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RNA結構比對

傳統的結構比對技術只應用於蛋白質，因為蛋白質是形成特徵性三維結構的主要生物大分子。然而，大的RNA分子也形成特徵性的三級結構，這些結構主要由鹼基對之間形成的氫鍵以及鹼基堆積組成。功能相似的非編碼RNA分子特別難以從基因組資料中提取，因為在RNA和蛋白質中結構比序列更保守，而RNA更有限的字母表減少了任何給定位置上任何給定核苷酸的資訊量。最近發表了一種用於對序列同一性低的RNA序列進行成對結構比對的方法，並在FOLDALIGN程式中實現。FOLDALIGN.這種方法並非真正類似於蛋白質結構比對技術，因為它計算地預測RNA輸入序列的結構，而不是要求實驗確定的結構作為輸入。雖然蛋白質摺疊過程的計算預測迄今為止並不特別成功，但沒有假結的RNA結構通常可以使用基於自由能的評分方法進行合理預測，這些方法考慮了鹼基配對和堆積。