SPM/Docker
外觀
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SPM 華夏公益教科書已移至 https://www.fil.ion.ucl.ac.uk/spm/docs/ |
Docker 是一種容器技術,執行作業系統級虛擬化。
https://www.docker.com/
Singularity 是另一種執行作業系統級虛擬化的容器技術。Singularity 的主要用途之一是將容器和可重複性引入科學計算和高效能計算。
https://sylabs.io/singularity/ https://apptainer.org/
官方 SPM12 Dockerfile 和 singularity.def(使用 獨立 SPM)
https://github.com/spm/spm-docker https://github.com/spm/spm-docker/pkgs/container/spm-docker https://hub.docker.com/r/spmcentral/spm/
例如,要使用其圖形使用者介面啟動 SPM
xhost +local:docker docker run -ti --rm -e DISPLAY=$DISPLAY -v /tmp:/tmp -v /tmp/.X11-unix:/tmp/.X11-unix spmcentral/spm fmri
如果容器的根檔案系統以只讀方式掛載(--read-only 標誌),您需要繫結掛載額外的卷
-v /tmp/.matlab:/root/.matlab
https://www.neurodesk.org/
https://github.com/ReproNim/neurodocker https://hub.docker.com/r/kaczmarj/neurodocker/
https://github.com/BIDS-Apps/SPM https://hub.docker.com/r/bids/spm/
https://github.com/mathworks-ref-arch/matlab-dockerfile
sudo singularity build spm12.sif spm12-octave.def singularity exec spm12.sif ./spm12.sif --help