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拓撲弦理論在計算機輔助藥物設計中的應用

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來自華夏公益教科書,自由的教科書

藥物設計是化學在治療疾病方面的重要應用。在本華夏公益教科書中,我們提出了一種新的神經網路,可以幫助藥物設計。相關影片、論文和書籍章節將在華夏公益教科書中補充。

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神經網路的方案如下:我們首先用化學圖表示化學化合物空間中的每個化合物。然後我們將圖轉換為一組廣義扭轉實心環面乘積鏈,這些鏈由扭轉次數引數化。我們找到這些鏈的 BPS 不變數,這些不變數來自拓撲弦理論,可以透過 Chern-Simons 理論從 HOMFLY-PT 多項式獲得。一般而言, 中的 HOMFLY-PT 多項式很難找到,但我們可以應用外科手術技術來找到這些多項式在進行外科手術後的流形中。然後,我們使用這些 BPS 不變數作為化合物的拓撲指標來設計神經網路。由於這些不變數是張量,因此我們需要為它們找到一個標量。這是透過推廣色度幾何中的 Ω 三角形和有理三角學中的理查森常數來實現的。然後引入基於擴充套件多項式和代數微積分的核函式或卷積。然後,我們將簡要討論化學中的活性引數和性質引數,這些引數對於藥物設計特別有用。然後,可以將神經網路升級到具有自動編碼器的生成對抗網路。

  1. 結、HOMFLY-PT 多項式、Chern-Simons 理論和手術
  2. 拓撲弦理論和 BPS 不變數
  3. 外科手術扭轉實心環面鏈、扭轉實心環面乘積鏈和推廣
  4. 受分子啟發的鏈、拓撲指標、計算化學和計算機輔助藥物設計
  5. 有理三角學和色度幾何、Ω 四面體和張量的廣義理查森常數
  6. 代數微積分、卷積神經網路和反向傳播
  7. 自動編碼器和生成對抗網路
  8. 結論:綜合起來
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