結構生物化學/蛋白質功能/主要組織相容性複合體 (MHC)/MHC II 類
II 類 MHC 分子由抗原呈遞細胞（樹突狀細胞、巨噬細胞和 B 細胞）產生，這些細胞有助於觸發獲得性免疫反應。抗原呈遞細胞透過吞噬作用或胞吞作用攝取外來抗原，並將其分解成肽片段，這些片段與 II 類 MHC 分子結合，將抗原片段帶到細胞表面，以便被輔助 T 細胞表面的T 細胞受體識別。T 細胞受體在 CD4（輔助 T 細胞表面的一種蛋白質受體）的幫助下與 II 類 MHC-抗原片段複合物結合，一旦結合，輔助 T 細胞就會被啟用並開始增殖和分泌細胞因子。
當輔助 T 細胞增殖時，會產生記憶輔助 T 細胞和更大量的活性輔助 T 細胞。記憶輔助 T 細胞透過在抗原再次“攻擊”時快速增殖，為獲得性免疫反應做出貢獻，從而對抗原產生更快、更強的反應。活性輔助 T 細胞的壽命比記憶輔助 T 細胞短，它們透過分泌細胞因子來啟動對病原體的免疫防禦，這些細胞因子刺激附近 B 細胞和細胞毒性 T 細胞的啟用。一旦被啟用，細胞毒性 T 細胞就會透過細胞凋亡摧毀受感染的細胞，而漿細胞則分泌特異性抗體來中和和消除病原體。細胞毒性 T 細胞和 B 細胞也會增殖，產生各自的記憶細胞，以用於病原體的第二次攻擊。
在 HIV 的情況下，輔助 T 細胞是直接受到病毒攻擊的細胞。它們被完全殺死，這意味著不再有輔助 T 細胞能夠產生細胞因子並呼叫其他吞噬細胞繁殖併產生免疫反應。這導致所有輔助 T 細胞的死亡，以及免疫系統的死亡。因此，感染 HIV/艾滋病的人不是死於病毒本身，而是可能死於（例如）普通感冒，因為免疫系統無法對其做出反應。