結構生物化學/通用術語
- 相互作用組：細胞中所有分子相互作用的完整集合。分子相互作用可以發生在不同組（蛋白質、脂類、碳水化合物等）的分子之間，也可以發生在同一組內的分子之間。
- 蛋白質組：蛋白質組是所有蛋白質的完整集合，它涵蓋了細胞或生物體中存在的功能資訊，包括蛋白質的功能、型別和相互作用。
- 基因組：基因組是生物體所有遺傳或遺傳資訊的完整集合。
- 代謝組：代謝組是細胞或生物體中所有代謝物的完整集合，它提供了對代謝過程的洞察。
- 分解代謝：分解代謝代表透過將分子分解成更小的單位來釋放能量的過程。
- 合成代謝：合成代謝代表需要能量才能從較小的單位構建分子的過程。
- 代謝：代謝是維持生命的全部過程的集合，分為分解代謝和合成代謝。
- 酶活性：酶活性代表酶促進特定化學反應或功能的能力。
- 比活性：比活性代表混合物中酶活性與蛋白質量的比率。
- 鍵解離能：鍵解離能是指斷開鍵所需的能量，例如，斷開氫鍵所需的能量大約為 23kJ/mol。
- 閃爍簇：閃爍簇是由液態水中氫鍵相互連線的短暫的水分子團。這些簇代表了氫鍵很容易斷裂和重新形成的事實。
- 膠束：膠束代表非極性區域，它們聚集在一起，以最小的疏水區域呈現給水溶液。這將消除一些水的有序性，這是由於水的熵增加而有利的。
- 等滲：等滲意味著細胞的滲透壓與其周圍環境相等。
- 高滲：高滲意味著周圍環境的滲透壓高於細胞的滲透壓，導致細胞收縮。
- 低滲：低滲意味著周圍環境的滲透壓低於細胞的滲透壓，導致細胞膨脹。
- 酸中毒：酸中毒是一種人的血液 pH 值低於正常血液 pH 值（約 7.4）的狀況。
- 鹼中毒：鹼中毒是一種人的血液 pH 值高於正常血液 pH 值（約 7.4）的狀況。
- 縮合反應：縮合反應涉及水的去除或消除。（例如：ADP + P ⇒ ATP + H2O）。
- 水解反應：水解反應涉及水的新增。（例如：蛋白質、碳水化合物和核酸的解聚需要水）。
- 真核生物：真核生物具有核膜，核膜具有雙層膜，核物質被包裹在其中。這個詞的意思是真正的核。
- 原核生物：原核生物缺乏核膜，這是古細菌和細菌界的典型特徵。這個詞的意思是核之前。
- 細菌：細菌是單細胞微生物，傾向於棲息在土壤和地表水中。
- 古細菌：古細菌是單細胞微生物的王國，它們棲息在極端環境中，更接近真核生物。
- 光養生物：光養生物從陽光中獲取能量。
- 自養生物：自養生物從陽光中獲取能量，它們的碳源來自 CO2（例如：維管植物）。
- 異養生物：異養生物從陽光中獲取能量，它們的碳源是有機化合物（例如：綠細菌）。
- 化能營養生物：化能營養生物從化學燃料的氧化中獲取能量，這意味著它們會獲取還原燃料，並通常透過新增氧氣來氧化它。
- 岩石營養生物：岩石營養生物從無機燃料的氧化中獲取能量（例如：硫細菌）。
- 有機營養生物：有機營養生物從有機燃料的氧化中獲取能量（例如：人）。
- 需氧：需氧環境中有充足的氧氣供應，允許從將電子從燃料分子轉移到氧氣中獲取能量。
- 厭氧：厭氧環境幾乎沒有氧氣，這意味著生物體透過將電子轉移到硫酸鹽或硝酸鹽而不是氧氣來獲取能量（分別形成 H2S 和 N2）。
- 專性厭氧菌：專性厭氧菌在暴露於氧氣時會死亡。
- 兼性厭氧菌：兼性厭氧菌能夠在有氧或無氧條件下生存。
- 內膜系統：內膜系統是真核生物的特徵，它隔離特定的代謝過程，從而提供特定表面，某些酶催化的反應可以在這些表面上發生。
焓（ΔH） - 等壓熱
吸熱（正 ΔH） - 熱量被新增到系統中
放熱（負 ΔH） - 熱量從系統中釋放出來
熱力學第零定律 - 指出與彼此接觸的兩個物體將具有相同的溫度，例如溫度計。
自發變化 - 傾向於在沒有外部影響的情況下發生的程序
熵（S） - '無序' 的量度[自然過程是系統變得不那麼 '有序' 或 '隨機'；變得無序
微觀狀態 - 整個分子系統的全部量子化狀態（微觀狀態數 [W] 可以高達 10^10^23）
熱力學第二定律 - 指出任何自發變化過程中孤立系統的熵都會增加
熱無序 - 增加熱量，熵可以增加
位置無序 - 增加區域，無序可以發生
熱力學第三定律 - 指出完美晶體在絕對零度時的熵為零：S(sub sys) = 0 在 0 K 時。
廣延性質 - 取決於物質量的性質，例如熵
反應標準熵 - 所有反應物和產物都處於標準狀態時發生的熵變
對速率的影響：k 的大小
溶劑效應：質子溶劑：它含有 O-H 或 N-H，與非質子溶劑相比：不含有 - 溶劑化陽離子，但不能很好地溶劑化陰離子。極性與非極性溶劑；酸/鹼的存在可能是至關重要的
均質效應：均質（溶液）與非均質（兩種或多種相）；表面積；粒徑
催化劑效應：催化劑可以加速反應，而不會在反應中被消耗掉；降低活化能
溫度效應：（影響最大的效應）每增加 10 度，速率就會增加 2 到 4 倍
碰撞理論：1）為了發生反應，反應物質的 ve- 必須在鍵合距離內，因此增加反應物質的濃度會增加速率 2）碰撞必須具有正確的方向 3）碰撞必須具有正確的能量
簡併過程 - 當分子碰撞但沒有產生任何東西時
過渡態/活化絡合物理論 - 反應中有一個點，反應物處於向產物轉變（反之亦然）的狀態
Berg，Jeremy M.，Tymoczko，John L. 和 Stryer，Lubert。生物化學。第 6 版。紐約，紐約：W.H. Freeman and Company，2007 年。