醋酸纖維素電泳利用天然蛋白質的電荷,根據蛋白質的等電點進行分離。
在醋酸纖維素條帶的標記中心點上滴加蛋白質樣品,將條帶置於所需pH的巴比妥緩衝液中,並在條帶兩端施加電壓。向陽極遷移的蛋白質的pI大於緩衝液的pH,而向陰極遷移的蛋白質的pI小於緩衝液的pH。帶正電荷的蛋白質遷移到陰極,而帶負電荷的蛋白質遷移到陽極。
醋酸纖維素電泳可用於識別由不同亞型形成的多聚體蛋白,因為每種亞型比例由於氨基酸結構的不同而具有不同的電荷。