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SSAP

SSAP 中計算的原子到原子向量的示意圖。從這些向量中，可以構建一系列向量差，例如，蛋白質 1 中的 (FA) 和蛋白質 2 中的 (SI) 之間的向量差。將兩個序列繪製在矩陣的兩個維度上，以形成兩個蛋白質之間的差異矩陣。對所有可能的差異矩陣應用動態規劃，構建一系列最佳區域性比對路徑，將這些路徑求和形成彙總矩陣，在彙總矩陣上再次進行動態規劃以確定整體結構比對。

SSAP 代表序列結構比對程式。SSAP 方法使用雙重動態規劃，根據結構空間中的原子到原子向量來生成結構比對。SSAP 使用所有甘氨酸殘基的 β 碳原子構建向量，而不是通常使用的 α 碳原子，因此考慮了每個殘基的旋轉異構體狀態及其在主鏈上的位置。SSAP 首先構建一系列殘基間距離向量，這些向量位於每個殘基與其在每個蛋白質上的最近的非連續鄰居之間。然後構建一系列矩陣，包含每個殘基對的鄰居之間的向量差，這些向量差用於構建向量。對每個生成的矩陣使用動態規劃確定一系列最佳區域性比對，然後將這些比對混合到一個“彙總”矩陣中，然後使用動態規劃再次確定整體結構比對。SSAP 最初只提供成對比對，但現在可以提供多序列比對。它已用於透過所有蛋白質的對對比較產生稱為 CATH（類、結構、拓撲、同源性）的層次化摺疊分類。然後，這被用於構建 CATH 蛋白質結構分類資料庫。構建的資料庫可以在 這裡找到。