進化生物學的基本背景是種系發生,一個基於進化關係而非表型相似性的分類系統。進化的中心原則是所有生命都源自一個共同祖先,因此所有生命都是相關的。生物透過種群分化為不同的物種,隨著時間的推移,物種又產生了更遙遠的表親,這就是生物分化成世界上令人驚歎的多樣性的過程。
我們透過分支圖表示生物群體之間的關係。如果已知且包含共同祖先,並且表示中包含時間軸,則稱為進化樹。