為了比較來自多個掃描和/或研究物件的腦部影像，所有腦部影像必須處於相同的 3D 空間中。在 SPM 中，這是透過將影像“標準化”到蒙特利爾神經病學研究所 (MNI) 模板定義的空間來實現的。不同版本的 SPM 使用不同的演算法來完成此過程。通常情況下，影像開始時的方向越接近 MNI 模板，標準化的結果就越好。
