結構生物化學/生物資訊學/結構比對/結構比對程式/RAPIDO
RAPIDO 代表Rapid Alignment of Proteins in terms of DOmains。RAPIDO 是一個用於 3D 對齊不同蛋白質分子晶體結構的 Web 伺服器，這些結構存在構象變化。與 CE 的第一步類似，RAPIDO 使用一種基於差異距離矩陣的方法來識別兩個不同蛋白質中結構上相似的片段。MFP（匹配片段對）在圖中表示為節點，透過 DAG（有向無環圖）上的最長路徑識別演算法將這些節點連結起來，形成對齊。最後一步進行細化以提高執行的對齊的質量。在對齊兩個結構後，伺服器應用遺傳演算法來識別構象不變區域。這些區域對應於原子間距離恆定（在定義的公差範圍內）的原子組。透過這樣做，RAPIDO 透過使用基於細化 B 值的加權函式來考慮原子座標可靠性的變化。由 RAPIDO 識別的構象不變區域表示用於疊加兩個結構的可靠原子集，可用於詳細分析構象的變化。即使這些區域由序列上距離較遠且由其他可移動域隔開的片段組成，RAPIDO 也可以識別結構等效區域。