超級馬里奧陽光/Boss
以下列出了馬里奧在《超級馬里奧陽光》中遇到的 Boss。它們按照他們在遊戲中出現的順序排列。
汙染食人魚是守門者或生活在汙垢斑點裡的生物。它們只有在汙垢中遇到某些部分時才會醒來。在有汙泥的島嶼上找到一個部分。在撞擊到某個會引起火花的物體之前，儘可能地擦除汙垢。不斷射擊它，直到黏糊糊的植物為了報仇而出現。有三種類型：一種是由魔法汙垢製成的，是標準的；一種是由泥濘汙垢製成的，偶爾會吐出泥球；一種是由墨水製成的，在被擊中三次後會沉入墨水汙垢中，但隨後會釋放一群俯衝的斯圖，需要再被擊中三次。
他有時是一個容易的 Boss。他是史上最龐大的食人花幼崽。他喜歡吐出汙垢，並向敵人扔出龍捲風，尤其是馬里奧。
一種體型更大的布魯珀，嘴巴里塞著一個軟木塞。它在里科港和諾奇灣都以 Boss 的身份出現。
一隻巨大的綠色毛毛蟲，在吉拉託海灘上橫行霸道。
在皮納公園遇到的 Boss。這臺機器在庫巴 Jr. 的控制下，它會透過從嘴巴里噴火和發射子彈比爾來發動攻擊。
鰻魚嘴是一個巨大的 Boss，位於諾奇灣深處的海水中。它有毒的呼吸正在汙染諾奇灣的水域，所以在其中一個任務中，馬里奧必須與鰻魚嘴戰鬥，並用 FLUDD 清潔它的牙齒。在戰鬥中，鰻魚嘴會從眼睛裡噴出有毒的氣泡，會對馬里奧造成傷害。然而，用 FLUDD 對氣泡進行消毒可以使其解毒並恢復馬里奧的健康。一旦鰻魚嘴的所有牙齒都被清理乾淨，它就會撤退，馬里奧會獲得一個陽光星星。
一隻巨大的薄紙片蝠鱝，在西雷娜海灘上散佈著電氣汙垢。
馬里奧的神秘替身，汙染了德爾菲諾島。在每個關卡（除了科羅娜山）中，都有一個任務需要馬里奧追逐影子馬里奧並用水噴射他。如果噴射足夠多，馬里奧會獲得一個陽光星星。影子馬里奧在德爾菲諾島上也遇到過幾次，他拿著一個耀西蛋或 FLUDD 的附件而不是陽光星星。
一隻巨大的布，在西雷娜海灘賭場的地下室裡遊蕩。
遊戲中的最終 Boss，他與庫巴 Jr. 聯手，後者犯下了罪行，並製造了影子馬里奧和塗鴉。他們位於科羅娜山。為了打敗他們，跑到五個角落，不停地噴水。