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神經影像資料處理/處理/工具/SPM

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神經影像資料處理/處理/工具
SPM FSL

統計引數對映指的是構建和評估空間擴充套件的統計過程,用於檢驗關於功能成像資料的假設。
SPM 基於 Matlab,並專為分析腦成像資料序列而設計。當前版本專為分析 fMRI、PET、SPECT、EEG 和 MEG 而設計。
SPM 軟體包可以透過不同的工具箱擴充套件。

如何啟動 SPM

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在您將 SPM 安裝到計算機上後

  1. 在您的終端中輸入大寫字母 SPM 來設定 SPM 環境(如果您的計算機上有多個版本,請選擇當前版本)
  2. 在您的終端中輸入小寫字母 matlab 來開啟 matlab
  3. 要啟動 SPM GUI,請在 matlab 中輸入小寫字母 spm(透過新增 fmri,它將直接開啟 fmri 模式)


SPM GUI

在您透過按下 fmri 按鈕開啟 SPM 的 fmri 介面後,它應該看起來像這樣..

SPM GUI fMRI

您可以立即開始您的資料處理。

什麼是批處理?

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批處理是同時執行您的處理步驟而無需 MATLAB 程式設計的完美工具。為了理解 SPM 的基礎知識,瞭解每個資料處理步驟都被稱為“模組”很重要。有幾個不同的模組,例如用於 MRI 資料的時間(切片時間)、空間(重新校準、歸一化、平滑)或統計(fMRI 或因子設計規範、模型估計、對比規範)處理。批處理描述了應該對哪些資料執行哪些模組以及這些模組之間的依賴關係。與互動式執行每個處理步驟相比,批處理具有許多優點

  1. 文件:每個批處理可以儲存為 MATLAB 指令碼。所有引數(包括預設設定)都包含在此指令碼中。因此,儲存的批處理包含處理步驟序列和使用引數設定的完整描述。
  2. 可重複性:即使尚未設定所有引數,也可以儲存批處理。對於多受試者研究,這允許建立模板批處理。這些模板包含所有在受試者之間不變化的設定。對於每個受試者,它們可以被載入,並且只需要完成特定於受試者的部分。
  3. 無人值守執行:無需等待處理步驟完成才能將結果輸入下一個步驟,所有處理步驟都可以按照指定的順序執行,無需任何使用者互動。
  4. 多個批處理:可以載入和執行多個批處理。

要生成批處理,您可以在 SPM fmri GUI 上點選批處理按鈕

批處理編輯器

透過在上面的工具欄中點選 SPM,您可以選擇資料處理步驟。除了預設設定之外,需要單獨定義的引數由交叉(<--X) 表示。

如何建立批處理!

當您指定處理步驟的順序時,設定各個步驟之間的依賴關係非常重要。否則,在上一步中處理的資料就無法在下一步中使用。

如何設定處理步驟依賴關係!
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SPM 手冊 http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/doc/manual.pdf

SPM 華夏公益教科書 https://wikibook.tw/wiki/SPM

在這個網站上,有一系列關於如何使用 SPM 進行 fMRI 設計和分析的講義幻燈片(向下滾動,您可以找到幻燈片下載) http://neurometrika.org/BasicSPM12

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