SPM/在 64 位 Linux 上安裝

所有版本的 SPM 都支援 Linux 64 位系統，安裝過程在各個版本中應該大致相同。如果 SPM 發行版提供的 SPM MEX 檔案 (*.mexa64) 不相容您的系統，您可能需要重新編譯它們。

SPM12

安裝

將 spm12.zip 及其更新 spm12_updates_rxxxx.zip 下載到您的主目錄，然後在終端中輸入以下命令：

cd /home/login
unzip spm12.zip
unzip -o spm12_updates_rxxxx.zip -d spm12

啟動 MATLAB 並將 SPM 新增到您的路徑中，可以使用 檔案 > 設定路徑 > 新增資料夾... 或在 MATLAB 工作區中輸入以下命令：

addpath /home/login/spm12

。

編譯

在終端中，從 SPM12 安裝目錄的 src 資料夾中，輸入以下命令：

cd /home/login/spm12/src
make distclean
make && make install
make external-distclean
make external && make external-install

SPM8

安裝

將 spm8.zip 及其更新 spm8_updates_rxxxx.zip 下載到您的主目錄，然後在終端中輸入以下命令：

cd /home/login
unzip spm8.zip
unzip -o spm8_updates_rxxxx.zip -d spm8

啟動 MATLAB 並將 SPM 新增到您的路徑中，可以使用 檔案 > 設定路徑 > 新增資料夾... 或在 MATLAB 工作區中輸入以下命令：

addpath /home/login/spm8

。

編譯

在終端中，從 SPM8 安裝目錄的 src 資料夾中，輸入以下命令：

cd /home/login/spm8/src
make distclean
make && make install
make toolbox-distclean
make toolbox && make toolbox-install
make external-distclean
make external && make external-install

所需的開發包：make、gcc。

如果您遇到有關 "ft_getopt" 的錯誤訊息，請下載 SPM8 的維護版本並完全跳過上面的編譯步驟。所有必要的檔案，包括 windows、linux 和 mac 的 mex 檔案，都應該已經編譯完成。但是，此發行版在編譯時會針對 nanmean.c 出現錯誤。（參考：https://www.jiscmail.ac.uk/cgi-bin/webadmin?A2=spm;9d67787a.1802)

SPM5

安裝

將 spm5.zip 及其更新的 MEX 檔案 SPM5_Matlab7.9_LINUX64_MEX.zip 下載到您的主目錄，然後在終端中輸入以下命令：

cd /home/login
unzip spm5.zip
unzip -o SPM5_Matlab7.9_LINUX64_MEX.zip -d spm5

啟動 MATLAB 並將 SPM 新增到您的路徑中，可以使用 檔案 > 設定路徑 > 新增資料夾... 或在 MATLAB 工作區中輸入以下命令：

addpath /home/login/spm5

。

編譯

在終端中，從 SPM5 安裝目錄的 src 資料夾中，輸入以下命令：

cd /home/login/spm5/src
make distclean
make && make install

如果您收到以下錯誤訊息：mex: link of ' "spm_bwlabel.mexa64"' failed，請編輯 spm_bwlabel.c 第 364 行，使其改為以下內容：

   plhs[1] = mxCreateDoubleScalar(nl);

參考：McGeown, William. "Re: mex files SPM5 64bit," JISCMail. 13 Apr 2015. Last Accessed 18 Sep 2018.

SPM2

安裝

將 spm2.tar.gz 及其更新的 MEX 檔案 SPM2_LINUX64_MEX.tar.gz 下載到您的主目錄，然後在終端中輸入以下命令：

cd /home/login
tar xvfz spm2.tar.gz
tar xvfz SPM2_LINUX64_MEX.tar.gz -C spm2

啟動 MATLAB 並將 SPM 新增到您的路徑中，可以使用 檔案 > 設定路徑 > 新增資料夾... 或在 MATLAB 工作區中輸入以下命令：

addpath /Users/login/spm2

。

編譯

在終端中，輸入以下命令：

cd /home/login/spm2
make clean.Linux.A64
make Linux.A64

故障排除

"bad image handle dimensions" 錯誤

嘗試顯示影像時出現的 "bad image handle dimensions" 錯誤表示您需要（重新）編譯 SPM MEX 檔案。

"cannot find -lstdc++" 錯誤

如果您收到錯誤訊息“找不到 -lstdc++”，請嘗試使用您的包管理器安裝 build-essential 包（例如，在 Ubuntu 上使用 sudo apt-get install build-essential），或者使用 sudo apt-get install libstdc++5 安裝特定的 libstdc++5 包（將 5 替換為您的系統版本）。

如果在安裝 libstdc++5 後，lstdc++ 錯誤仍然存在，只需使用以下命令新增符號連結：

sudo ln -s /usr/lib64/libstdc++.so.6 /usr/lib64/libstdc++.so

它應該可以工作。如果不是，請參閱下一步。

對於舊版本的 Ubuntu 和 MATLAB，請檢視這些說明。

lstdc++ 的其他問題

如果您遇到上述錯誤並且無法安裝 libstdc++（例如，您沒有 root/管理員訪問許可權），或者您遇到其他問題，例如“ ... 版本 `GCC_4.2.0' 未找到（/usr/lib64/libstdc++.so.6 需要）”，則另一種選擇是編輯您的 mexopts.sh 配置檔案並刪除或停用 -lstdc++ 編譯器標誌，例如，只需使用查詢和替換刪除所有 -lstdc++ 的例項。 SPM 將在沒有它的情況下正確編譯。

最好編輯 mexopts.sh 的本地副本（原始副本位於您的 matlab 和 mex 可執行檔案的 bin 目錄中）。如果您執行 mex -setup，它將互動式地為您建立一個副本，例如在 ~/.matlab/RELEASE 下

~/.matlab/R14SP3/mexopts.sh
~/.matlab/R2008b/mexopts.sh

或者類似的，您之後可以在需要時進一步編輯該副本。如果您匹配發布版本，mex 將找到您的 mexopts.sh 副本。請注意，從 MATLAB

version

應顯示您的釋出版本，但帶有括號，例如“ (R14SP3)”。

"mex: command not found" 錯誤

如果您收到錯誤“mex: command not found”，請檢查 mex 是否在您的路徑中。將 MATLAB 二進位制目錄（通常為 /usr/local/matlab/bin）新增到您的路徑或建立指向路徑中已存在位置（通常為 /usr/local/bin）的 mex 的連結。

新增路徑
- 鍵入：PATH=/usr/local/matlab/bin:$PATH
建立連結
- 進入您的本地二進位制目錄：cd /usr/local/bin
- 建立連結：ln -s /usr/local/matlab/bin/mex
- （注意：在 /usr/local/bin 中建立連結需要 root 許可權）。

另一個解決方案是編輯 Makefile（對於 SPM8 為 spm8/src/Makefile.var，對於 SPM5 為 spm5/src/Makefile）並在引用 MEXBIN 時提及完整路徑

MEXBIN = /usr/local/matlab/mex

"This is pdfTeX, Version ... (TeX Live 2011)" 錯誤

如果您遇到錯誤

mex: unrecognized option `-O'
mex: unrecognized option `-c'
This is pdfTeX, Version ... (TeX Live 2011)

這是由於 MATLAB mex 和 LaTeX 命令（來自 texlive 包）之間存在名稱衝突。更改路徑或 MEXBIN，如上一個解決方案中所述。

缺少檔案

如果您遇到構建錯誤，例如在嘗試執行命令“make && make install”時 math.h 不存在，那麼您可能需要安裝 build-essentials 包。在命令列中鍵入：“sudo aptitude install build-essential”（對於 Ubuntu）。如果您具有 sudo 許可權，或者只需以 root 使用者身份登入或獲得超級使用者身份並鍵入：“aptitude install build-essential”。

"plugin needed to handle lto object" 錯誤

在定義 AR 的行中編輯 spm12/src/Makefile.var，使其讀取

AR           = gcc-ar rcs

啟動時崩潰

以下內容涉及 MATLAB 在開啟 SPM 介面時出現段錯誤的情況，並出現類似於“'BadWindow (invalid Window parameter)'”，“serial 20133 error_code 3 request_code 20 minor_code 0”，“Pango-CRITICAL **: pango_font_description_from_string: assertion 'str != NULL' failed”，“GLib-CRITICAL **: g_once_init_leave: assertion 'result != 0' failed”，“GLib-GObject-CRITICAL **: g_type_register_dynamic: assertion 'parent_type > 0' failed” 的錯誤

這可能是圖形視窗中歡迎訊息作為網頁文件顯示時出現的問題。

一個解決方案是在 spm.m 中註釋掉一行：https://github.com/spm/spm12/blob/r7771/spm.m#L352

另一個無需修改 SPM 原始碼的解決方案是定義一個環境變數，請參閱：https://github.com/spm/spm12/blob/r7771/spm_browser.m#L54

setenv('SPM_HTML_BROWSER','0')

SPM2 的編譯說明

Makefile 的更新

為了使重新編譯過程正常工作，需要修補 spm2.tar.gz 包中提供的 Makefile。此外，檔案 spm_platform.m 需要更新。

更新後的 Makefile 添加了一個新的架構，Linux.a64

Linux.a64:

  make all SUF=mexa64  CC="gcc -O3 -funroll-loops -fPIC -march=x86-64" \

  MEX="mex COPTIMFLAGS='-O3 -funroll-loops -fPIC -march=x86-64'"

以及 clean 和 verb.mexa64 的相應部分。

-fPIC 選項對於允許在 64 位 Linux 上鍊接是必要的。
-march=x86-64 為 Opteron 和 64 位 Xeon 提供通用最佳化。如果程式碼在 64 位 Xeon 上執行，您可以將其更改為 -march=nocona（支援 EM64T 的第一個修訂版 Xeon 處理器的代號為 nocona），如果您有 Opteron 或 Athlon64，請將其更改為 -march=opteron。這可能會讓您獲得額外的效能提升。

spm_platform.m 的更新

64 位 Linux 的 Matlab 在執行 32 位 Matlab 時會將自身識別為 GLNXA64，而不是 GLNX86。位元組序 不會改變，因此我在 PDefs 單元格列表中添加了它

                'GLNXA64',      'unx',  0;...

並將 GLNXA64 新增到字型配置中其他 Unix 平臺的列表。