結構生物化學/生物資訊學/結構比對/用於結構比對的程式/TOPOFIT
TOPOFIT 方法使用從主連結串列示派生的三維 Delaunay 三角剖分模式分析蛋白質結構。結構相關的蛋白質已被發現具有共同的空間不變部分，一組四面體，在數學上被描述為從 Delaunay 鑲嵌（DT）派生的三維接觸圖的共同空間子圖體積。由於蛋白質結構的這種特性，提出了一種新穎的公共體積疊加（TOPOFIT）方法來生成蛋白質的結構比對。DT 模式的疊加允許客觀地識別相同數量的等效殘基。換句話說，TOPOFIT 識別 RMSD/Ne 曲線上的一個特徵點，一個 topomax 點，直到該點為止，兩個結構彼此對應，包括主鏈和殘基間接觸，而 DT 模式之間越來越多的不匹配出現在 topomax 點之後更大的 RMSD (Ne) 處。topomax 點存在於來自不同蛋白質結構類別的所有比對中。因此，TOPOFIT 方法識別蛋白質之間共同的、不變的結構部分。TOPOFIT 方法為蛋白質結構的比較分析以及更詳細地瞭解三級結構組織和功能的分子原理提供了新的機會。這有助於檢測構象變化、可變部分的拓撲差異，這些差異對於研究活性/結合位點的變化和蛋白質分類尤為重要。