結構生物化學/生物資訊學/結構比對/結構比對程式/MAMMOTH
MAMMOTH 代表 MAtching Molecular Models Obtained from THeory。該程式最初是為比較從結構預測產生的模型而開發的，因為它能夠容忍較大的不可比對區域。然而，它已被證明在實驗模型中也能很好地工作，尤其是在尋找遠端同源性時。在盲結構預測和自動化 GO 註解的目標上進行的基準測試表明，它與人類策劃的註解緊密排名相關。涵蓋 150 個基因組的未知蛋白質預測結構的基於 MAMMOTH 的結構註釋的大量完整資料庫促進了基因組規模的歸一化。
基於 MAMMOTH 的結構比對方法將蛋白質結構分解成短肽（例如七肽），然後將這些短肽與另一個蛋白質的相同長度肽進行比較。然後使用單位向量 RMS (URMS) 方法計算兩個多肽之間的相似性得分。這些核心儲存在一個相似性矩陣中，並透過混合（區域性-全域性）動態規劃，計算出最佳殘基比對。使用 MAMMOTH 計算的蛋白質相似性得分來自偶然獲得給定結構比對的可能性。
MAMMOTH-mult 是 MAMMOTH 演算法的擴充套件，用於比對相關的蛋白質結構家族。該演算法速度非常快，並且能夠產生一致的高質量結構比對。使用 MAMMOTH-mult 計算的多個結構比對產生結構隱含的序列比對，這些比對可進一步用於多模板同源性建模、基於 HMM（隱馬爾可夫模型）的蛋白質結構預測和輪廓型別 PSI-BLAST 搜尋。