結構生物化學/蛋白質術語
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- 一級結構：蛋白質的一級結構是指多肽中氨基酸的排列順序。這些氨基酸透過肽鍵共價連線。
- 二級結構：蛋白質的二級結構是指氨基酸鏈摺疊成有組織的亞結構，例如α螺旋、β摺疊片、β轉角或ω環。這種組織方案主要由氫鍵維持。
- 三級結構：蛋白質的三級結構是指單個多肽鏈的三維排列，包括疏水和親水相互作用、二硫鍵和氫鍵（非共價鍵）、鹽橋和基序。
- 四級結構：蛋白質的四級結構是指多個多肽鏈組裝成亞基的總體排列和組裝。當多個亞基透過非共價相互作用穩定時，所得的複合物稱為多聚體。
- 脂肪族：不是芳香族的碳氫鏈。
- 肽鍵 / 醯胺鍵：涉及將兩個氨基酸連線起來的縮合反應，需要自由能的輸入，但儘管鍵在熱力學上不穩定，但由於水解速率非常慢，因此在動力學上是有利的。這種鍵也具有相當大的雙鍵特徵，使氨基酸相對平面化。
- 二硫鍵：這些鍵由一對半胱氨酸氨基酸殘基氧化形成，從而形成胱氨酸，通常參與三級結構排列。
- 蛋白質：蛋白質是由稱為氨基酸的單體單元透過肽鍵線性連線而成的線性聚合物。蛋白質自發摺疊成天然的 3D 構象，具有廣泛的功能基團，並且具有化學反應性。
- Phi：Phi 是圍繞氮原子到α碳原子之間的單鍵旋轉發生的扭轉角，這使蛋白質能夠旋轉到各種方向。按照慣例，順時針旋轉被認為是正旋轉。
- 磷酸二酯鍵：涉及磷酸基團和兩個酯基的共價鍵。例如連線兩個核苷酸的鍵。
- Psi：Psi 是圍繞α碳原子和羰基之間的單鍵旋轉的角度。按照慣例，順時針旋轉被認為是正旋轉，它允許蛋白質摺疊成多種構象。
- 扭轉角 / 二面角：扭轉角是衡量正負 180 度之間鍵旋轉的量度。對於蛋白質，這些角度被稱為 phi 和 psi，最容易在拉曼圖上看到。
- 殘基：殘基是多肽中的氨基酸單元。
- 拉曼圖：拉曼圖是蛋白質構型中由於空間碰撞而允許和禁止的許多扭轉角組合的視覺化表示。
- 空間排斥：空間排斥是指兩個原子不能同時處於同一位置的事實。這是蛋白質結構的一個強大的組織原則。
- 結構域：結構域是多肽鏈的球狀單元，摺疊成兩個或多個緊湊區域，通常由多肽鏈的柔性片段連線。它們通常被認為是三級結構的一部分。
- 基序：基序是超二級結構的一部分，描述了蛋白質中存在的二級結構元素的獨特序列，例如螺旋-轉角-螺旋或β帶。
- 同源性 – 具有共同的進化起源。有時錯誤地用於描述蛋白質或核酸序列之間的相似性。
- 熱點 – 蛋白質結合位點的必需氨基酸沉積物，具有特別高的結合自由能。可以聚集形成密集的“熱點區域”。
- 活性中心 – 蛋白質片段，在由相應蛋白質顯示的酶功能的催化反應中起關鍵作用。
- 結合位點 – 位於結合介面的氨基酸側鏈。
- 中心殘基 – 除了結合位點和熱點之外，還包含催化殘基（活性中心）。
Berg, Jeremy M., Tymoczko, John L. 和 Stryer, Lubert. 生物化學。第 6 版。紐約，紐約州：W.H. Freeman and Company，2007 年。