SPM/Octave

GNU Octave

GNU Octave 是一種高階語言，它與 MATLAB 大部分相容。它是根據 GNU 通用公共許可證條款釋出的免費開源軟體。

Octave

• Octave 網站：https://octave.org/
• Octave 專案：http://hg.savannah.gnu.org/hgweb/octave/
• Octave 幫助郵件列表：https://lists.gnu.org/mailman/listinfo/help-octave
• Octave 維護者郵件列表：https://lists.gnu.org/mailman/listinfo/octave-maintainers
• Octave 錯誤追蹤器：http://savannah.gnu.org/bugs/?group=octave
• Octave GitHub：https://github.com/gnu-octave
• Octave-Forge：http://octave.sourceforge.net/
• GNU Octave 和可重複研究 由 John W. Eaton 撰寫

MATLAB/Octave 相容性

GNU Octave 與 MATLAB 大部分相容

• http://wiki.octave.org/FAQ#Differences_between_Octave_and_Matlab
• https://wikibook.tw/wiki/MATLAB_Programming/Differences_between_Octave_and_MATLAB
• http://wiki.octave.org/Compatibility

其他神經影像 MATLAB 軟體包的相容性狀態

• EEGLAB：https://sccn.ucsd.edu/wiki/Running_EEGLAB_on_Octave
• FieldTrip：http://www.fieldtriptoolbox.org/faq/can_i_use_octave_instead_of_matlab/
• Psychtoolbox：http://psychtoolbox.org/

SPM/Octave 相容性的當前狀態

SPM 目前不支援在 Octave 下執行，但許多模組實際上是相容的。歡迎提供有關進一步評估和驗證的反饋。在大多數情況下，SPM 的獨立版本 可能是足夠可行的替代方案。

如果您對此感興趣，請隨時聯絡 fil.spm@ucl.ac.uk。您需要使用最新版本的 SPM12 和 GNU Octave (7.3)。

編譯

要編譯 Octave 的 MEX 檔案，請執行以下命令

cd /home/login/spm12/src
make PLATFORM=octave
make PLATFORM=octave install

一個在當前目錄下載、配置和安裝 SPM 的一體化 Octave 指令碼如下（在 Octave 提示符處輸入）：

%% Store current working directory
cwd = pwd;
%% Download SPM12 r7771
unzip ("https://github.com/spm/spm12/archive/r7771.zip", cwd);
%% Patch SPM12
urlwrite ("https://raw.githubusercontent.com/spm/spm-octave/main/spm12_r7771.patch", "spm12_r7771.patch");
system ("patch -p3 -d spm12-r7771 < spm12_r7771.patch");
%% Compile MEX files
cd (fullfile (cwd, "spm12-r7771", "src"));
system ("make PLATFORM=octave");
system ("make PLATFORM=octave install");
%% Add SPM12 to the function search path
addpath (fullfile (cwd, "spm12-r7771"));
cd (cwd);
%% Start SPM12
spm

如何貢獻

您可以透過多種方式幫助改進 GNU Octave 對 SPM 的支援

• 報告錯誤： 使用 Octave 的開發版本，將您在使用 SPM 時遇到的問題報告給 SPM 或 Octave 開發人員。請確保僅當遇到 SPM 中不應該修復的問題時才報告 Octave 的錯誤。儘可能隔離問題。
• 提出補丁 用於修復以下列表中尚未修復的錯誤。
• 經濟上支援 Octave 社群。

SPM 和 Octave 之間的相容性問題

需要更改 SPM

• MEX 檔案的編譯：使用"mkoctfile --mex"，並且 MEX 副檔名為 ".mex"，適用於所有平臺。
• do 是 Octave 中的保留關鍵字（用於 do-until 迴圈），因此不能用作變數名。
• 對於標準變數（在 OO 程式設計中）應該呼叫disp 而不是display。
• builtin('display',obj) 不適用於使用者定義的物件（MATLAB 返回 'classname object: x-by-y'，即它呼叫 disp.m）。
• class 只能從類建構函式中呼叫（而不是在任何其他方法函式中呼叫）（class(obj,'myclass') => myclass(obj)）。
• 在 if 語句中應該使用短路&& 和|| 運算子，而不是二進位制運算子 & 和 |。MLINT 會報告此問題。
• MEX 檔案應該包含 "mex.h" 但不應包含"matrix.h"，請參閱 此處
• cd 不會在 Octave 中返回當前目錄（不太可能更改，請參閱 此執行緒）。改用事先呼叫pwd。

需要更改 Octave

• 無法使用不存在的函式名稱建立函式控制代碼（例如，x = @crash 會失敗）。 已修復
• 行繼續符 "..." 不會忽略它之後出現的任何內容，除非有註釋符號%（MATLAB 會）。 已修復
• strrep.m 可以作用於字串，但不能作用於元胞陣列。 已修復
• isdeployed.m 不存在（函式 X=isdeployed，X=false;）。 已修復
• textscan.m、strread.m 和textread.m 不存在（在 3.2.4 中；在 devel 中可用，請參閱 此處 和 此處）。請注意，在 MATLAB 中，應優先使用 textscan 並替換 strread 和 textread。devel 函式在textscan('aaa.bbb','%s','delimiter','.') 上崩潰 已修復
• 私有類方法的子函式不會直接訪問欄位（即它比 此處 更進一步）並且會呼叫 subsref/subsasgn。 已修復
• which.m 不支援 -ALL 選項（請參閱 此處）。正在進行
• addpath/rmpath 中的尾隨filesep 已修復
• a='a';b={};c=cellfun(@(x)strcmp(a,x),b); 在 Octave (開發版，非 3.2.4) 中會崩潰，而 MATLAB 返回 c=[]. 已修復
• 同樣的錯誤出現在 b=get(findobj(0,'Tag','xxx'),'a') 中，它應該返回 []，即函式返回空輸出的問題。 已修復
• save.m（可能還有 load.m）在處理 MATLAB 二進位制 MAT 格式時遇到問題。（當一些變數不是雙精度時（例如 clear a;a.field1=single(1);save a.mat a -v6;load a.mat 在 Octave 開發版中會崩潰 ("error: load: invalid element type = 0") 已修復）。 已修復
• dialog, errordlg, helpdlg, inputdlg, listdlg, msgbox, warndlg 在 Octave 中不存在。
• gco.m 現在在 Octave 中存在，但在不存在圖形的情況下會建立一個圖形。 已修復.
• fcnchk.m 在 Octave 中不存在（通常可以用 str2func.m 代替）。
• isequal.m 不適用於物件（error: find: wrong type argument `class', __isequal__.m at line 147）。 已修復
• logm(eye(3)) 會崩潰，MATLAB 返回 zeros(3)。 已修復
• logm 有時會返回複數。 已修復
• mat2str 在邏輯輸入上會失敗。 已修復
• 層次化 類 中存在一些問題。 已修復, 已修復, 已修復, 已修復, 已修復, 已修復, 正在進行中
• 未預分配的 sparse 矩陣的賦值錯誤（clear a; a(1,:)=sparse(1,3,1,1,3); 返回 A(I,J,...) = X: dimensions mismatch）。 已修復
• tic/toc 不像 MATLAB 一樣處理輸入/輸出引數（tStart=tic; any_statements; tElapsed=toc(tStart);）。 已修復
• str2num(',1,1') 在 MATLAB 中返回 [1 1]，在 Octave 中返回 []。 已修復
• 如果類定義不在路徑中，從 MAT 檔案 載入時，物件不會被轉換為結構體。 已修復
• 從空控制代碼訪問圖形 物件屬性 會顯示模糊的警告（get([],'x')）。 已修復
• 相容性：使用空變數名的 save。 已修復
• 測試 fileparts 的輸入引數。 已修復
• nargchk(1,1,1,'struct') 在 Octave 中返回一個 1x1 結構體，沒有欄位，在 MATLAB 中返回一個 0x1 結構體，欄位為 message 和 identifier。 已修復
• [[];{'a'}] 返回 {[];'a'} 而不是 {'a'}， 不會修復
• 空結構體 struct([]) 在儲存到 MAT 檔案時不會被保留。 已修復
• regexprep 中使用 反斜槓 跳脫字元的問題。 已修復
• [B,C]=chol(-speye(3)) 會導致段錯誤。 已修復
• mwSignedIndex 未定義 => typedef int mwSignedIndex; 已修復
• 單元格陣列的單元格陣列 由 matlabbatch 儲存，Octave 無法正確解析。 已修復
• mkoctfile 不識別引數 -outdir。 正在進行中
• desktop 函式不存在，在呼叫 desktop('-inuse') 時特別有用。 已修復
• 使用 SuiteSparse 3.2 編譯失敗。 已修復
• 未定義的符號：mexCallMATLAB。 已修復
• 使用 clf.m 測試會導致段錯誤。 已修復
• W 指定符在 fopen 中不起作用。 已修復
• if 語句的解析器奇異性。 已修復
• mxArray 在 MEX 檔案中的問題。 已修復
• 區域性函式 在 classdef 檔案中的解析錯誤。 已修復
• ind2rgb 對浮點輸入的處理方式與 MATLAB 不同。 已修復
• 使用 %c 將字串轉換為實數標量時，轉換無效。, 已修復
• 編譯錯誤 yylex 在此範圍內未宣告。, 已修復
• 由於 openGL 導致編譯失敗。 已修復
• findobj 中的 -depth 引數。, 已修復
• evalc 未定義。 已修復
• io64.h 未定義， 正在進行中.
• 在 MATLAB 的二進位制資料格式中儲存 函式控制代碼 變數， 正在進行中
• 支援 close all force。, 已修復
• 使用正則表示式時，findobj 中的警告。, 已修復
• 列印不包含軸的圖形。 已修復
• 在 uimenu 的回撥中出現錯誤後出現錯誤。 已修復
• 雙擊時，open 的 SelectionType 不可用（僅限 Qt）。 已修復
• hgload 無法開啟 MATLAB 圖形， 正在進行中
• Octave 和 MATLAB 之間圖形/uicontrol 的差異， 正在進行中
• 載入包含指向子函式的 function_handle 的 MAT 檔案 時，會發生段錯誤， 正在進行中
• 圖形屬性 ToolBar 設定為 auto 時的行為。 已修復
• popupmenu uicontrol 的屬性。 已修復
• edit uicontrol 的回撥執行。 已修復
• 在 fltk 工具包中，與影像物件的滑鼠互動不起作用， 正在進行中
• checkbox uicontrol 的 value 屬性。 已修復
• 建立後更改 uicontrol 的 style， 正在進行中
• popupmenu uicontrol 的顯示（Qt） 正在進行中
• listbox uicontrol 的滑鼠單擊回撥， 正在進行中
• text uicontrol 的 String 屬性中單元格陣列的解釋。 已修復
• textscan/strread 在末尾有分隔符時，輸出不正確。 已修復
• 在 --no-gui 模式下執行 Octave 時，無法退出。 已修復
• 使用 drawnow 時凍結。 已修復
• 列印選項：-noui, -painters, -opengl。 已修復
• 重置 uicontextmenu 的子選單， 正在進行中
• Legend 物件在繪圖中列印線上條下方， 正在進行中
• uimenu 的順序。 已修復
• CreateMode 引數用於 msgbox/errordlg/warndlg。 已修復
• 錯誤 no method for 'scalar struct = scalar'。 已修復
• 列印時無法保留 多行 文字和 TeX 標記， 正在進行中
• 刪除上下文選單。 已修復
• listdlg 的 SelectionMode 值區分大小寫。 已修復
• 在 3D 檢視中顯示影像， 正在進行中
• 剪貼簿 複製問題。 已修復
• 錯誤 base_graphics_object::get_properties: invalid graphics object， 正在進行中
• uicontextmenu 的 Visible 屬性。 已修復
• 即使使用 --disable-gui，也嘗試構建 libgui。 已修復
• 未實現 localfunctions 函式。 已修復
• 未實現 import 函式， 正在進行中
• 訪問 物件陣列， 正在進行中
• 從 MAT 檔案載入 函式控制代碼， 正在進行中
• 缺少 警告狀態“all” 時出現段錯誤。 已修復
• 缺少 corrcoef 函式。 已修復
• 使用者按下取消時，uiputfile 的第三個輸出未定義。 已修復
• 編譯後不會自動刪除 MEX 物件檔案“*.o”（MATLAB 的 mex 會刪除）。 已修復
• Octave 緩衝輸出，這可能會阻塞。必須使用 fflush(stdout) 或 page_screen_output。 4.4 版本中預設停用分頁器
• 在 Suse 64 位系統上，/usr/X11R6/lib/libGL.so: 無法讀取符號。 已修復
• 在此範圍內未宣告 CHOLMOD_NOT_POSDEF。 已修復
• sortrows/sort: 只能對字元型字串的單元陣列進行排序錯誤。 已修復
• 連線 classdef 物件時出錯， 正在進行中
• 恢復視窗按鈕不會為其內容觸發 重繪事件。 已修復
• ginput 無法正確處理 shift/ctlr/alt 組合鍵。已修復
• GUI 命令視窗可以支援 語法高亮顯示， 正在進行中
• Ctrl+C 無法中斷，並在退出時導致 SIGABRT。 已修復
• mxCreateNumericArray 大小為零。 已修復
• 使用 mx-cdm-dm.cc 構建時出錯。 已修復
• 當 N < 2 時，linspace() 與 Matlab 不相容。 已修復
• 使圖表的 狀態列 中顯示座標成為可選操作。 已修復
• 當 uicontrol 的回撥 返回錯誤時崩潰。 已修復
• 使用 waitfor 時重新整理。 已修復
• 影像的 ButtonDownFcn 回撥。 已修復
• 在函式 m 檔案上，run 的行為與 Matlab 不同。 已修復
• 在 Ubuntu 14.04 上，doc 構建失敗，出現 texi2dvi/texi2pdf 錯誤。 已修復
• close(...,'force') 的圖形控制代碼輸入引數。 已修復
• GUI 回撥中的“解析錯誤”錯誤訊息。 已修復
• 在“deletefcn”回撥中，delete(allchild(fig)) 會引發錯誤。 已修復
• 缺少 getframe 函式。 已修復
• uicontrol 的字串中的 特殊字元。 已修復
• prefdir 不應是私有函式。 已修復
• Qt 圖表的 幫助選單。 已修復
• 檢測 Qscintilla 庫。 已修復
• 根圖形屬性“MonitorPositions”未完全實現， 正在進行中
• 使用 uicontrols 時預設設定。 已修復
• 使用 Qt 圖表 時出現段錯誤。 已修復
• uicontrols 範圍 不正確， 正在進行中
• 未實現 mexCallMATLABWithTrap。 已修復
• 單元陣列的 mxSetDimensions。 已修復
• realpow: 生成了複數結果。 已修復
• 無法從 GUI 編輯器中設定 子函式中的斷點（除非使用“endfunction”關鍵字）， 正在進行中
• 缺少 MEX 函式 mxArrayToUTF8String， 正在進行中
• 背景顏色 對按鈕和單選按鈕不起作用， 正在進行中
• 在批處理模式下使用 exit() 會丟擲 octave::exit_exception。 已修復
• axes 部分超出圖形時影像的顯示。 已修復
• uicontrol 下拉選單 大小。 已修復
• containers.Map 的實現。 已修復
• print.m 的 unwind_protect_cleanup 部分出現錯誤。已修復
• strmatch，對“空”輸入的不相容結果， 正在進行中
• 補丁 面積為零，使用 OpenGL 無法顯示， 正在進行中
• questdlg 按相反的順序顯示按鈕。 已修復
• waitfor 應該靜默接受空圖形控制代碼。 已修復
• 在 Octave 指令碼中捕獲錯誤後出現段錯誤。 已修復
• 對於不匹配的 regexp，使用“names”選項時非空輸出。 已修復
• 無效的 FID 和 fopen(FID)。 已修復
• Matlab eval 函式接受列向量字串輸入， 正在進行中
• __have_gnuplot__ 未返回任何內容。 已修復
• uimenu 的位置有時為 0， 正在進行中
• rotate3d 與 Matlab 的相容性， 正在進行中
• uicontrol 的輸出。 已修復
• 缺少 isequalwithequalnans 函式。 已修復
• fwrite 輸入引數型別。 已修復
• set() 區分大小寫。 已修復
• 更新 缺少的函式 列表。 已修復
• sum, cumsum 等函式錯誤地處理了整數輸入， 正在進行中
• 使用 print 和 append 標記時出錯。 已修復
• regexprep 中的 ${cmd} 替換運算子， 正在進行中
• uimenu 的位置。 已修復
• 從 Octave IDE 載入圖形（和其他物件）。 已修復
• orderfields 速度很慢。 已修復
• classdef 方法的未定義輸入。 已修復
• zeros: like 關鍵字， 正在進行中
• textscan 選項 MultipleDelimsAsOne 不適用於空格或製表符， 正在進行中
• 如果字串以空格結尾，ismember 會失敗。 已修復
• normest1 中的無限迴圈。 已修復
• pinv(0) 與 Matlab 不同。 已修復
• center() 依賴於廣播。 已修復
• classdef 檔案中的 private 函式。 已修復
• max_recursion_depth 錯誤出現在 classdef 建構函式中， 正在進行中
• isequal 速度很慢。 已修復
• 多維陣列的顯示使用“ans”， 正在進行中
• strcmp 與多維字元陣列， 正在進行中
• categorical 類別的實現， 正在進行中
• 支援“import”關鍵字， 正在進行中
• 模態視窗樣式 屬性不起作用。 已修復
• 缺少 classdef 關鍵字的 help 關鍵字。 已修復
• makeValidName 和 makeUniqueStrings。 已修復
• PDF 使用者手冊在程式碼示例中使用 反單引號 `。 已修復
• histcounts 的實現， 正在進行中
• 實現 jsondecode、jsonencode 函式， 正在進行中
• 圖形屬性 IntegerHandle 在 Qt 工具包中無法完全使用， 正在進行中
• 圖形的“Number”屬性。 已修復
• movegui 的實現。 已修復
• savefig 的實現。 已修復
• Octave 4.3.0+ 無法載入之前版本儲存的圖形，正在處理中
• 幫助文字中未知命令`codequoteundirected'。 已修復
• 當qcollectiongenerator 和qhelpgenerator 未找到時，會顯示警告訊息。 已修復
• 使用texinfo 4.13 的文件語法。 已修復
• 執行包含圖形的指令碼時出現段錯誤。 已修復
• opengl_renderer 關於光物件的警告訊息。 已修復
• uicontrol/uibuttongroup: 聚焦功能尚未實現。 已修復
• octave 使用呼叫圖形函式的deletefcn 回撥函式時發生死鎖，正在處理中
• 文件：一些預設 Qt 屬性在不同系統上的值不同。 已修復
• 類私有目錄中的MEX 檔案。 已修復
• 使用混合數字和字元陣列輸入時，ismember 出現錯誤。 已修復
• 使用whos -file 時的錯誤：未找到“load”。 已修復
• 使用未知或不存在的檔案時，open 函式的行為，正在處理中
• uicontrol 按鈕的顏色。 已修復
• uipanel 在 Linux 上不顯示邊框。 已修復
• 為了與 Matlab 相容，camlight (axis_handle, ...) 應該可以工作。 已修復
• isfolder 的實現。 已修復
• +package 中的私有目錄，正在處理中
• 當選單欄為空時，圖形的位置。 已修復
• 如果指定變數不存在於檔案中，load() 應該發出錯誤，正在處理中
• 當帶下標的表示式包含 end 關鍵字時，subsasgn 的呼叫，正在處理中
• memmapfile 的實現，正在處理中
• 檔案瀏覽器無響應，正在處理中
• uicontrol: cdata 屬性的驗證。 已修復
• 為了與 Matlab 相容，savefig 應該可以接受圖形控制代碼的向量。 已修復
• 圖形的colormap 屬性不能為空。 已修復
• 直譯器在包中找不到類定義檔案的方法，正在處理中
• 實現 uicontrol 的聚焦行為。 已修復
• 當補丁不可見時，camlight 的使用。 已修復
• 移除called_from_builtin，正在處理中
• VertexNormals 屬性未更新。 已修復
• 使用字串陣列輸入時，gunzip/bunzip2 出現錯誤。 已修復
• DOCSTRING 宏無法識別matlab.lang.makeValidName。 已修復
• 切換按鈕 uicontrol 的值更改未在圖形上反映出來。 已修復
• MEX 檔案中的全域性變數，正在處理中
• 警告：彈出選單的值不在有效的顯示範圍內。 已修復
• uicontrol 的速度問題，正在處理中
• gcbf 和HandleVisibility 屬性。 已修復
• 為影像的cdata 新增對更多型別的支援。 已修復
• edge 的二進位制輸入影像，正在處理中
• 顏色條的屬性需要監聽器來呼叫操作，正在處理中
• lightangle 的實現。 已修復
• [MXE Octave] lib vs lib64。 已修復
• GUI 中的路徑管理，正在處理中
• isosurface 速度很慢。 已修復
• 將YDir 設定為 normal 後，影像未顯示。 已修復
• 包名稱空間和函式名稱之間的衝突，正在處理中
• 在帶下標的賦值操作中呼叫subsref，正在處理中
• 統計 CDF 函式缺少upper 引數支援，正在處理中
• 在 Octave 5.1.0 中關閉繪圖的速度更慢，正在處理中
• dbup 和dbdown 未按預期工作，正在處理中

尚未決定

• mkoctfile 定義輸出檔名的選項為“-o”或“--output”，而 mex 的選項為“-output”。如果使用這些選項，則不會附加副檔名（'.mex'）。
• computer.m 返回的字串與 MATLAB 中的不同（PCWIN、GLNX86、PCWIN64、GLNXA64、MACI64），例如 x86_64-unknown-linux-gnu。
• load.m 和save.m 在 MATLAB 中會自動新增 .mat 副檔名（Octave 不會）。

其他

• exist('OCTAVE_VERSION','builtin') 可以用來檢測是否在 Octave 或 MATLAB 中執行。