結構生物化學/生物資訊學/結構比對/用於結構比對的程式/GANGSTA+
GANGSTA+ 是一種用於蛋白質非序列結構比對和資料庫相似性搜尋的組合演算法。該方法在二級結構水平上採用組合方法，根據接觸圖找到兩個蛋白質結構之間的相似性。此程式可以使用不同的 SSE（二級結構元素）分配模式。這種 SSE 的分配可以根據所考慮的蛋白質對的多肽鏈中 SSE 的順序（序列比對）進行，或者完全忽略此順序（非序列比對）。如果需要，也可以將 SSE 對反向對齊。透過點匹配方法將最高排名的 SSE 分配轉移到殘基水平。為了獲得兩個蛋白質的初始共同原子座標集，透過反洛倫茲函式定義了 α 碳原子對的成對吸引相互作用，並使能量最小化。您可以在這裡找到 GANGSTA+ 資料庫。