化學資訊源/分子視覺化工具和網站
< 化學資訊源
如今，大多數人都是網路的精通使用者，但有些人可能不知道瀏覽器真正工作的細節。重要的是要了解，有一些化學助手和外掛軟體可以擴充套件標準 Web 瀏覽器的視覺化功能。化學家使用的每臺個人和實驗室計算機，以及科學圖書館中的計算機，都應該配備合適的化學視覺化附加元件和免費的 Adobe Acrobat Reader。
HTML 文件的格式由瀏覽器完成，因此文件在不同的瀏覽器上可能會有不同的外觀。一些流行的瀏覽器是
其他媒體（影像、聲音、動畫）可以在瀏覽器中匯入。HTML 允許
- 連結（錨點）到同一文件中的其他文件或文字，或透過 **URL**（統一資源定位器）連結到網際網路上的其他位置：您要檢索的專案的地址。URL 存在於 WWW 檔案、FTP、Gopher、UseNet、Telnet 等中。
- 絕對引用 - 包含完整地址：主機名、目錄路徑和檔名
- 相對引用 - 假設使用先前機器和目錄路徑：只指定檔名（或可能指定子目錄和檔名）
助手和外掛軟體擴充套件了瀏覽器的功能。有通用和專門的助手/瀏覽器。
| 格式 | 描述 | 助手/外掛 | |
|---|---|---|---|
| .gif | CompuServe 影像交換格式 | 瀏覽器 | |
| .jpg | JPEG（聯合影像專家組）圖形格式 | 瀏覽器 | |
| Adobe 的行動式文件格式 | Acrobat Reader | ||
| .tif | TIFF 圖形格式（第四組傳真） | ||
| .mid | MIDI 音樂格式檔案 | ||
| .mpg | MPEG 電影格式 | ||
| .mov | QuickTime 電影格式檔案 | ||
| .wav | |||
| WAVE 格式音訊檔案 | |||
| 以及 | 許多其他 |
Peter Murray-Rust 和 Henry Rzepa 率先開發了化學 **MIME**（多用途網際網路郵件擴充套件）協議，用於將特殊檔案附加到電子郵件訊息或嵌入 HTML 文件中。Murray-Rust 博士在開發 CML（化學標記語言）方面特別活躍。
| 副檔名 | MIME 子型別 | 用途 | 助手/外掛 |
|---|---|---|---|
| kin | x-kinemage | 大分子 Kinemage 檔案 | MAGE |
| pdb | x-pdb | 蛋白質資料庫格式 | Rasmol, Chime |
| jdx | x-jcamp-dx | 光譜格式：紅外、核磁共振、質譜 | JCAMP-DX |
| mol | x-mdl-molfile | MDL 的分子檔案格式 | Accelrys Draw |
| chm | x-chemdraw | CambridgeSoft 的 ChemDraw 格式 | CHEMDRAW |
| 以及 | 其他 |
一些其他常用的格式包括
- .cif 晶體學資料
- netCDF 用於色譜、紅外和質譜
- andi/MS 用於質譜的分析資料交換
- CML 和 XML 化學標記語言和可擴充套件標記語言
如今，幾乎所有現代電子郵件軟體都支援 MIME 格式程式碼。
伊利諾伊大學香檳分校理論與計算生物物理學小組維護著 結構生物學軟體資料庫。截至 2011 年 11 月，該資料庫包含 24 個類別中的 367 個應用程式，包括分子視覺化類別中的 63 個應用程式。
- PyMOL：產品包括 PyMOL（渲染和動畫 3D 結構）、AxPyMOL（用於將 3D 影像和動畫嵌入 PowerPoint 簡報的外掛）和 JyMOL（用於定製 3D 視覺化的軟體包）。
- JMol：一個開源 Java 檢視器，用於以 3D 形式檢視化學結構。
- VMD（視覺化分子動力學）：來自 UIUC 的免費軟體，使用 3D 圖形和內建指令碼顯示、動畫和分析大型生物分子系統。
用於 Web 的分子視覺化軟體和編碼系統正在徹底改變當今化學結構和化學資料的使用方式。化學出版行業在採用這些創新方面一直有些緩慢，但在使用者壓力下，他們正在逐漸改變化學影像和資料在正式出版流程中的整合方式。