資料

二十面體病毒

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AUTO3DEM

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一個自動化系統，旨在加速從冷凍二十面體病毒顆粒影像中確定三維結構的計算密集型過程。在最少的使用者輸入和干預的情況下，AUTO3DEM 管理主要影像重建程式之間的資料流，監控計算進度，並在模型解析度提高時智慧地更新輸入引數。

螺旋

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BBHP - 伯恩漢姆-布蘭代斯螺旋包

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Brandeis 螺旋包已以各種形式使用了一段時間。它最初是為 VAX/VMS 開發的，此後經過多次修改、擴充套件和移植。我們於 2006 年首次將該包移植到 Linux，使用 Portland Group 編譯器。隨後，我們重寫了部分不受 GNU fortran (g77) 支援的 fortran 程式碼，現在該包可以與 gcc/g77 編譯並執行。這使我們能夠支援更多現代平臺。更名為 Burnham-Brandeis 螺旋包的軟體現在可以在 32 位 Linux、64 位 Linux、Mac OS X（Intel）甚至執行 Cygwin 的 Windows 上執行。同時，在移植到 Linux 時，我們抓住機會用更新的程式替換了軟體包的主要 GUI 部分。我們花了一些時間修改了來自 SUPRIM 的基於 Tcl/Tk 的 GUI 程式 Tkir（影像檢視器）和 Tkll（層線檢視器）以支援外掛架構，這樣我們就可以編寫新的外掛來新增功能，而無需進一步修改核心程式碼庫。第一個，tkinterp，在 Tkir 中提供了一個用於選擇層線的介面，取代了舊的 interp 程式。第二個，brandeisll，是 Tkll 的外掛，用於支援顯示 Burnham-Brandeis 螺旋包“interp”層線和 Bessel 函式格式。我們還將 AVID 軟體作為軟體包的一部分包含在內，用於分析螺旋內的方差。
  • 支援： 作業系統：Linux 影像格式支援：MRC
  • 費用： 免費
  • 主要引用出版物
    • Owen CH, Morgan DG, DeRosier DJ (1996). "螺旋形物體的影像分析：Brandeis 螺旋包". J. Struct. Biol. 116: 167–175. PMID 8742740. {{cite journal}}: Cite has empty unknown parameter: |month= (help)CS1 maint: multiple names: authors list (link)
  • 其他參考資料
    • Rost LE, Hanein D, DeRosier DJ (1998). "對稱偏差的重建：分析部分裝飾的 F-肌動蛋白和其他不完整結構的程式". Ultramicroscopy. 72: 187–197. PMID 9639941. {{cite journal}}: Cite has empty unknown parameter: |month= (help)CS1 maint: multiple names: authors list (link)


IHRSR

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  • 網站
  • 聯絡方式： egelman@virginia.edu
迭代螺旋實空間重建 (IHRSR) 演算法可以在傳統傅立葉-貝塞爾方法有時失敗的情況下重建螺旋絲。例如，當存在無序或異質性時，當樣本衍射微弱時，或當貝塞爾函式重疊時。
  • 支援： 作業系統：Linux 影像格式支援：SPIDER
  • 費用： 免費
  • 主要引用出版物


Phoelix

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一組用於螺旋處理的程式和演算法，我們稱之為 PHOELIX 軟體包。該軟體包的開發目的是為從具有螺旋對稱性的樣本確定三維密度圖提供一種時間高效且半自動化的方法。PHOELIXn 中包含的程式源自原始的 MRC 螺旋處理套件，並進行了擴充套件，主要使用 SUPRIM 影像處理軟體包開發。該軟體包目前的形式已針對肌動蛋白-肌球蛋白絲的處理進行了最佳化，但已修改並應用於其他螺旋結構。
  • 支援： 作業系統：Unix 影像格式支援：MRC/suprim
  • 費用： 免費/開源
  • 主要引用出版物
    • Whittaker M, Carragher BO, Milligan RA (1995). "PHOELIX：用於半自動螺旋重建的軟體包". Ultramicroscopy. 58 (3–4): 245–59. PMID 7571117. {{cite journal}}: Unknown parameter |month= ignored (help)CS1 maint: multiple names: authors list (link)
  • 其他參考資料


Ruby-Helix

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一組用於分析有無接縫的“螺旋”物件的程式。Ruby-Helix 基於 Ruby 程式語言構建，是第一個用於實際影像分析的非對稱螺旋重建實現。它還允許更輕鬆的半自動分析，執行迭代反彎和準確確定重複長度。
  • 支援： 作業系統：Fedora，Mac OS X 影像格式支援：MRC
  • 成本： 免費/開源，GPL
  • 主要引用出版物
    • Metlagel Z, Kikkawa YS, Kikkawa M (2007). "Ruby-Helix：基於面向物件的指令碼語言的螺旋影像處理實現". J. Struct. Biol. 157 (1): 95–105. doi:10.1016/j.jsb.2006.07.015. PMID 16996276. {{cite journal}}: Unknown parameter |month= ignored (help)CS1 maint: multiple names: authors list (link)
  • 其他參考資料


斯托克斯實驗室程式

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用於螺旋晶體的影像處理軟體：概述、使用 MRC 螺旋處理軟體的程式和提示，該軟體已被包括 Chikashi Toyoshima、Nigel Unwin、David DeRosier 和 David Stokes 在內的多個團隊修改。
  • 支援: 作業系統: Unix 影像格式支援: MRC
  • 費用： 免費/開源
  • 主要引用出版物
    • 未出版

單個粒子

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Frealign

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Frealign 提供針對有效細化三維重建和校正顯微鏡對比度傳遞函式的演算法，用於透過單個粒子電子顯微鏡確定大分子結構。
  • 支援: 作業系統: Linux、IRIX、OSF、Mac OS X 影像格式支援: MRC、Spider、IMAGIC
  • 成本： 免費/開源，GPL
  • 主要引用出版物


PFT3DR

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PFT3DR 是一個用於確定成像粒子的方向和原點以及根據影像及其分配的方向和原點計算三維重建的軟體包。這些程式是 Baker 和 Cheng (2000) 開發的 PFT 演算法以及 Crowther 等人 (1970) 開發的傅立葉貝塞爾重建演算法的增強版本。最初的 PFT3DR 程式適應性僅限於二十面體病毒，但已增強為支援生物粒子中發現的幾乎所有對稱性。PFT3DR 網站上描述了其他增強功能。


搜尋/細化/構建

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Search_Fspace、Refine_Fspace 和 Build_Fspace 是相對簡單的程式，用於計算和細化 3D 地圖。許多使用的程式類似於 Frealign 應用的方法。提供的網站還有一些其他有用的工具，用於處理顯微照片、MRC 影像堆疊和引數檔案。
  • 支援： 作業系統：Linux 影像格式支援：MRC
  • 成本： 免費/開源，GPL
  • 主要引用出版物
    • Lau, W.C.Y, Rubinstein, J.L. (2012). "亞奈米級解析度下完整嗜熱棲熱菌H+-驅動ATP合酶的結構". 自然. 481: 214–218. PMID 22753497. {{cite journal}}: 引文有空缺的未知引數: |1= (幫助)CS1 maint: 多個名稱: 作者列表 (連結)
  • 其他參考資料
    • Benlekbir S, Bueler SA, Rubinstein JL (2012). "釀酒酵母液泡型ATP酶的11埃解析度結構". 自然結構與分子生物學. 19 pages=1356-52. PMID 23142977. {{cite journal}}: 引文有空缺的未知引數: |1= (幫助); 缺少管道符號: |volume= (幫助)CS1 maint: 多個名稱: 作者列表 (連結)

斷層掃描

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ASTRA 工具箱

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ASTRA 工具箱是一個開放平臺，用於斷層掃描中的 3D 影像重建。ASTRA 工具箱提供了一套廣泛的快速（GPU 加速）和靈活的構建塊，可用於高階重建演算法。
  • 支援: 作業系統: Linux, Microsoft Windows 影像格式支援: EM, MRC, Matlab
  • 費用： 免費
  • 主要引用出版物
  • 其他參考資料


EM3D

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EM3D 是一款旨在分析和視覺化電子顯微鏡 (EM) 斷層掃描資料的軟體應用程式。它特別適用於細胞和分子生物學家。從多個傾斜角度拍攝的 2D 電子顯微照片傾斜序列，該程式可以執行自動對齊並快速將這些資料渲染成清晰的 3D 模型，這使得您能夠旋轉物體以進行檢視。此外，EM3D 還提供分析工具來量化模型中的結構資訊，包括它們的矩、鄰近關係和空間可靠性。所有這些功能都可以透過非常直觀的圖形使用者介面執行。EM3D 可免費供 PowerPC 或 Intel 的 Mac OS X 以及 Windows 使用。EM3D 由斯坦福大學醫學院神經生物學和結構生物學教授 U. J. McMahan 博士的實驗室開發，並繼續在德克薩斯 A&M 大學生物系進行開發。
  • 支援: 作業系統: Windows, Mac OS X for PowerPC or Intel 影像格式支援:
  • 費用: 學術用途免費
  • 主要引用出版物
    • Ress D, Harlow ML, Schwarz M, Marshall RM, McMahan UJ (1999). "用於電子斷層掃描傾斜序列中基準標記的自動採集和影像對齊的方法". J 電子顯微鏡 (東京). 48 (3): 277–87. PMID 10425746EM3D 的自動對齊傾斜影像方案進行了描述。{{cite journal}}: CS1 maint: 多個名稱: 作者列表 (連結) CS1 maint: 後記 (連結)
  • 其他參考資料
    • Ress DB, Harlow ML, Marshall RM, McMahan UJ (2004). "從電子顯微鏡斷層掃描資料生成高解析度結構模型的方法". 結構體. 12 (10): 1763–74. doi:10.1016/j.str.2004.07.022. PMID 15458626詳細介紹了 EM3D 模型生成方法。 {{cite journal}}: 未知引數 |month= 被忽略 (幫助)CS1 maint: 多個名稱: 作者列表 (連結) CS1 maint: 後記 (連結)
    • Harlow ML，Ress D，Stoschek A，Marshall RM，McMahan UJ (2001)。“青蛙神經肌肉接頭活性區材料的結構”。自然. 409 (6819): 479–84。 doi:10.1038/35054000。 PMID 11206537EM3D 首次用於在宏觀分子解析度下揭示細胞結構。 {{cite journal}}: 未知引數 |month= 被忽略 (幫助)CS1 maint: 多個名稱：作者列表 (連結) CS1 maint: 後記 (連結)
    • Petersen JD，Chen X，Vinade L，Dosemeci A，Lisman JE，Reese TS (2003)。“突觸後密度（PSD）-95 和 Ca2+/鈣調蛋白依賴性蛋白激酶 II 在 PSD 的分佈”。J. 神經科學. 23 (35): 11270–8。 PMID 14657186EM3D 用於檢查大腦突觸中突觸後密度的結構。 {{cite journal}}: 未知引數 |month= 被忽略 (幫助)CS1 maint: 多個名稱：作者列表 (連結) CS1 maint: 後記 (連結)
    • Ress, D., Harlow, M.L., Marshall, R.A., and McMahan, U.J. (2003)。“使用電子顯微鏡斷層掃描資料獲得等密度表面模型的最佳化方法”。IEEE 第 25 屆年度國際會議論文集. pp. 774–777描述了 EM3D 建立最佳等密度表面模型的方法。{{cite book}}: CS1 maint: 多個名稱：作者列表 (連結) CS1 maint: 後記 (連結)


IMOD

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IMOD 是一套影像處理、建模和顯示程式，用於斷層掃描重建以及 EM 連續切片和光學切片的 3D 重建。該軟體包包含用於在多種型別和大小的影像堆疊中組裝和對齊資料的工具，用於從任何方向檢視 3D 資料，以及用於影像檔案建模和顯示的工具。它包含一個完整的圖形使用者介面，用於生成斷層圖，結合圍繞兩個軸進行的傾斜系列的斷層圖，以及從連續切片堆疊斷層圖。
  • 支援： 作業系統：Linux、Windows、Mac OS X 影像格式支援：MRC、TIFF
  • 成本： 免費/開源，GPL
  • 主要引用出版物
  • 其他參考資料


protomo

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Protomo 是一套主要用於電子斷層掃描的程式和 shell 指令碼。除了某些一般的影像處理功能外，它還提供了用於預處理顯微照片、對未傾斜和傾斜樣品的影像進行 CTF 校正、對傾斜系列進行無標記對齊以及 3D 重建的例程。
  • 支援： 作業系統：Linux 影像格式支援：大多數格式
  • 費用： 免費
  • 主要引用出版物
  • 其他參考資料
    • Winkler H，Taylor KA (2006)。“在電子斷層掃描中同時進行幾何確定和重建傾斜系列的準確無標記對齊”。超顯微鏡. 106 (3): 240–54。 doi:10.1016/j.ultramic.2005.07.007。 PMID 16137829. {{cite journal}}: 未知引數 |month= 被忽略 (幫助)
    • Winkler H，Taylor KA (2003)。“應用於電子斷層掃描中使用的傾斜系列影像資料的焦點梯度校正”。J. 結構生物學. 143 (1): 24–32。 PMID 12892723. {{cite journal}}: 未知引數 |month= 被忽略 (幫助)
    • Taylor KA, Tang J, Cheng Y, Winkler H (1997). "利用電子斷層掃描技術分析無序蛋白質陣列的結構". J. Struct. Biol. 120 (3): 372–86. doi:10.1006/jsbi.1997.3932. PMID 9441940. {{cite journal}}: 未知引數 |month= 被忽略 (幫助)CS1 maint: 多個名字：作者列表 (連結)


PyTom

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PyTom 是一個基於 Python 的斷層掃描分析軟體包。它支援諸如透過模板匹配進行粒子定位和識別，亞斷層掃描平均以及亞斷層掃描分類等任務。該軟體包是開源的，不依賴任何商業軟體並且與平臺無關。Python 的實現應允許輕鬆編寫指令碼以執行特定任務。


RAPTOR

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用於斷層掃描重建的魯棒對齊和投影估計（RAPTOR）是一個可免費獲得的軟體，用於對從電子顯微鏡獲得的原始堆疊進行對齊以用於斷層掃描目的。旨在自動獲得與透過擴充套件手動干預獲得的對齊方式相當的全精度對齊方式。影像中需要標記粒子才能進行對齊。它被設計為與 IMOD 軟體相容，因此可以使用 IMOD 的常用工具來檢查對齊結果和重建結果。
  • 支援： 作業系統：Linux 影像格式支援：MRC
  • 費用： 免費
  • 主要引用出版物
    • Amat F, Moussavi F, Comolli LR, Elidan G, Downing KH, Horowitz M (2008). "基於馬爾可夫隨機場的電子斷層掃描影像自動對齊". J. Struct. Biol. 161 (3): 260–75. doi:10.1016/j.jsb.2007.07.007. PMID 17855124. {{cite journal}}: 未知引數 |month= 被忽略 (幫助)CS1 maint: 多個名字：作者列表 (連結)


SerialEM

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SerialEM 是一個用於在 Tecnai 和更新的 JEOL 顯微鏡上獲取電子斷層掃描傾斜序列的程式。它採用了一種基於從先前傾斜位置預測傾斜序列中樣本位置的方法。使用這種方法，它既能實現舊的傾斜序列採集方法的魯棒性（在每次傾斜時跟蹤和聚焦），又能實現新的預校準方法的速度。它為相機控制和影像採集、檢視和儲存提供了一個完整的介面。它包括低劑量模式，用於在感興趣區域之外進行跟蹤和聚焦，能量過濾器控制，使用重疊幀蒙太奇獲取傾斜序列，以及用於對映網格並返回選定位置的導航器模組。它支援 Gatan、Tietz、FEI、AMT 和一些 Direct Electron CCD 相機。
  • 支援: 作業系統: Microsoft Windows 影像格式支援: MRC
  • 費用: 學術用途免費
  • 主要引用出版物


TOM 工具箱

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斷層掃描工具箱是一組擴充套件 MATLAB（+ 影像處理工具箱）數值計算環境功能的函式。該工具箱支援廣泛的斷層掃描功能。
  • 自動資料採集程式已深刻地改變了電子斷層掃描 (ET) 的前景。具有自動調整功能的複雜資料採集方案最大限度地減少了樣本暴露於電子束的時間，而複雜的影像分析程式從噪聲資料集中提取了最大資訊量。“TOM 軟體工具箱”集成了成熟的演算法和新概念，這些演算法和概念專門針對低劑量 ET 的特殊需求。它為所有處理步驟（採集、對齊、重建和分析）提供了一個使用者友好的統一平臺。它被設計為一組計算程式，是一個高度靈活框架中的完整軟體解決方案。TOM 代表了一種使用電子顯微鏡的新方式，可以作為未來高通量應用的基礎。
  • 支援: 作業系統: Linux，Microsoft Windows 影像格式支援: EM，MRC，Spider
  • 費用： 免費
  • 主要引用出版物
    • Nickell S, Förster F, Linaroudis A; et al. (2005). "TOM 軟體工具箱：用於電子斷層掃描的採集和分析". J. Struct. Biol. 149 (3): 227–34. doi:10.1016/j.jsb.2004.10.006. PMID 15721576. {{cite journal}}: 在 |author= 中顯式使用 et al. (幫助); 忽略未知引數 |month= (幫助)CS1 maint: 多個名稱：作者列表 (連結)


TomoJ

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TomoJ 是 ImageJ 的一個 Java 外掛，用於使用 ART、SIRT 和 WBP 演算法進行斷層掃描重建。它包括免費的參考對齊程式，以及在友好的使用者介面中使用標準的互相關方法。


TxBR

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從大型格式電子顯微鏡資料進行斷層掃描重建需要特殊程式來處理由電子光學而不是光線光學引起的幾何畸變。特別是，電子以曲線路徑穿過樣品，散焦和其他像差會產生重大影響。TxBR 處理與帶電粒子光學相關的幾何非線性、由樣品變形引起的畸變以及與非標準資料採集模式相關的變換集。此外，TxBR 為連續切片斷層掃描的無標記對齊和專門的蒙太奇提供了準備。
  • 支援： 作業系統：Linux、Windows（≥ XP）、Mac OS X（PowerPC 和 Intel） 影像格式支援： MRC
  • 費用： 免費
  • 主要引用出版物
    • S. Phan, A. Lawrence (2008). "大型格式電子顯微鏡傾斜系列的斷層掃描：影像對齊和體積重建". 影像和訊號處理大會，第 2 卷. pp. 176–182.
  • 其他參考資料
    • Lawrence A, Bouwer JC, Perkins G, Ellisman MH (2006). "基於變換的反投影用於大型格式電子顯微鏡傾斜系列的體積重建". J. Struct. Biol. 154 (2): 144–67. doi:10.1016/j.jsb.2005.12.012. PMID 16542854. {{cite journal}}: 忽略未知引數 |month= (幫助)CS1 maint: 多個名稱：作者列表 (連結)


UCSF 斷層掃描

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UCSF 斷層掃描是一個整合的軟體套件，它提供從目標查詢、連續斷層掃描資料採集到即時重建的完全自動化，包括單軸和雙軸，以及隨機錐形資料集的自動採集。該軟體是基於一種新方法實現的，其中計算臺傾斜被建模為幾何旋轉。由於臺傾斜導致的樣品空間運動可以基於先前採集的斷層掃描影像來預測。因此，在整個斷層掃描資料採集過程中無需採集跟蹤和聚焦影像。因此可以實現顯著的劑量節省，這對於採集冷凍傾斜系列至關重要。即時重建是透過在小型 Linux 叢集（五個雙處理器計算機節點）上與在顯微鏡計算機上執行的 UCSF 斷層掃描資料採集同時計算加權反投影來實現的，並使用資料採集過程中生成的無參考標記對齊資料。即時重建的 3D 體積為使用者提供了即時反饋，以全面評估實驗的所有方面，從樣品選擇、冰厚度、實驗引數到標本製備的質量。為了便於雙軸斷層掃描資料採集，開發了一種用於目標查詢和標本旋轉後重新定位的分層方案，並將其與預測性資料採集和即時重建相整合，允許從目標查詢到資料採集和 3D 體積重建的完全自動化，使用者干預較少。為隨機錐形資料採集開發了一種現場方案，其中跟蹤和聚焦在與最終錐形傾斜影像相同的位點進行。較低的放大倍率結合較短的曝光時間可顯著降低劑量，並允許更大的傾斜步長。該系統還包括一個蒙太奇未傾斜影像的功能，以確保傾斜影像中的所有粒子都可以在重建中使用。


FEI Xplore3D™ 斷層掃描套件

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Xplore3D 為三維斷層掃描採集、重建和視覺化提供了一個完整的解決方案，整合在一個軟體包中。其先進的功能包括批次採集、雙軸斷層掃描、低劑量成像、STEM 斷層掃描、能量過濾以及用於重建的硬體加速。批次排程允許從多個網格位置進行無人值守的夜間資料採集。準確的互動式對齊例程可以使用互相關（不需要標記）、珠子跟蹤或一般特徵跟蹤。先進的重建技術包括加權反投影、ART 和 SIRT。Xplore3D 包括一個後對齊和重建模組，Inspect3D。
  • 支援: 作業系統: Windows XP, 影像格式支援: 大多數影像格式
  • 價格: 價格可根據要求提供，永久使用權許可
  • 主要引用出版物
    • R.H.M. Schoenmakers, R.A. Perquin, T.F. Fliervoet, W. Voorhout, H. Schirmacher (2005). "用於高解析度、高通量電子斷層掃描的新軟體". Microscopy and Analysis. 19 (4): 5–6. {{cite journal}}: 未知引數 |month= 被忽略 (幫助)CS1 maint: 多個名稱：作者列表 (連結)
  • 其他參考資料
    • Li Peng, Sergey Ryazantsev, Ren Sun, Z. Hong Zhou (2010). "透過電子斷層掃描對宿主細胞中γ皰疹病毒生命週期的三維視覺化". Structure. 18 (1): 47–58. doi:10.1016/j.str.2009.10.017. PMID 20152152. {{cite journal}}: 未知引數 |month= 被忽略 (幫助)CS1 maint: 多個名稱：作者列表 (連結)
    • Linda F. van Driel, Jack A. Valentijn, Karine M. Valentijn, Roman I. Koning, Abraham J. Koster (2009). "應用於人內皮細胞中完整線粒體的相關冷凍熒光顯微鏡和冷凍電子斷層掃描工具". European Journal of Cell Biology. 88 (11): 669–684. doi:10.1016/j.ejcb.2009.07.002. PMID 19726102. {{cite journal}}: 未知引數 |month= 被忽略 (幫助)CS1 maint: 多個名稱：作者列表 (連結)
    • Laura van Niftrik, Willie J.C. Geerts, Elly G. van Donselaar, Bruno M. Humbel, Alevtyna Yakushevska, Arie J. Verkleij, Mike S.M. Jetten, Marc Strous (2008). "厭氧氨氧化體的厭氧氨氧化體的結構和化學分析: 一個膜結合的胞質內隔室". Journal of Structural Biology. 161 (3): 401–410. doi:10.1016/j.jsb.2007.05.005. PMID 17604181. {{cite journal}}: 未知引數 |month= 被忽略 (幫助)CS1 maint: 多個名稱：作者列表 (連結)

子體積平均

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Dynamo

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Dynamo 是一個用於冷凍電鏡資料的子斷層掃描平均和分類的軟體包。旨在為使用者提供更大的靈活性，以便在標準程式中新增新演算法，並將其適用於不同的計算環境，如桌上型電腦、多核機器、（多）GPU 或 CPU 叢集。它包含多個工具，用於斷層掃描視覺化和在幾種幾何形狀（如細絲、囊泡、膜）中進行粒子挑選。
  • 支援: 作業系統: Linux，Mac OS，Windows 影像格式支援: .em，.spi，.mrc
  • 價格: 學術用途免費，GPL / BSD
  • 主要引用出版物
    • Castaño-Díez D, Kudryashev M, Arheit M, Stahlberg H (2012). "Dynamo: A flexible, user-friendly development tool for subtomogram averaging of cryo-EM data in high-performance computing environments". J Struct Biology (3). doi:http://dx.doi.org/10.1016/j.jsb.2011.12.017. {{cite journal}}: Check |doi= value (help); External link in |doi= (help)CS1 maint: multiple names: authors list (link)


Jsubtomo

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Jsubtomo 是一個基於 Bsoft 的開源軟體包，用於對斷層掃描子體積進行平均。它包含使用約束互相關定位斷層掃描中子體積、缺失楔形加權平均和精煉的工具。可以輕鬆地包含粒子方向的初始估計來約束精煉。Python 指令碼可用於並行處理和迭代精煉。
  • 支援: 作業系統: Linux、Mac OS、Windows 影像格式支援: 大多數，包括 .map、.mrc、.em、.spi、.img、.pif
  • 費用： 免費
  • 開發語言: C
  • 主要引用出版物
    • Huiskonen JT, Hepojoki J, Laurinmäki P, Vaheri A, Lankinen H, Butcher SJ, Grünewald K. (2010). "Electron cryotomography of Tula hantavirus suggests a unique assembly paradigm for enveloped viruses". J Virology. 84 (10): 4889–97. doi:10.1128/JVI.00057-10.{{cite journal}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link)


PEET

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PEET 是一個用於子體積對齊、平均和分類的開源軟體包。PEET 最容易與 IMOD 結合使用。
  • 支援: 作業系統: Linux、Mac OS-X、Windows 影像格式支援: .mrc
  • 費用: 免費，GPL
  • 開發語言: Matlab、C、C++
  • 主要引用出版物
    • Nicastro D, Schwartz C, Pierson J, Gaudette R, Porter M, McIntosh J.R. (2006). "The molecular architecture of axonemes revealed by cryoelectron tomography". Science. 313 (5789): 944–948. doi:10.1126/science.1128618.{{cite journal}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link)

質量測量

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MASDET

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一種快速、使用者友好的多平臺軟體，用於透過暗場電子顯微鏡測定質量。MASDET 提供了幾個用於主要質量分析步驟的子程式，即影像顯示和感興趣區域 (ROI) 選擇、質量評估和資料分析。兩種程式模式構成了質量測定的核心程式：（i）程式模式 AREA 確定片狀結構（例如，蛋白質 S 層、薄有機和無機薄膜）的面積質量，以及球形結構（例如，單個大分子、球形組裝體、有機/無機奈米粒子）的盒體質量，以及（ii）程式模式 FILAMENT 確定單個 ROI 中絲狀結構（例如，中間絲、DNA-蛋白質複合物、菸草花葉病毒、奈米線）的長度質量。單個 ROI 中質量資料的統計分析包含圖形資料顯示（直方圖和 XY 圖），並允許擬合高達 10 個高斯曲線。暗場顯微照片還可以使用蒙特卡羅模擬的資料重新計算為質量厚度分佈或質量厚度圖。
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