SPM/程式設計簡介

目標

本頁旨在提供一個快速入門指南，用於使用 SPM 作為庫編寫您自己的 MATLAB 指令碼和函式。SPM 程式設計可能意味著簡單地編寫批處理指令碼以自動化常見的流程，編寫簡短的輔助指令碼或函式來完成有用的任務，編寫您自己的 SPM 擴充套件，甚至修改您本地安裝的 SPM。

MATLAB

MATLAB 是一種由 MathWorks 開發的程式語言。

MATLAB 和 MathWorks 在維基百科上的頁面
華夏公益教科書上的 MATLAB

網上有很多 MATLAB 教程

MATLAB 教程

也有一些有用的書籍

MATLAB 課程

SPM 函式

簡介

SPM 在原始檔的標頭檔案中提供了豐富的開發者文件。要檢視函式的文件，請開啟相應的原始檔或從 MATLAB 命令列呼叫 help function。請確保 SPM 資料夾位於 MATLAB 的搜尋路徑中。

讀取影像標頭檔案和資料

spm_vol - 標頭檔案資訊
spm_read_vols - 用於讀取整個體積（另請參閱：spm_vol）
spm_slice_vol - 用於任意平面
spm_sample_vol - 任何體素
spm_get_data (spm_sample_vol) - 來自多個體積的任何體素
spm_bsplins (spm_bsplinc) - 注意 spm_slice_vol 和 spm_sample_vol 提供多項式或 sinc 插值；這些函式提供 spm_reslice 中使用的 b 樣條插值

寫入資料

spm_write_vol (spm_vol)
spm_create_vol
spm_write_plane

使用備用 NIfTI 類庫讀取和寫入資料

nifti (@nifti/Contents, @nifti/create)
file_array (@file_array/Contents)

幾何形狀，體素世界對映

spm_get_space - 獲取體素世界對映矩陣（剛性或仿射變換，使用齊次座標）
spm_imatrix - 將上述矩陣轉換為引數化形式
spm_matrix - 將引數向量轉換為仿射矩陣
spm_check_orientations

線性（剛性/仿射）配準和重新切片

spm_realign
spm_coreg (spm_reslice)
spm_affreg
spm_reslice - 需要參考影像；有關重新切片到指定幾何形狀的資訊，請參閱以下內容
reorient (resize_img) - 可從 John's Gems 2 和 3 中獲得

預處理，包括分割和非線性歸一化

spm_preproc (spm_config_preproc, spm_prep2sn, spm_preproc_write) - SPM5 的統一分割和歸一化
spm_normalise - SPM5 之前的舊版非統一空間歸一化
spm_segment - SPM5 之前的舊版非統一組織分割
spm_smooth

處理

spm_imcalc - 對體積執行任意計算（低階函式）
spm_imcalc_ui - spm_imcalc 的高階便利包裝器

統計

spm_ancova (spm_reml_ancova) - SPM 本身沒有使用，但通常對於指令碼編寫或教育目的很有用

檢視資料

spm_check_registration (spm_image, spm_orthviews) - 無處不在的三個正交檢視
slover - 貫穿影像的切片，閾值或原始統計資料的疊加；另請參閱 slice_overlay
spm_mip_ui (spm_mip) - 最大強度投影或玻璃腦影像

配置

spm_defaults
spm_get_defaults

批處理系統

spm_select
spm_jobman

示例

讀取和寫入體積（將 NaN 替換為零）

這是一個更簡單（但更佔記憶體）的舊版Gem。有關逐平面讀取和寫入的示例，請參見SPM8 版本的 gem。

fnm = spm_select(1, 'image');
[pth, bnm, ext] = spm_fileparts(fnm);
VI = spm_vol(fnm);
VO = VI; % copy input info for output image
VO.fname = fullfile(pth, [bnm '_zn' ext]);
img = spm_read_vols(VI);
img(isnan(img)) = 0; % use ~isfinite instead of isnan to replace +/-inf with zero
spm_write_vol(VO,img);

外部連結

另請參見