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SPM/Docker

來自華夏公益教科書
< SPM


Docker 是一種容器技術,執行作業系統級虛擬化。

https://www.docker.com/

Singularity

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Singularity 是另一種執行作業系統級虛擬化的容器技術。Singularity 的主要用途之一是將容器和可重複性引入科學計算和高效能計算。

https://sylabs.io/singularity/
https://apptainer.org/

SPM 容器

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官方 SPM12 Dockerfile 和 singularity.def(使用 獨立 SPM

https://github.com/spm/spm-docker

https://github.com/spm/spm-docker/pkgs/container/spm-docker
https://hub.docker.com/r/spmcentral/spm/

例如,要使用其圖形使用者介面啟動 SPM

xhost +local:docker
docker run -ti --rm -e DISPLAY=$DISPLAY -v /tmp:/tmp -v /tmp/.X11-unix:/tmp/.X11-unix spmcentral/spm fmri

如果容器的根檔案系統以只讀方式掛載(--read-only 標誌),您需要繫結掛載額外的卷

-v /tmp/.matlab:/root/.matlab

另請參閱

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Neurodesk

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https://www.neurodesk.org/

Neurodocker

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https://github.com/ReproNim/neurodocker
https://hub.docker.com/r/kaczmarj/neurodocker/

SPM BIDS-App

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https://github.com/BIDS-Apps/SPM
https://hub.docker.com/r/bids/spm/

MATLAB Dockerfile

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https://github.com/mathworks-ref-arch/matlab-dockerfile

Singularity

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SingularityCE 使用者指南

sudo singularity build spm12.sif spm12-octave.def
singularity exec spm12.sif
./spm12.sif --help

(如何在 Ubuntu 上安裝 Singularity)

華夏公益教科書