結構生物化學/生物資訊學/結構比對/用於結構比對的程式/DALI
DALI 代表距離對齊矩陣方法。DALI 是一種常見且流行的方法，它將輸入的蛋白質分解為六肽片段，然後透過理解相鄰片段之間的接觸模式來計算距離矩陣。在矩陣的主對角線上顯示了序列中連續的殘基的二級結構特徵。其他對角線代表序列中不彼此相鄰的殘基。當對角線平行於主對角線時，它們代表的特徵也是平行的。然而，當對角線垂直時，它們的特徵是反平行的。如果兩種蛋白質的距離矩陣相同或在幾乎相同的位置共享類似的特徵，則可以認為它們具有相似的摺疊和連線二級結構元素的長度迴圈。當構建兩個矩陣時，DALI 的實際對齊過程涉及進行一系列 6x6 的重疊子矩陣。然後，這些 6x6 矩陣透過標準得分最大化演算法重新組裝成最終對齊。DALI 方法已被用於構建 FSSP 資料庫（基於蛋白質結構-結構比對的摺疊分類，或結構相似的蛋白質家族）。該資料庫包含所有已知的蛋白質結構，並將它們相互比對以確定結構鄰居和摺疊分類。此資料庫資訊很容易在網際網路上找到，方便訪問。可以在 這裡找到 DALI 線上資料庫。 可下載程式 和 網路搜尋 是其他可用的 DALI 資源。