下一代測序 (NGS)/整合平臺
- 開源整合平臺允許生物資訊學新手線上進行計算密集型分析（在公共伺服器或私有云中）。
- 有許多模組涵蓋讀取比對、變異發現、差異表達分析和視覺化。這些工具還透過記錄每個分析元資料來確保透明度和可重複性，包括分析過程中使用的工具、版本和引數設定。
- 這些平臺不會自動執行整個分析過程，只有在瞭解所做假設（例如引數選擇背後的基本原理）的情況下才會有用。請注意，這些平臺可能不一定是解決許多問題的最佳選擇。如果需要最新版本的工具，使用者還應訪問原始釋出站點。
https://insilicodb.org/
管理基因組資料的智慧方法。將基因組資料集匯出到您喜歡的分析工具。
http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/
GenePattern 是一款強大的基因組分析平臺，提供超過 240 種工具，用於基因表達分析、蛋白質組學、SNP 分析、流式細胞術、RNA-seq 分析以及常見的資料處理任務。基於 Web 的介面可輕鬆訪問這些工具，並允許建立多步驟分析管道，從而實現可重複的計算機模擬研究。
http://usegalaxy.org/
Galaxy 是一個開放的基於 Web 的平臺，用於資料密集型生物醫學研究。無論是在這個免費的公共伺服器上還是在您自己的例項上，您都可以執行、複製和共享完整的分析。
https://www.gene-talk.de
基因對話 是一個基於 Web 的專家平臺，用於分析和解釋 NGS 資料。科學家和臨床醫生可以過濾變異呼叫檔案（*.vcf）並減少資料量。為了診斷和解釋資料，使用者可以透過該平臺進行溝通、共享資料並向他人提供專業知識。
http://www.geneprof.org
GeneProf 是一款基於 Web 的生物資訊學軟體套件，用於分析功能基因組學實驗，例如 RNA-seq 或 ChIP-seq。GeneProf 支援對 RNA-seq、ChIP-seq 和使用下一代測序 (NGS) 平臺生成的其它資料進行整合分析，並提供大量公共資料，可以輕鬆與自己的結果進行比較。
www.basepairtech.com
Basepair 是一個用於基因組資料分析的 SaaS 平臺，它使研究人員能夠快速分析原始資料並在 RNA-Seq、ChIP-Seq、DNA-Seq 等多個高質量工作流程中進行選擇。他們的基於雲的軟體顯著縮短了科學家的週轉時間，從幾周縮短到幾個小時，而不會影響質量。