這是一種蛋白質透過自身修飾將前體蛋白轉化為活性蛋白的過程。該過程的經典例子是弗林蛋白酶家族的自加工。弗林蛋白酶是最廣泛使用的蛋白水解加工酶，主要用於切割維持細胞生理功能所需的蛋白質。弗林蛋白酶家族也稱為PACE家族。弗林蛋白酶是一種跨膜蛋白，合成時是一種100KDa的蛋白質。該蛋白在內質網中進行催化裂解，成為活性弗林蛋白酶，大小為94 KDa。然而，前體蛋白仍然與蛋白質結合，並作為弗林蛋白酶的抑制劑。然後，多肽在反式高爾基網路中釋放，在那裡弗林蛋白酶變得活躍。
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